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GGGCTTCCCTGGTGGCGCAGTGGTTGAGAGTCCGCCTGCCGATGCAGGGG
ACACGGGTTCGTGCCCCGGTCCGGGAAGATCCCACATGCCGCGGAGCGGC
TGGGCCCGTGAGCCATGGCCGCTGAGCCTGCGCGTCCGGAGCCTGTGCTC
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TGAGCCCTGAGGGAACTCAGGANGGAAACAGGATGCCCGCCATCAAGCCA
TCAGCCACTGCAGCCACCCCCGACGGTGCGCCCTGAGGGGACTCAGGATG
AGAAAGNACAGGATACTGGCCCCAGATAGCTGAGGTGCATATCAAAGGAA
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TGTTCCCATATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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ACCTACTAGAGAATGGACTTGAGGATATGGGGAGGGGGAAGGGTAAGCTG
TGACAAAGTGAGAGAGTGGCATGGACATATATACACTACCAAACGTAAAA
TAGATAGCTAGTGGGAAGCAGCCGCATAGCACAGGGAGATCAGCTCGGTG
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AGCCCCTGGCAGCTCCCAGCTGTGCCCTCCCTGGNGAGGGCTGTCGTTGT
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GGGCCTCCCTGCCCCTCCCTCCAGCACAGTCCTGAGGGTCACCTGCCCAG
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GACCAGTGACGGAAGCGTCACCAAGGGGGATGGGATCCCCGACCGCTTCT
CAGGCTCCAGCTCTGGGGCTGACCGCTACCTGACCATCGCCAACATCCAG
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TGACTTTCTTTTTTCTTTTTTTCCATTTTCTCCAAGATTAAAAAAAAAAA
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GGGGGTTTATGGTGGAGGTGGGCAGCTAGAGACGTGACTTCCTTAAACAG
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CAGTGAAAAGTAGCAAATTCTCTAGTCCAAACAGTGTGTGAGGCGGGAGT
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GGTGATTCAAAAATATTGCAAGTTTATTGGCTGAGCTGCAATTAGCCAGT
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GGGGATAGAAGACACGGTTATGCCCTCTGGGGGTTTATGGTGGAGGTGGG
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>rnd-1_family-34#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 230, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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GTGGCTGTGTTNCCTGATTTGGAGCCAGAGAATCGGTCAGGGATCCCTGA
GGCCCGGTTGCTATCCCCATAAATGACCAGCACAGGGGCCTGGCCTGGCT
TCTGCTGGTACCAGCNAGCATAATAGCTTCCTACGTTGTCTCCCTGGCAG
GTGATCCTGGCCGTCTGTCCTAAGGACACGGACGCCGCAGGTGGCTGAGT
CAGCTGAGAAGAGGCCACAGAACCTGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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ATGCAAATCTCCTTCCTGCCACCTTTGGCCTTGTGACCGGCTCCCTGCTG
AGCAGAGAACAGCTGGGATCCAAGGAGGAGTTCAACAGGGACCTGAGTTC
CAGGCCTGAGCCCAGGTCCCCAGAACTCTTTCTGGTGCTGAGNGAGAAAG
GCTGCCCCTGCCCCAGCATGTGCACACACCTCCCAGTCTGCTCCTGGGCT
CCCCCCTGGGCCTTGGGGACACACAGGCGTCCTCTCTGGGGATGAGGTTA
TCGTGTGGTGGGCTGGACAGTGCTGGAAGCTGGCACCGCGGGGACCACGG
TCATGCTGCTGCGAGAGCCCAGAATTCCAGCAGCAGATACAGGGACACTG
GTCATGTACCTCTGGCAGAGTTTTTATTATATTTCTTTAAAGTTTTTTTA
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AGACCCCTCCCTGGTGGGTCGCCATCTAAGCACAGCAGGGTATGGTCTCA
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GTGTGTCCGTCACAGGCTCCTGCTGTCTTCACTTCTTAGCAGCACAGGCC
CCGGGGCGTGTGGACGTGGCGGGACCTGCATGGGGGTGGGTTTACTCAGT
G
>rnd-1_family-24#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 301, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
AAGATGGCGGAAGAGTAAGACGCGGAGATCACCTTCCTCCCCACAGATAC
ATCAGAAATNCATCTACACGTGGAACAACTCCTACAGAACACCTACTGAA
CGCTGGCAGAAGACCTCAGACCCCCCAAAAGGCAAGAAACTCCCCACGTA
CCTGGGTAGGGCAAAAGAAAAAAGAANAAACAGAGACAAAAGGATAGGGA
CGGGACCTGCACCAGTGGGAGGGAGCCGTGAAGGAGGAAAGGTTTCCACA
CACTAGAAGCCCCTTCGCGGGCGGAGACTGCGGGTGGCGGAGGGGGAAAG
CTTCGGAGCCGCGGAGGAGAGCGCAGCAACAGGGGTGCGGAGGGCAAAGC
GGAGAGATTCCCGCACAGAGGATCGGTGCCGACCGGCACTCACCAGCCCG
AGAGGCTTGTCTGCTCGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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GTTTCCTGGTGCGCGAGGAGAGGGGATTAAGAGCGCCGCTTAAAGGAGCT
CCAGAGACGGGCGCGAGCCGCGGCTGAAAGCGCGGACCCCAGAGACGGGC
GTGGGACGCTGGGGCTGCTGCTGCCGCCGCCAAGAAGCCTGTGTGCGAGC
GCAGGTCACTGTCCACACCGCCCTCCCGGGAGCCTGTGCAGCCCGCCACT
GCCGGGGTCCCGGGATCCAGGGACGGCTTCCCCGGGAGAACGCACGGCGC
GCCTCGGGCTGGTGCAACGTCACGCCGGCCTCTGCCGCCGCAGGCTCGCC
CCGCACTCCGTGCCCCTCCCTCCCCCCGGCCTGAGTGAGCCAGAGCCCCC
GAANCGGCTGCTCCTTTAACCCCGTCCTGTCTGAGCGAAGAACAGACGCC
CTCCGGCGACCTACGCGCAGAGGCGGGGCCAAATCCAAAGCTGAGACCCG
GGAGCTGTGAGAACAAAGAAGAGAAAGGGAAATCTCTCCCAGCAGCCTCG
GAAGCAGCGGATTAAAGCTCCACAATCAACTTGATGTACCCTGCATCTGT
GGAATACATGAATAGACAACGAATCATCCCAAATTGAGGAGGTGGACTTT
GAGGACAAGATTTAAGACTTTTCCCCCTTTTCCTCTTTTTACAACGAATT
ATCCCAAATTAAGGAGGTGGACTTAGAGAGCAAGATTTCAGACTTCTCGC
CCTTTTCCTCTTTTTACAACGAATTATCCCAAATTGAGGAGGTGGACTTG
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TGTGTANTCTTCTGTGTAAGATTCTCTCTGTATAGCTTTGCTTCCACCAT
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>rnd-1_family-55#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 160, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-75#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 106, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-4#SINE/MIR ( RepeatScout Family Size = 1322, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-64#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 122, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-31#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 247, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-45#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 191, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-20#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 312, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
GGGGCTTCCCTGGTGGCGCAGTGGTTGAGAATCTGCCTGCCAATGCAGGG
GACACGGGTTCGAGCCCTGGTCTGGGAAGATCCCACATGCCGCGGAGCAA
CTAGGCCCGTGAGCCACAACTACTGAGCCTGCGCGTCTGGAGCCTGTGCT
CCGCAACAAGAGAGGCCGCGATAGTGAGAGGCCCGCGCACCGCGATGAAG
AGTGGCCCCCGCTTGCCGCAACTAGAGAAAGCCCTCGCACAGAAACGAAG
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>rnd-1_family-29#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 263, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
GGGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATCCCACATGCCGCGC
GGCGCGGCCAAAAAAAAAAAAAAAA
>rnd-1_family-36#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 224, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-43#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 194, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-35#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 227, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-16#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 358, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-50#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 171, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-47#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 183, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-9#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 610, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-72#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 111, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-19#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 315, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
GGGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATCCCACATGCCTCGCG
GCCAAAAAACCAAAACATAAAACAGAAGCAATATTGTAACAAATTCAATA
AAGACTTTAAAAATGGTCCACATCAAAAAAAATCTTTAAAAAAAAAAAA
>rnd-1_family-30#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 252, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
GGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCCCGCATGCATGCCGC
AACTAAGAG
>rnd-1_family-3#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 1766, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
GGGGCTTCCCTGGTGGCGCAGTGGTTAAGAATCCGCCTGCCAATGCAGGG
GACACGGGTTCGAGCCCTGGTCCGGGAAGATCCCACATGCCGCGGAGCAA
CTAAGCCCGTGCGCCACAACTACTGAGCCTGCGCTCTAGAGCCCGCGAGC
CACAACTACTGAGCCCGCGTGCCACAACTACTGAAGCCCGCGCGCCTAGA
GCCCGTGCTCCGCAACAAGAGAAGCCACCGCAATGAGAAGCCCGCGCACC
GCAACGAAGAGTAGCCCCCGCTCGCCGCAACTAGAGAAAGCCCGCGCGCA
GCAACGAAGACCCAACGCAGCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-12#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 460, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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TATGTATACGTATAGCTGATTCACTTTGCTGTACAGCAGAAACTAACACA
ACATTGTAAAGCAACTATACTCCAATAAAAATTAATTTAAAAAAAAAA
>rnd-1_family-21#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 308, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-23#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 302, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-27#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 288, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
GAAAGTGTCCCAAGAAATACTAACTGATCACCATCAACTGATCAACTGGT
GTTTACATGAACACATTTCATGTGCATAGTTTTCTCAAGTGCTCAATAAT
GGTTAATATACGACACAGATATTTAATGATTCAAAACAAGAAANTAACAT
TCTAGGGGCTTCCCTGGTGGCGCAGTGGTTGAGAGTCCGCCTGCCGATGC
AGGGGACACGGGTTCGTGCCCCGGTCCGGGAGGATCCCACATGCCGCGGA
GCGGCTGGGCCCGTGAGCCATGGCCGCTGAGCCTGCGCGTCCGGAGCCTG
TGCTCCGCAACGGGAGAGGCCACAACAGTGAGAGGCCCGCGTACCGCNNN
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>rnd-1_family-18#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 330, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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GAGATCTCCATCTCAACACCAGCACCCAGCTTCACTCAACGACCAGCAAG
CTACAGTGCTGGACACCCTATGCCAAACAACTAGCAAGACAGGAACACAA
CNCCACCCATTAGCAGAGAGGCTGCCTAAAATCATAANAAGTCCGCAGAC
ACCCCAAAACACACCACCAGACGTGGACCTGCCCACCAGAAAGACAAGAT
CCAGCCTCATCCACCAGAACACAGGCACTAGTCCCCTCCACCAGGAAGCC
TACACAACCCACTGAACCAACCTTAGCCACTGGGGACAGACACCAAAAAC
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>rnd-1_family-61#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 127, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-1#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 2914, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 43 out of 46 contigs )
GCCAGGAGTCAGTGCTGTGCCTCTGAGGTGGGAGAGCCAACTTCAGGACA
CTGGTCCACAAGAGACCTCCCAGCTCCACATAATATCAAACGGCGAAAAT
CTCCCAGAGATCTCCATCTCAACACCAGCACCCAGCTTCACTCAACGACC
AGCAAGCTACAGTGCTGGACACCCTATGCCAAACAACTAGCAAGACAGGA
ACACAACNCCACCCATTAGCAGAGAGGCTGCCTAAAATCATAANAAGTCC
GCAGACACCCCAAAACACACCACCAGACGTGGACCTGCCCACCAGAAAGA
CAAGATCCAGCCTCATCCACCAGAACACAGGCACTAGTCCCCTCCACCAG
GAAGCCTACACAACCCACTGAACCAACCTTAGCCACTGGGGACAGACACC
AAAAACAACGGGAACTACGAACCTGCAGCCTGCAAAAAGGAGACCCCAAA
CACAGTAACATAAGCAAAATGAGAAGACAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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AAGAGCGGCATGGACATATATACACTACCAAACGTAAGGTAGATAGCTAG
TGGGAAGCAGCCGCATAGCACAGGGAGATCAGCTCGGTGCTTTGTGACCG
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ACCGGAATCACAACTAACTGCTGAACAATCATCGACAGGAAGACACTGGA
ACTCACCAAAAAAGATACCCCACATCCAAAGACAAAGGAGAAGCCACAAT
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GGGTGGGTGACTCACAAACTGGAGAACACTTATACCACAGAAGTCCACCC
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GATTTGATTGCAGGACTTCGACAGGACTGGGGGAAACAGAGACTCCACTC
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CTGGCAGCAGAAGTTCTGGGAAGTACTCCTTGGCGTGAGCCCTCCCGGAG
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GCCTCAGGCCAAACAACCAACAGGGAGGGAACCCAGCCCCACCCATCAGC
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CAAATACATCAGAAATACATCTACATGTGGAACAACTCCTACAGAACACC
TACTGAACGCTGGCAGAAGACCTCAGACTTCCCAAAAGGCAAGAAACTCC
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CCGCATTCCGTACCCCTCCCTCCCCCCGGCCTGAGTGAGCCAGAGCCCCC
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CTCAGAGGGCGACCTACACGCAGAGGCGGGGCCAAATCCAAAGCTGAACC
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TCAGGAGCAGCGGATTAAATCTCCACAATCAACTTGATGTACCCTGCATC
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TGGATTTGTTTATTGGTTTGGTTGCTCTCTTCCNNNNNNNNNNNNNNNNN
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CGCAACAAGAGAGGCCGCGATAGTGAGAGGCCCGCGCACCGCGATGAAGA
GTGGCCCCCGCTTGCCACAACTAGAGAAAGCCCTCGCACAGAAACGAAGA
CCCAACACAGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCCTACCCCCAAC
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GCCATGGCCAGGCGCGCGCCCACGCCCTCCTCGCAGCCTTGCTTTCGGTC
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TCAGTATCCTGTAGTAAGCTATAATGGAAAGCAATGTGAAACAACATTAG
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CTCCTCGTGCACGTGAACGCTTTGGGGACTCTCCAGGAAAATGGGATGTA
TCACTCGCAGAGGTGGCAACTTCCTTGCTCCTGGTCGTGCAAACATAGTA
CGATTTTCGGAGTGGGGGCAGAGTGAGGCAGAGAGCTTGGACACGAGGCG
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GCCCGGCCCCGACGCACAGTCCCTCTGGCGGCTGGCTTTCTTGCTGGTGC
GGGGCGTGCGAGGGCGGGCGGGGGCAGGGATCGGAGCTCGGGGCTGTGCA
GGGACCGCGAGCGAGGGAGATGGACACCGGGCACCTCCGCTGCCGCCGCC
GTCGCCGTCGCCGAACGGCGCTCAGGCCAAAAGACCAAAGGTGTCTGAGC
CTCGCCTCTGCGCTCTGCCCCACCCCCACCTCCCGCGGGGTCCCGCTCTG
CTGCGTTGGTTGTGAGGAGAAGCCCTTTGGCAGACGGCCTGCTTGTTCGC
GGACAGCCCGGTGACGGACGGAGCGCGCCAGGGTGTGGTTGGGTCCGGCC
GGAGCAGCGGCTTCCCCGACGGACTTGCACTGTGGCGCCGAGGTGGGTGG
CTCGTGCTGGGGGCCGGACGTCTGTGGTGGGTGACAGGGCATCCAGGGCT
TCCGCTCACTACTCACCTGAGCACCGTTCCCGGGAGCGACTCCTGCGCCA
GGCCCCATGCAGGGAGGGCCCCCTGTGGGCTGGCCAGCAGGAGGCTGGGC
TGCACGCGGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-26#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 295, Final Multiple Alignment Size = 99, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-5#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 1268, Final Multiple Alignment Size = 99, Localized to 43 out of 46 contigs )
AATCCCTGGTGTTCTCTCCACGTTCAAGGGAATATTACTACAGCTATAAC
ATGTACAGGAAACCTAGAGAATGGACACACTGTGAATACGAAAGGTTTCT
AAAACTCAACGAATAGTCCCTCTCCTGGTGCTCCAGTTTGACTTTCCAAC
TGCCTTACTATCAATCTCCCAACTTGGAGAGACAGGCCCTTTAACCTCCT
GGTTTGCACAGGTTCCCAATTTGGCAGAGGATGGAAGGGACGAGGGAGAA
CCCATGAGAGAGTAGCTGTTAGGCATTTGGACGGGCACATGTCACTCTAA
TTTCCCGGCAGGAAGAAGAATTAACCAAAGTCTCAGCCACCCACCGGGAA
CCAGTATAGGACATGATCCAAAATTTTGGACTTGCGTTCAGCTCACAAAA
AACGAGTTGAGAAATGGAGCTCAGGGGCACAGCAATTCACAAACTGGCAG
AGTGATAAAGGACAACTATCGTCCAAAAATCTGTTGAGGGAAGTCAACGA
GGCGGACTTGAAAGCGAGGCAAAATAGCAGGAAACAGATTTCAAGAGGTA
CCTTGGAATCGCCTGTAAAGCACAGGAAGAGGGGCACAACTTGGACAATG
GTGCACTTGGCCAAAAAGGGCGTATGCGTTTTCTCCTGAATATATTCAGG
AGAAAACGCATACGCCCTTTTTGGCCAAGCAAGCAAGCGGGCNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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TCCTGTAAACATGGCTACACGTGAACTGAGTTAGGAAAGAGAACAGAGTC
TCACATTTAGAAA
>rnd-1_family-74#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 107, Final Multiple Alignment Size = 99, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-67#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 116, Final Multiple Alignment Size = 99, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNTT
>rnd-1_family-42#SINE/MIR ( RepeatScout Family Size = 195, Final Multiple Alignment Size = 99, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNN
>rnd-1_family-65#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 118, Final Multiple Alignment Size = 99, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-68#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 115, Final Multiple Alignment Size = 99, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNN
>rnd-1_family-78#Satellite ( RepeatScout Family Size = 98, Final Multiple Alignment Size = 97, Localized to 43 out of 46 contigs )
CATCAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTACGAATGTGANGAATGTGG
GAAAGCCTTCAGCCGGAGNTCAANCCTCANNNNACATCAGAGAATTCACA
CTGGAGAGAAACCCTACGAATGTGANGAATGTGGGAAAGCCTTCA
>rnd-1_family-79#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 96, Final Multiple Alignment Size = 96, Localized to 43 out of 46 contigs )
TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-80#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 95, Final Multiple Alignment Size = 95, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNTA
>rnd-1_family-17#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 342, Final Multiple Alignment Size = 92, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-81#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 91, Final Multiple Alignment Size = 91, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA
>rnd-1_family-82#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 90, Final Multiple Alignment Size = 89, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-83#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 88, Final Multiple Alignment Size = 87, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-84#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 87, Final Multiple Alignment Size = 87, Localized to 43 out of 46 contigs )
AGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGAATCACTTTGCTGTACACCT
GAAACTAACACAACATTGTAAATCAACTATACTTCAATNAAAAAA
>rnd-1_family-85#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 86, Final Multiple Alignment Size = 86, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-87#DNA/hAT-Blackjack ( RepeatScout Family Size = 84, Final Multiple Alignment Size = 84, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNN
>rnd-1_family-88#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 82, Final Multiple Alignment Size = 82, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-86#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 84, Final Multiple Alignment Size = 81, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-89#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 81, Final Multiple Alignment Size = 81, Localized to 43 out of 46 contigs )
TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-90#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 80, Final Multiple Alignment Size = 80, Localized to 43 out of 46 contigs )
CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAGTTAACTAC
ATGCTGACCACGAGCACGTAGACCCCAGACCGGTTGGAACCAGAAGGTTG
ATGATTNAGACTCCTGAAACACCACCCTGTTACCTCACCACCAACCAATC
AGAGAANTGTGCACGAGCTGATCACGCACCCTGCGACCCCCCTCCCTCAN
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>rnd-1_family-91#LTR/ERVL ( RepeatScout Family Size = 80, Final Multiple Alignment Size = 80, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-92#LINE/L2 ( RepeatScout Family Size = 78, Final Multiple Alignment Size = 78, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NN
>rnd-1_family-93#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 77, Final Multiple Alignment Size = 77, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-94#LINE/L2 ( RepeatScout Family Size = 77, Final Multiple Alignment Size = 77, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNN
>rnd-1_family-95#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 77, Final Multiple Alignment Size = 77, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-97#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 75, Final Multiple Alignment Size = 75, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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GCAATCGTGAGAGGAGGAGAGTACAAATGCAGGATATTNGAAATGCATTT
GAAATTAAGAGACCAGCAACTTAAAACAATCTTGTATATATATAGACTGC
TATATCAAAACCTCATG
>rnd-1_family-96#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 76, Final Multiple Alignment Size = 74, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-98#LTR/ERVL ( RepeatScout Family Size = 72, Final Multiple Alignment Size = 72, Localized to 43 out of 46 contigs )
ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
>rnd-1_family-100#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 71, Final Multiple Alignment Size = 71, Localized to 43 out of 46 contigs )
AAAACAAAACAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-99#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 72, Final Multiple Alignment Size = 70, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NN
>rnd-1_family-101#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 69, Final Multiple Alignment Size = 69, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-102#DNA/hAT-Blackjack ( RepeatScout Family Size = 68, Final Multiple Alignment Size = 68, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-103#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 67, Final Multiple Alignment Size = 67, Localized to 43 out of 46 contigs )
ATTGAAACCGAGCAGGACCCTGTGGGGCCTCCCGGGCACAGAAGCCTTTC
CGTGTCCCCCGTTTCTTGTTTGTAGGAAANAGGCTTCAGTCGCCTCCTAG
ACCTTCCCTGAGTTCCAAAGGGCAGATTCAAACAGTTGCTAATCAGGGAA
GTGAGGGAATGCAGAAACAAAGGAGAAGCAGTCAAGAAACAATAGTGCAG
CCATGGGGCAGGGTCCTGGTTCCTCCTCAAGGGATATACACATAACA
>rnd-1_family-104#DNA/hAT-Blackjack ( RepeatScout Family Size = 66, Final Multiple Alignment Size = 66, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNN
>rnd-1_family-105#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 65, Final Multiple Alignment Size = 65, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-106#DNA/hAT-Tip100 ( RepeatScout Family Size = 65, Final Multiple Alignment Size = 63, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-108#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 63, Final Multiple Alignment Size = 63, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCTA
>rnd-1_family-109#LTR/ERVL ( RepeatScout Family Size = 62, Final Multiple Alignment Size = 62, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-110#DNA/TcMar-Mariner ( RepeatScout Family Size = 62, Final Multiple Alignment Size = 62, Localized to 43 out of 46 contigs )
TATTGGGTTGGCCAAAAAGTTCGTTCGGGTTTTTCCGTAACATCTTACGG
AAAAACCCGAACGAACTTTTTGGCCAACCCAATA
>rnd-1_family-111#Unknown ( RepeatScout Family Size = 62, Final Multiple Alignment Size = 62, Localized to 43 out of 46 contigs )
AAAGGCCCTGACGCTGNTCCTAACTAAGGCCCTGACACTGTCCCTAACTA
AGGCCCTGACGCTACTCCTAACTCAGGCCCTGACACTATNCCTAACGAAG
GCCCTGACGCTAGCCCTAACTAAGGCCCTGACACTGTCCCTAACTAAGGC
CCTGACGCTACTCCTAACTAAGGCCCTGACACTGTCCCTAACTAAGGCCC
TGACANTGTCCCTAACTAAGGCCCTGACNCTNNTCCTAACTCAGGCCCTG
ACACTGTNCCTAACAAAGGCCCTGACGCTCGTCCTAACCAAGGCCCTGAC
ACTGTCCCTAACTAAGGCCCTGACACTACTCCTAACTCAGGCCCTGACAC
TGTCCCTAACTAAGGCCCTGACGCTGTCCCTAACTAAGGC
>rnd-1_family-112#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 60, Final Multiple Alignment Size = 60, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-107#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 63, Final Multiple Alignment Size = 60, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-114#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 58, Final Multiple Alignment Size = 58, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NCATCCCCC
>rnd-1_family-115#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 58, Final Multiple Alignment Size = 58, Localized to 43 out of 46 contigs )
CAAAGAGTAAATTTAATCAGGGAAGTGAGGGAATGCAGAAACAAAGGAAA
AGCAGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNATTACCTCACCACCAACCAATCAGAAGAATGTC
CACGAGCTGATCACGCACCC
>rnd-1_family-116#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 54, Final Multiple Alignment Size = 54, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNN
>rnd-1_family-117#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 54, Final Multiple Alignment Size = 54, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-113#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 60, Final Multiple Alignment Size = 54, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-118#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 54, Final Multiple Alignment Size = 54, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-119#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 53, Final Multiple Alignment Size = 53, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-120#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 53, Final Multiple Alignment Size = 53, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-121#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 51, Final Multiple Alignment Size = 51, Localized to 43 out of 46 contigs )
GGCGGAGTCAAGATGGCGGACTAGGAGGACGCGGAATTCGCGTCTCCCCA
CAACTAGGGCACCTGCCAGGCGCCGGTGGGGGACCACGGACACCTAAGGG
GACGGGAGGAACCCCCAGCGACCGGGTAGGACGTGGGGCGTGGGGGGAGT
GAGGGGGGAGGAGAAGTGGAGGCCGGACGGGACCGGCGCCCCTGAGGGGC
GGCTGGGGGAGGGGAAGGGATCCCAGCGAAGNGGGAGACTGGGGGACCCT
CCGGGAGGGGCGCAGAGGATCAGGAGGGAGCGTGGCCAGGTTTCCCCCGC
CCACTCGGGCCCCGGGGAGCCTGCTGGGCTCCCAGGCCTGGTCCTCCGCC
CTCCGAGGCCCCCTCCGGCCGCGTGGGTCCTGGGGCATAGGAGGGAGGGN
AGGGGGAGCAGGAGTAGAGGCGGGACCTCCGGGACCGGCGCCCCTGAGGG
GCGGCTGGGGGAGGGGAGGAGTTCCTACGCCCAGGCGGGACCCCACCCAC
GGTTAGGGGTCCAGCGGGGACGGGGGAGACCCTGTCGGGGAGGCGGTGGG
GGAGGGGCCCTCCGGACCAGAGGAACGGGAGGGAACGNGGCCGGCGCTTT
CCCCGTCCACTTAGGCACCGGGGAGCCTGCTGGGCTCCCGGGCCTGATCC
TCTGCCCTCNGAGCCTCCCTCCTGCCGCGCAGAGCCCAAGCCCCGCCCCT
ACACCCCCACCCAGGGCCCTACCTCTACACTCGGAGACCCCCTC
>rnd-1_family-122#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 51, Final Multiple Alignment Size = 50, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNN
>rnd-1_family-123#SINE/MIR ( RepeatScout Family Size = 49, Final Multiple Alignment Size = 49, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNN
>rnd-1_family-124#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 49, Final Multiple Alignment Size = 49, Localized to 43 out of 46 contigs )
GGGACGAATTGGGAGATTGGGATTGACATATATACACTACCATGTGTAAA
ATAGATAGCTAGTGGGAACCTGCTGTATAGCACAGGGAGCTCAGCTCGGT
GCTCTGTGACGACCTAGATGGGTGGGATGGGGGGGGTGGGAGGGAGGTCC
AAGAGGGAGGGGATATATGTATACGTATAGCTGATTCACTTCGTTGTACA
GCAGAAACTAACACAACATTGTAAAGCAACTATACTCCAATTAAAA
>rnd-1_family-125#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 48, Final Multiple Alignment Size = 48, Localized to 43 out of 46 contigs )
AATATTCTGTAATAACCTAAATGGGAAAAGAATTTGAAAAAGAATAGATA
CATGTATATGTATAACTGAATCACTTTGCTGTACACCTGAAACTAACACA
ACATTGTTAATCAACTATACTCCAATATAAAATAAAAATTTAAAAAAA
>rnd-1_family-126#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 45, Final Multiple Alignment Size = 45, Localized to 43 out of 46 contigs )
GGGAATTAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNAGAGGGA
>rnd-1_family-127#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 44, Final Multiple Alignment Size = 44, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-128#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 42, Final Multiple Alignment Size = 42, Localized to 43 out of 46 contigs )
TGAACTCCTTGCTGTGCAACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NTTATTTGAGGAGGCACTGTTAGTTTTTGAGGCACAGGACCCGAACGTAG
AACGGTACACGAAGGTTGCAGCAGCCGTTCAGAATGCAATCCAGTGCTAC
CGTGTCATCTATGACGAGAAAAAAAGAGCTACTACCCAGACATCACTGGA
TCGTTTTTTCAAGAGGGTAGATAGAATTGAATCCAGCAAGGAACCAGAAC
CTGTGCCATCAACGTCAGGCGTGAGTGAAATTGCAGCTTGCCCTCCGTCT
CCTATTGCTGACGATCCTTCAGCTCTACCATCTCCCACCTCCTCTCCCTC
CTCCAGTCAGTAACTCTTCTTGCCTGTTCACTCGATGCCAGCCCCTGTAT
GCCAGCTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG
ATTAAAAATGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNAAAAGTATTATAAACCTATTACAGTACAGTACTATATAGCCGATTG
TGTTAGTTGGGTACCTAGGCTAACTTTGTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAC
T
>rnd-1_family-130#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 40, Final Multiple Alignment Size = 40, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-129#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 41, Final Multiple Alignment Size = 40, Localized to 43 out of 46 contigs )
ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-131#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 40, Final Multiple Alignment Size = 40, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-132#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 38, Final Multiple Alignment Size = 38, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-134#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 37, Localized to 43 out of 46 contigs )
TACAGTAAGTCCCCTACATACGAACCTTCAAGTTGCGAACTTTCAAAGAT
GCGAACGTGCGTTCGCATGTCCAATCACGTAAGTTAGTTCACGTGTCTGG
CGTACATTGTCACGTGCGTGCATCCTCTACAAGTGGTTGTGCTTTTGTNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATTT
CAAGCCCAGGATGTCCGGAAGCAAGCGTAAAAGCAGCGGTGATGTAGCTG
GTACTGCT
>rnd-1_family-135#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 34, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-136#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 33, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-137#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 33, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-139#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 32, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-133#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 38, Final Multiple Alignment Size = 32, Localized to 43 out of 46 contigs )
CCTTCAAGATGGCGGAGNAGNAGGACGCGGAGCTCACCTTCCTCCCCACA
AATACATCAAAAATACATCTACACGTGGAACAATTCTCACAGAANACCNA
CTGAANACTGGCAGAAGACCTCAGACANCCNAAAAGGCAAGAAAGATCCC
CACGTAACCGGGTAGGACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
CGGGNCGGGACCTGCGCCCCTGGGAGGGAGCTGTGAAGGAGGAAAGGTTC
CCGCACACTGGGAAGCCCCCTCACCGGCGGGGAGATCGGCCGGGACAGAG
GGGGAGCTTCGGAGCCTCGGAGGAGAGCGCAGCAACCGGTCTGCGGAAGG
CAGAACAGAGAGAGACCTGCACAGACGGTCCGTGCCGNCCAGCACTCACC
AGCCTGAGANGCTTGTCCGCTCACCGCCGGGGGCGGGTGGGGGCTGGGNG
CTGAGGCTCGGGCTTCGGAGGNCGGACCCGGGGAGAGGACTGGGGTTGGC
TGCGTGGAGACAGCCTGAAGGGGCTAGTGCGCCGCAGCTGGCGGAGGGAG
TCCGGGAAGAAGCCCGGGCCCGCCANAGAGGCAAGGCGCCATTGTTGAGN
GGTGCGCGAGGGGAGGACAAGGGGAGCTTCCTTCCCTGTGTGCCCACAGG
AGGCAGGGCACCGCCTACACGAGCTCCGGGGGTGGGCGCGAGCTGCNGCT
GCCATCTCGGACTCCAGAGACGGGCAGGAACCACTGACGCTGCTGCCGCA
GCCACCAGAACCGTGTGCAAGGGCACAGGGCACTATCCACTGCCACCCCT
CCTGGGAGCCTGTGCAGCCCGNCACTGCCA
>rnd-1_family-140#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 31, Final Multiple Alignment Size = 31, Localized to 43 out of 46 contigs )
CCTTGAACCATTGCTATAAAACTCCTCACCAAATCCTCCCGGGTNGGGAC
ACACAGTTTTTGAGGGCANNAGCCCGCTGTGTCCCCCTTTGCCTGGCAAA
GCAATAAAGCTATTCTTTTCTACTTCACCCAAAACTCTGTCTCCGAGATT
CGATTCGGCACCGGTGCACAGAGG
>rnd-1_family-138#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 31, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-141#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 29, Localized to 43 out of 46 contigs )
TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNN
>rnd-1_family-143#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 29, Localized to 43 out of 46 contigs )
GGCCCAGGCCGAGGACGAGGCTGACTATTACTGTGGCGTCAGCTGTACAG
CAGTGGTTATCCTCACAGTGACACAGGCAGACGGGGAAGTGAGGCACAAA
CCTCCCTCGCCGTCTGGCTCACACTCTCCTCCAGTCCCAGGAGGACTATG
AACAAAACAGTGACAGGTCTGGCCTGGTTCCTCAAGATCTGAGNCCCCCA
GGCTGCCCCTCCTCCCAGCTCTCCAGGCAGGCTCTGCACAGGGGGCTCAG
GAGTGATTATGGGCTGGCAGGACCAGGCTGTCTCAGTGTCTCGGCAGTGG
TGTTGACTTGAGGAAATAAGGCCTGAATGAAGGACAGACAGAGAGGGCAG
AGACCCAGTGCTAGTGGACCCTGGATGTCCACATGGTGCTGACTGGCCAC
TCATGAGCCCAAATCTCTTGGATGGATGCCCAGAACCACCCAGCTCGTCA
GAGCTCTGGAACCTCCAGGATCCCGTGACAACCTGGAACCCGAACAAGGC
AAAGCAGCACAGTGGACAGAGTGGGGGCCACCACGTCCCTCCTCCGGGTT
CACCCACCTCACACCCATGTTGGAGCCCCTGGCAGCTCCCAGCTGTGCCC
TCCCTGGGGAGGGCTGTCGTTGTAGAGACAGTTCCCCCAAGGTCGTGTCN
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GCCCAAAACCCACCCATGTGGCCTGAGAAAAAGTCTCCTCTTAACAAATT
TTGCCCATCATTCCAGGGTCTAGAGTCTGACACAAGCTCAGTTTGATGAG
TTTAGGACAGTTAAGCTCCAGACCCAAGTGGCCTTAGAAAGACTAAGGAG
GCCAGCAGGAGAGGGTGAGGGTGTCCATGGTGACCTGGAACAGAGCTCCT
GAGACCTGGTGGGCGCACTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCAATTGTTAGAG
GTCCTACAATATGTTTGTGT
>rnd-1_family-144#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 29, Localized to 43 out of 46 contigs )
AGGCAGGGCCTGGCAGCCAACCGGGCCGGGGGCCAGCCNCGCCTACCAGN
NCGCCCACAGTAGTCAGCCCACCACAACAGAAGGACCCACGCAGCCCACA
TAGGGGGCACCCCTAGAGCATATAGCTCTGGTGACCAGAGGG
>rnd-1_family-145#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 29, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNN
>rnd-1_family-146#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 29, Localized to 43 out of 46 contigs )
CCCCTCCCTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-147#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 28, Localized to 43 out of 46 contigs )
TGTTAGGGAACCACTGACCGAAACCGCCCGCCCTGGCCAGGCACGATAGT
AACCGCTTGCATGAGTTGTCTTACAACAGGAGGTCCTGGTAAGGAACGCG
GNGCTGCCGCCAAAACTAACCGGAAGAATTCGGGAGGGGTCAAAAGGAGG
GAGGAGACGCCAGCCCATAATAGTCCTGCCAACCTCCCAGAANCCTTCTC
GCTGGAATCCATCTTGGCTGAGAGATGCGCGCGCCACCAGGGAGGACCCT
GAGTCAGACCAAA
>rnd-1_family-148#DNA/TcMar-Mariner ( RepeatScout Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 28, Localized to 43 out of 46 contigs )
AANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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TTAATGGAAAAAATTTCAATTCCCTGGAAGACTGTAAAAGGCACCTGGAA
CAGTTCTTTGCTCAAAAAGATAAAAAGTTTTGGGAAGATGGAATTATGAA
GTTGCCTGAAAAATGGCAGAAGGTAGTGGAACAAAAGGGTGAATACGTTG
TTCAATAAAGTTCTTGGTGAAAATGAAAAATGTGTCTTTTATTTTTACTT
AAAAACCGAAGGAACTTTTTGGCCAACCCAATA
>rnd-1_family-149#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 27, Localized to 43 out of 46 contigs )
AAACATTTGCTTTTCCATCTCCATGTGAATTGCCTTCCTCCCCTTTGAAG
TCCCAAACCACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNGTGAG
>rnd-1_family-142#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 27, Localized to 43 out of 46 contigs )
TAGCCTGAAATATACAGGATAGCCCATTCTCAAGGCTCTGACCTTTAAGG
GTATAACACTTTTCCATTCATATAGAGATAAAAAGTTGCAGAACAGAGAA
TAACATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACG
TGGACAGCTGCAAGAACAAAGGATTCCGACACCAAGAAGTTTGCAACAAC
CAACCACGCCCCTCCCTCNCCTTTAGTATAAAA
>rnd-1_family-150#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 27, Localized to 43 out of 46 contigs )
AACGAAGATCCCGCGTGCCACAACTAAGACCCGGCGCAGCCAAATAAATA
AAT
>rnd-1_family-151#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 26, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-152#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 26, Localized to 43 out of 46 contigs )
TGAGACAGGAGGGAAGGGGGCAGGGCACAACCTTTAAAAGAATGACATAG
CCGTTAGGACACGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNCACTTCTTAC
>rnd-1_family-153#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 26, Localized to 43 out of 46 contigs )
TTTTTTTTCCTTTTTCTCTTTTTGTGAGTGTGTATGTGTATGCTTCTTTG
TGTGATTTTGTCTGTATAGCTTTGCTTTTACCATTTGTCCTAGGGTTCTG
TCTG
>rnd-1_family-155#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 25, Localized to 43 out of 46 contigs )
TTCTTTCCTGGCAAGGACTCAGCCAATGAAAAGCCATGGACTCTTTGTTT
ACTACAGCCCTCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-156#LTR ( RepeatScout Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 25, Localized to 43 out of 46 contigs )
TTGTTATTCATAACAAGCCCCTTTCAACCACACCTGAGTTTATGTTAATG
AGGTGACTTTTGGAAAGC
>rnd-1_family-157#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 24, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-158#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 24, Localized to 43 out of 46 contigs )
CTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCTTCATTAAGTCCTGAGACCAG
GTGTGTGATCTCAGTTAAAAGACNGTGGGTT
>rnd-1_family-160#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 24, Localized to 43 out of 46 contigs )
GGTCCTAGGGCAGGNCAGGTGTGGAAAAAGAAACCAGATAATTGGCCAGA
GGTAAACAAAGACCCGGAAGAACTGCCCTATATAAATGATTTAACCGCCT
CTTTACTGCGCTCCTCCTCATTAGGGAGGACGCCCACACCCTTTCTCTCC
GGGTGTGCATCTCTGCCTTGCTTCTGTCTTAACTAAACAAACTGTTTCTC
TGTGTGCTCTCCCACCTGTTTGTGCTGTGTCTCTAATAATAAACTTTGTA
CCTGTTTTTACAGTTTTTGCCTCCGTGAGAAATGCATTTTTAAGCANTGG
GCTCGGCAAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATCCCGCTTCANG
CCACCGCTCACT
>rnd-1_family-161#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 24, Localized to 43 out of 46 contigs )
CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNGGGGCCTGTGTGCGAGCGCGGGTCACTGTCCGCCCCGC
CTTCCGGGGGACCTGTGCACCCCGCCACTGCCGGGGTCCCGAGACCCGGG
GACGGCTTTCCCGGGAAAGCGCACGGAGCGCCACGGGCTGCTGCAACGTC
ACGCCGGCCTCTGCCGCCGCAGGCCCGCCCCACACTGCGCGCCCCTCCCT
CCCCTCTGCATGAGTGAGCCAGAGCCCCCGAATCAGCGGCTCCTTTAAAC
CCGTCCTGTCTGAGCGAAGAACGGACGCCCTCCGGCGACCTACGCACAGA
GGCGGGGCCAGGTCCAAGGCTGAGACCCGGGAGCTGTGAGAGCAGAGTCA
GGGAAATCTCTCTGTGCAGCCTCGGAGGCAGCGGATTAAAGCTCCACGGT
CCATTTGATGTGCCCTGCGTCTGTGGAGTGCATGAATGGACAGCGAATCA
TCCCAAATTGAGGAAGTGGACTTTGAGGACAAGATTTAAGACTTTCCCCC
CTTTTCCTCTTTTTACAACGAATTATTCCAAAGTAAGGAGGTGGACTTAG
AGAGCAAGATTTCAGACTTCTTGCCCTTTTCCTCTTTTTACAACGAATCA
TCCCAAATTGAGGAGGTGGACTTTGGGAGCAAGATNTATGATTTTTCCCC
CTTTTCTCTTTTTGTGAGTGTGTATGTGTATGCTTCTGTGTGAGATTTTG
TCTGTATAGCTTTGCTTTCACCATTTGTCCCAGGGTTCTGTCNGTCCGTT
TTTTTTTT
>rnd-1_family-162#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 24, Localized to 43 out of 46 contigs )
GGAAGAACAAATCTGACTCCATATTGGATCTGTTTCTTTTACTTTAACCT
TTGT
>rnd-1_family-163#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 24, Localized to 43 out of 46 contigs )
AGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTACAGTACTACACGATCCAC
GGTTGGTTGAATC
>rnd-1_family-154#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 23, Localized to 43 out of 46 contigs )
ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-164#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-165#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23, Localized to 43 out of 46 contigs )
GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-166#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-167#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23, Localized to 43 out of 46 contigs )
CTGCCTTTTGTCTGTGGAAAAACTTTAGCCAAAGAATAAGTTTAATCAGA
GAAGTGAGAAAATGCAGAAACAAAGGAAAACAGTCAAACGAGACCAAATA
ATAATAGTTTAGTCATTAAGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAGTTAACTACATGATGACCAGACTGT
AGCCATGACATAAGCTGCCACAATTCCGAGAACTGGCCTCAAGGAAATGG
GAACAAACCGACCCTGGAACTGAAGACTAACTGTACTTAAAACAATCAAG
ATGACGCTGGTCAGACCACCGCATGACCAATTTCAAGATGACTGTCAGAG
CTGACTGTGCTGTTTCTGCATGTAGCCCCCTCCCTCCGTCTATAAAAGCT
CTTGCCCACTGATTGTCAG
>rnd-1_family-168#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-1_family-169#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23, Localized to 43 out of 46 contigs )
AAAACCCAACTGCCACTTCTGAAGAGCCGGGAGCAAAAGCAGGGTACTGC
GCATGCCCCCTGCACACAGCACCACCAAGGGGGTGGGCAGACCACCTAAG
CCACCCCTCCGGCCCGACCCCTGGACNCGCCCCTACCCTCACCCCATATA
AGGAACCAGCTCG
>rnd-1_family-170#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 22, Localized to 43 out of 46 contigs )
TGAGACAGGCTGGGACCTGGGACCTGGGACCCTTTGCTGCAGTGCTTGCA
CCTGGACAAACGTCTCCTCGAGCAACAAAATACAAAGAAACTATAAGGGA
CTAAAAATAACTGCGCGCATGCGCAGTTGGGGCAAATTATGGACAACAAG
ATACAAAAAGACCAAAAACCCAACTGCCACTTCTGAAGAGCCGGGAGCAA
AAGCAGGGTACTG
>rnd-1_family-171#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 22, Localized to 43 out of 46 contigs )
GGGAGGGAAGGGGGAGCAAAAGTAAAGGCCGGACCTCCGGGACCGGCACC
CCTGAGGGGCGGCTGGGGGAGGGGAGGAGTTCCTACACCCAGCGGGACCC
ACCCACGGTTAGGGGTCCAGCGGGGACGGGGGAGACCCTGGGGGAGACAG
GTGGGGGAGGGGCGCGGAGGAACGGAAGGGAACGCGGCCAGCGCTTTCCC
CGTCCACTTAGGCACCGGGGAGCCTGCTGGGCTCCCGGGCCTAATCCTCT
GCCCTCGGAGCCTCCCTCCTGCCGCGCAGAGCCCAAGCCCCGCCCCTACA
CCCCCACCCAGGGCCCTACCTCTACACTCGGAGACCCCCTCCGAGACCCC
CTCCACCCCGCGGCGCTGGGCCTAAACCCCACCCACACACCCTCACCCAG
GGCCCTACCTCCAAACTCCGGAACTCCACACTCCAGAGGCCCTCCTTTCC
ACGTGCTGCCTCTCCCCTTCCGCGCAGGTCCTAAGCAGAGGCCCCGCCCC
ACGCTTGAACGTCGCCCCGCCTAGGCCCCGCCCCCAAGGCCTTTTCCGGC
TGCGTGGGTCCTGAGCCTAGGCCCCGCCCCACGCTCAAAC
>rnd-1_family-172#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 22, Localized to 43 out of 46 contigs )
ATGGGTAAAGGGGGTCAACTGTATGGTGACGGATGGAAACTAAACTTTTG
GTGGTGAGCACGCTGTAGTGTATACAGAAGTNGAAATATAATGTTGTACA
CATGAAACTTA
>rnd-1_family-159#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 22, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-173#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 22, Localized to 43 out of 46 contigs )
GACTTCTAACGGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATT
>rnd-1_family-174#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 22, Localized to 43 out of 46 contigs )
TGTTCACACTTCCTGGGGCGAGAAGAAGATGGGCTCCAGGCCGGACATTC
ACNACCAGCCCCCTGTTTACATTTCCTGAGGCAGGAGACAGATGGGCTCC
AGGCTACATATTTACGACCAGCCTCCTGTCTGCACTTCGAGATCTGCACC
GGTATAAGAANCAACAACAGGAACAGGGTAAATAGCCGGACNTTGTTCCT
GTGGACACTTTAAGATAACAGTTATGGCAGGGACAGAGAGGGGCTAAGCC
CTGCTCGGTAAAAGATCAAGAGGTCACATATTTCCCATCCTTGGGGCAAG
GGAGACCTACTGCACATGCGCAGAAAGGCTCCTTGGGGGTCAAAAAGGAG
GGGGCGCCACCCCATAATAAGTGATGCCAGGCCTTCCCANAGGCCTCTGC
GCTGGAATCCATCTTGGAAAAA
>rnd-1_family-175#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21, Localized to 43 out of 46 contigs )
ATTGGCACTTGCCATCTGCCTCTACAAGGATTAAGTCACGAGCCGCTGCA
GCCGCTGACCTTCAACACCCCCTGAAAGGAGTTCAGGGCGGAGATCAGGA
ATGAGGCACTCTGTGCTCTGGGAAAAACTGGCAGAACAGGCCTTCAGATA
GTTAGATATTTTCAGGAGAAGATTTTATGAGCCCAATTCTTGCATCTCCT
CGTATCTAGAAAAGCACTAAAATCATTAACGGTGACGTCTGCTCCTCGTG
ACTAGCAGTAACCTTC
>rnd-1_family-176#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21, Localized to 43 out of 46 contigs )
GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTCCATTTC
TTTCTTAGATCGACTACTGAT
>rnd-1_family-177#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-178#DNA/TcMar-Mariner ( RepeatScout Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20, Localized to 43 out of 46 contigs )
TATTGGGTTGGCCAAAAGGTTCGTTCGGTTTTTTCCATAAGATGGCTCTA
GTAGCACTTAGTTGTCTTTAACTTCATTCGAAACAATTTTGTTAGATTGT
ATTGTGACAGCTGTCATATCAGCGTGCATTTAAAAAAAGACTTATCAAAA
TTGGTGAATTTTTGTGTAGCCATTTTAATATTGAAGATGGAAGAAAAAAA
GCAACATTTTCGGCATATTATGCTTTATTATTTCAAGAAAGGTAAAAACG
CAACTGAAACGCAAAAAAAGATTTGTGCAGTGTATGGAGAAGGTGCTGTG
ACTGATCGAACGTGTCAAAAGTGGTTTGCGAAGTTTCGTGCTGGAGATTT
CTCGCTGGACGATGCTCCACGGTCGGGTAGACCAGTTGAAGTTGATAGCG
ATCAAATCGAGACATTAATTGAGAACAATCAACGTTATACCACGCGGGAG
ATAGCCGACATACTCAAAATATCCAAATCAAGCGCTGAAAATCATTTGCA
CCAGCTTGGTTATGTT
>rnd-1_family-179#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-180#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-182#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20, Localized to 43 out of 46 contigs )
GGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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AAAAAAATTCCACAAGGACTCAGAGGCAAAAAATATACAAATNAATTTTC
ACTGCAAAGTAAAGGAGCTGTTACAGTGGAGGATTACTGGACTGAATGTC
AATATTACGACATAGTATGAGTGTGTTTCGTGTTTGGTAATTGCAATCAT
TGTTGCTTTTGTTGTGGTCATCCATTTACAATGCTTGGTGTCAGTTTATT
TATCTCTTGTAAAAATAAAATACAGTGTGTGTGTGTGTG
>rnd-1_family-183#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20, Localized to 43 out of 46 contigs )
GAAGCCTGCTGGGCTCCCAGGTGAGGTCCCCCGCCCTCTGAGACCAGGGG
TGGGGGGCACGCCTGGGCCCCTTCTGTTCCTTGAGCCTAAGCCCCACCCC
CCCACAGCCCCCAGGGCCTTTTCCAGCCCTGTGGGTCCTGAGCATAGGCC
CCGCCCACCGCCCAAACCTCGCCCTTGCTTAGGCCCCGCCCTCCACAGCC
AAGGCCTTTCCCCCCTCTTTTTTTTTT
>rnd-1_family-184#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20, Localized to 43 out of 46 contigs )
AGAAGCCTGTATAAACAAACCTTGTTACTTCTTTAATTTACTACCCCAAG
CCCAAACTCTGTTTAGATTCTTCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
>rnd-1_family-185#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 19, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-181#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 19, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAA
>rnd-1_family-186#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 19, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNN
>rnd-1_family-187#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 19, Localized to 43 out of 46 contigs )
TGTAACCGAGCAGGACCCTATGGGGCCTTCCCGGGACAGACCCCTCCCCC
ATATCCTCTGC
>rnd-1_family-188#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18, Localized to 43 out of 46 contigs )
TGATGAAATAAAATTCATATTTTATGGCAAGACAAGAAAAATTTAAACAT
AAAATTTTTCTCTGCCCGTTTGGGCCTCCTCCCTCCCCTTTAGTGTGCAT
TGTGCATCTGCATTA
>rnd-1_family-189#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18, Localized to 43 out of 46 contigs )
TGTGGACGAAGAATGTCGCCTGCCATTTCAGTAAACAAAGGATGTTGCGG
CCATCAAGCCATCAGCCACTGCAG
>rnd-1_family-190#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-191#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNN
>rnd-1_family-192#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 43 out of 46 contigs )
CTAGAGAAAGCCCGCGCGCAGCAACGAAGACCCAACGCAGCCNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTTTTTTAAAAAAAAAA
>rnd-1_family-193#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNN
>rnd-1_family-194#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 43 out of 46 contigs )
TCTGTTGCCTGTGCTTAGTCATGCTGGCTCTGCACCTTTTGTAAAAGAAT
GTTGCCTATAGCCTGAAATATACAGGATAGCCCATTCTCAAGGCTCTGAC
CTTTAAG
>rnd-1_family-195#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 43 out of 46 contigs )
TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-196#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-197#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 43 out of 46 contigs )
GCCACAACTAAAGATCCCGCGTGCTGCAACTAAGACCTGGCACAGCCAAA
TAAATAGATA
>rnd-1_family-198#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 43 out of 46 contigs )
TTCAGCCTCCTAGACCTTCCCTGAGTTCCAAAGGGCAGATTCAAACAGTT
GCTAATCAGGGAAGTGAGGGAATGCAGAAACAAAGGAAAAGCAGTCAAGA
AACAATAGTGCAGCGATGGGGCAGGGTCCTGGTTCCTCCTCAAGGGATAT
ACATAACAATCTGATGCATATCTTTGAGTTCTTCTGCAGGAACTAAGGCC
CCCA
>rnd-1_family-199#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16, Localized to 43 out of 46 contigs )
TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCC
>rnd-1_family-200#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16, Localized to 43 out of 46 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-201#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16, Localized to 43 out of 46 contigs )
AGGCCCTGCACACACCCTAATCTTATCAGCAACCCCGCCCTTGAACCATT
GCTATAAAACTCCTCATCAAATCCTCCCGGGTTGGGACACACAGTTTTTN
GAGGCACGAGCCCGCTGTGTCCCCCTTTGCCTGGCAAAGCAATAAAGCTA
TTCTTTTCTACTT
>rnd-1_family-202#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 15, Final Multiple Alignment Size = 15, Localized to 43 out of 46 contigs )
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>rnd-2_family-36#Unknown ( Recon Family Size = 270, Final Multiple Alignment Size = 270 )
TGGGACCCATGGAATGGGGGCCATGCATTATTGCTTGAAAGGGTCTGCAT
TTGCTCACCCAATCTCACCAATCCTCTCAGTCCCAAGTGTCCAGCCTTAT
GCCACATCCAGCTGTCATTGTAGATAGGGTCTTTCCAGGTTTCCTCAGAC
ACCCTGAAGGAATTGTAAAGAATTTCCCTGTTTTTTGGTTTTGCTTTTGA
AATTCCTTTTTATAGTGGGTTTGAGCTGATTCTCGCTGCCATGTTTATGC
CACTCTAGACACACTTGATTCCCTTATGGAGACATATCAATACATAGGTT
TTAAGATTCTTACTAGTCAGATATATTCCTCTGCGGGAAATATGGGGTTT
TGAGTCTCTTTCACTGAGGAAGGTGTNGGTCTTGTCNATTCCAAAGTTGG
TTTTTGAAACGGTCCCT
>rnd-2_family-224#Unknown ( Recon Family Size = 118, Final Multiple Alignment Size = 118 )
GAACAAGAAGTAGTGAGACAAACTTGAGGGGCTTTCTCCTGGCACATTCC
ATTCTAAATTCCAATCTAGAACACGACTTCCATTGAGGCTCTGTTGCCCT
AGTAACCAGATTTGGTAAGGGAGAACTGCTGCCACCTTGTGGCCGTTTCA
CACAACAGCAGCTTTAATCCCAGCGCTAATGGTCAGTGGATATTCAAAAT
CATTGCAGGCCTGTAAATGACACCTGCCCTGAAAACAAATCCTGGGGTCA
TATATCGACCAAAAAATTCAAAAGACGTCCATATTTCAAAACGACAGTTT
CAAGAGGCATATTTCACGCACATTAGTGTTCTGCTTCTTTTGCTTTCTTT
CTTTTTTGG
>rnd-2_family-33#LINE/L2 ( Recon Family Size = 129, Final Multiple Alignment Size = 106 )
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>rnd-2_family-223#Unknown ( Recon Family Size = 100, Final Multiple Alignment Size = 99 )
GAACAAAATNTAACTGGAACGAAAAAAGAAAAAAAAACCTGAACCCAACA
GTTATACAGAGGAAAACCCTACCAGGGCACTTGCTCCAGCGGTAAACAAT
TCTGAAATTGGTCAGAGGTGGGGAATCATCTCCCATACAGCCAGCAGCCC
CGCCCCCCCACGCAAGGAGCGTCCTCATTGCAAAGCTGGGGGACCGTGCC
GAGGCCTCTGTGAGTAAACGTGAGCTGAGCCCCAGGCCAGCTGCTGCTGA
ACTGTTCCCACCCTTCCCAGGTAAAACACCTGAATATGTACAAGGGCTTG
AAAGCCTAGAGGAAGGGCCGTGGAGCCACACCAGCGACAGCACGCAGGCC
AACTTGGTGCCTGCAGGCCAGCCAGGATGGTCCTGGCCCCGGGCGCTCTT
CTGGAAGCTTTCCATTTCCCTGCCTGAGATACCCCTCCTGTCCCGGCCCC
CACTCCCTTTTTTCCTTCCTCACCTCAGCCCGGAGAGAAATTCCAGCGGA
AGTTATGGGTGACACATCCTCTTCTTTACAGGTGGCAGCCTGGCAACTCC
TGCAGAAAGTCCAGCAGAGCCCCACTCACACCGGGCCACCAACAAAGCCG
TGGACCCTCACACCCTCCCACCAGCACAGCCCCGAGACTGCTGACGGGGC
AGAGAATATGGAGTCAGGCACAGCTGCAGGGGCTATTGCTGCCTGGAGTG
CTGTTTATATTGACCTCAACCCAGGCACACCTGGGGAGGGCTTGCCGGCA
GGGTCAGGCTGCCCAGGTCAGCTAATCCTCAGCCCTCAGGGAATCACATT
GCAGAAAATGGACCTCGCTAAGAC
>rnd-2_family-2#SINE/MIR ( Recon Family Size = 47, Final Multiple Alignment Size = 42 )
GTAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-2_family-280#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 47, Final Multiple Alignment Size = 42 )
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>rnd-2_family-23#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 41, Final Multiple Alignment Size = 41 )
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>rnd-2_family-104#LINE/L2 ( Recon Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 29 )
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>rnd-2_family-18#SINE/MIR ( Recon Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 28 )
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>rnd-2_family-37#LINE/L1 ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-2_family-62#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 23 )
ACNAAGNTTGGNCTGGGGGGAGGGTACCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-2_family-65#LINE/L2 ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-2_family-54#LINE/L1 ( Recon Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 21 )
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>rnd-2_family-7#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 21 )
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>rnd-2_family-103#Unknown ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-2_family-335#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 18 )
CTCGCAGCATGACACACAGAGAGATCCTCAGTAGAGCAGANNNNNNNNNN
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>rnd-2_family-42#Unknown ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18 )
AAATCCTATCTCTGCCTCTAATTTTATAGAGGAAANGAGGCCTGATCATN
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>rnd-2_family-59#LINE/L1 ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-2_family-98#LINE/L2 ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18 )
CAAGCTTTTCTACCTCAGGGCCTTCATATGTGATGAGTCCCCTAGACTTC
ATGGATGATGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-2_family-4#DNA/hAT-Blackjack ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-2_family-112#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-2_family-74#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-2_family-100#LINE/L2 ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 15 )
TTCCCCATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-2_family-118#LINE/L2 ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-3_family-3#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 104, Final Multiple Alignment Size = 96 )
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>rnd-3_family-133#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 111, Final Multiple Alignment Size = 86 )
AAGCTAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-3_family-568#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 59, Final Multiple Alignment Size = 58 )
CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-3_family-27#LINE/L1 ( Recon Family Size = 67, Final Multiple Alignment Size = 56 )
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>rnd-3_family-91#LINE/L1 ( Recon Family Size = 129, Final Multiple Alignment Size = 52 )
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>rnd-3_family-242#LINE/L1 ( Recon Family Size = 54, Final Multiple Alignment Size = 50 )
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>rnd-3_family-54#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 52, Final Multiple Alignment Size = 49 )
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>rnd-3_family-87#LINE/L1 ( Recon Family Size = 48, Final Multiple Alignment Size = 43 )
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>rnd-3_family-116#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 41, Final Multiple Alignment Size = 41 )
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>rnd-3_family-535#DNA/hAT-Blackjack ( Recon Family Size = 40, Final Multiple Alignment Size = 40 )
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>rnd-3_family-258#Unknown ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 39 )
AAAATAAATAAAATTAAATTTCAAAATTTTAAAAAATAAAATTTTAAAAT
AAAACAGAAAAAAGTTCTTCCCTTCACACAGATGTATTTATAGGAATGAA
TTATTTCCATGCTTATATCTATAAATACATAAAAGA
>rnd-3_family-29#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 40, Final Multiple Alignment Size = 39 )
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>rnd-3_family-355#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 39 )
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>rnd-3_family-6#LINE/L1 ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 38 )
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>rnd-3_family-150#LINE/L1 ( Recon Family Size = 38, Final Multiple Alignment Size = 36 )
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>rnd-3_family-209#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 33 )
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>rnd-3_family-36#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 45, Final Multiple Alignment Size = 33 )
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>rnd-3_family-836#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 29 )
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>rnd-3_family-529#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 28 )
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>rnd-3_family-533#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 28 )
GGCCAGGTCCAAGGAACAGGTGTGGGCTCCTGAGAGTCAGGATAGACAAG
GGGCTGCAGCTCCGGCTTGTTTTCTAATCATTTTATCTGGCCCATGAGTG
GGAGACAACTTCAAGAAGACACTCTCTTAATGAGAGGAACCCAGGAGTCA
GGGAGAGGAGGGGTGATGGGTGGAGACAGAGGCCTGGTGCCCCGTCTGCA
GTGGAAGTCTCTGGAAGACCAGGCAGAGGGAGGCCGCACAGAGTGACGCC
CAGGGTCACAGACCTGTCGGAGATGCTGTTTGTTAGTTCAAGTCCTGCTC
TGAGGTGCTCTGTGTCAGCTCTGAGAGACAGGCCATCTGGGGTGCTCTGA
AATGAGGGCTACGTGCACGATTCCTGTGTTCCCGGCCCTGCCGTCCTACC
TGCCCACGGGAGCTACGTATCCTGGGAGGGGCCTGATCACGAGAGCCCCA
TGCGCTGCCGGGTAGTTGCGCAGGTGAGCTCCGTANCCTGGGAGGGGCCT
GANCACGAGAGCCCCGTGGGCTGCTGGGNACCTGCCCAGGTGAGCCCCAT
ATCCTGGGAGGGGCCTGACCACGAGAGCCCCATGGGCTGCTGGGTAGTTG
CGCAGGTGAGCTCCATAACCTGGCATTGCCCTGACCACGTCAGCCCCGTG
GGCTGCTGGGGACCTGGTAAAGGATGTCAGGACANNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-3_family-755#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 28 )
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>rnd-3_family-184#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 26 )
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>rnd-3_family-1122#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-3_family-607#LINE/L1 ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-3_family-481#LINE/L1 ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-3_family-111#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 22 )
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>rnd-3_family-341#LINE/L2 ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 22 )
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>rnd-3_family-226#DNA/TcMar-Mariner ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21 )
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>rnd-3_family-461#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21 )
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>rnd-3_family-250#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-3_family-579#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-3_family-110#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 19 )
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>rnd-3_family-1118#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 19 )
CTGTCCTTGTCTTGCAAGTCTCTACAAAATCAGAAGTGCAGCTCTAGAAA
CAAANNCAAGGCCCAACCTATCCTTTTTACCAATCCCNAAACCTCACCCA
TTCATCTCAAAAATCTTGTGGTGTTATAAAACTCNAGATATGTGACTCCA
GAAAAATTNAAAGTNCTTNTTGGAGGAACTTGCACTCTTACCCTGTGCCA
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>rnd-3_family-389#LINE/L2 ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 19 )
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>rnd-3_family-515#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 19 )
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>rnd-3_family-97#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 19 )
TATTCTAACAAAATATCTGGCACATAACTGTGCTTATGAGAGGTCTGCAT
TGTTCCTGTTGACATGTAATCTCTTCAAACATATGGCATTCAAATGCTTT
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>rnd-3_family-229#LINE/L1 ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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GGCAAAGAAAGCAGCATACCAAANTGTACATAANNCATTCTAGANTCTTG
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>rnd-3_family-234#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-3_family-50#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-3_family-7#LINE/L1 ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-3_family-746#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-3_family-114#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-3_family-285#LINE/L1 ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 17 )
TCAGTTATNNTAGAAACAGANAACTTTGCAGTGAATAGAGATCNATGTGG
GGAGCTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-3_family-417#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
TTGTAACTCATTTCGCNGGCAAAACCTGANCNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-3_family-418#LINE/L1 ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 17 )
CCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-3_family-136#LINE/L1 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-3_family-212#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-3_family-198#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-3_family-361#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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CGCCCCAGCCCTGGGGTCCGACACGGGGAAGACGAGCCCCTTGGCTGGTT
GGAGGGCCGGTGGGACTAACAGGAGGGCTGTGGGAAGCCTGGACTCCGCT
CGTGAGGAGCGCGCGCGTGCTTGCTTGCTCCCNGAAAGGAGCAGGGCGGA
GAGAGGTCTGCCCTAGCGGCTGCCGCTTCACCACATGCCCCAGCCCGAGC
CGAGCGAACGCTCCGGCCCCGCTCGCTCCACGCCGCAGCTCGGCACTGGA
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CGGGAGCGCTCCGGCCCCGCCTACTCCACACCGCAGCTCAGCACTAGATC
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GGGCTGCNTCTGAGCGGAGCCTGCAGATGCCTCCGCCACAGAGGTGCATC
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TGGCGTCCACATCAAANCCAGCCCTCNCACCAAAGNCACTGGGCACACGC
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>rnd-4_family-687#LINE/L1 ( Recon Family Size = 74, Final Multiple Alignment Size = 67 )
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>rnd-4_family-686#LINE/L1 ( Recon Family Size = 66, Final Multiple Alignment Size = 59 )
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CCCACCAGCGGGCCGACACCAGCCCCGGGACNTCGCAGCCCNACAGCCGG
CCGTGNCAGGANTCAGCCCGCCCGCCAGCAGGCTCCAGACCCTACCCTGG
GACCAGCTGGGCCCTGGCCCTGCCCACTAGCAGGCCAACGCAACCTTCGG
GACACCCCGGACCCCGTACCCAACTGTGTCAGGAACCGGCCCCNCCCNTA
CCCAGCGATCTCCGACACCAGCTCTGGGATCCCTGGGCCCTGCAGCCAGA
CTCCGGGACCCAGCTCCGCCTGCCAGTAGTCTGGCACTAACCCCGGGACC
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TGCAGCCAGCCACCTCGTGACCAGGCCCCACTAANCAGCAGCCAGCAGGC
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CACCAGCGGGCNGACACCAGCCCCGGGACANCCGNGGCCCCGCAGCCAGA
GACCCCAGGACCCGGCTCCGCCCACCAGCGGGCCGGCACCAGCCCCGGGA
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CACCCCGGACCCCNCAGCCAGCTGCCCCGGGATCCAGCCCCACTCACCAG
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GCCCCGCAGCCAGCCACCCCGGGACCCGGCTCCGCCCACCAGTGGGCCAG
CACTAGCCCGGGACCCCCCGGGGCTCTGCAGCCAGCCGCCTCATGACCCG
GCCCCGCCCACCAGCGGCCGGCAGCCTC
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CCTAGGGTNCCGCGTGCAGAGGCCCCGCACCCGGCACTTCAGACCNGAGT
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AGACTCCGCGGCATAGAGCCTGAGCTGCAGCCGACCCGGCCCTCGAGAGC
TCCGTCCCCTCCCNCCCGCTGACGCTGCCGGGATCCCTACACAGCAGCCC
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TGGCTCCAACGACACTGGGCAGGGGGACCCCTGTTGGGGTCCACTCTGGA
GGATCGGTAACAGAAATTGAGAACATTGTAACTTCAATGAACAGATGTGT
GAGCCAAACTGTAGTTAACATAGAGCAGTGTATAATGCTCGGGTAAAATA
AGATGTTTCTAAGACTTACNTTTGATATTTCCATCACTTTACTATAAGCA
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GAAAGGTAGGAGAAGGGATAAATTAACAGTTTGGGATTAACACATACACA
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GTAGCCGTAGCTTAAAAATTCCCCAGTTTGGGGTTCGGGGAGACACTGAT
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>rnd-4_family-282#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 59, Final Multiple Alignment Size = 57 )
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GCTCGACCAGTCCCTGCTTCACCTACACCCTACTCACATGACTGACCTTC
CTACNTACTTGCCCCAGGCCCCAGCTAGTGATTGTTCTTGCATCTTTAGA
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CCCCTCTGCTGGTTTCCCTGGTAACCGATGAGCCAACCTGACGTCAATTC
CCCCTATAACTGGTAGCCTCCCCCTCCCCCCGGTAGCGAAGACTGCCGCC
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CGCTGACTCCGGGCTCTTTCTTCGGTCTCGAGGCTGGGCAAGTACAGGGC
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>rnd-4_family-512#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 54, Final Multiple Alignment Size = 52 )
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>rnd-4_family-173#LINE/L1 ( Recon Family Size = 53, Final Multiple Alignment Size = 50 )
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CATACATAATGGCCCGCCTCNGGGAACCCTGCCCCTCTGCCTGAGCGTTA
AACTAAAGTGCCTTTGTTCAGCTCACAGGGAAACATCCTGACCCTGCCCA
CCTGTGAATGGCTGCAGGAAAGAAGAAATTAACACATCCCCTCCCCGAGG
CTGGCCATNCCAGGAGATATTTTGCAAAACTTATGGCCTTTTTACTTTAC
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ATCGCTTTGATGTTTGGGTTCCACATAAGTTAAGCGAAAAAAAACCTTCT
TGACCGTATTTCCGCATGCGATTCTCTACTTAAACGTAAC
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>rnd-4_family-368#LINE/L1 ( Recon Family Size = 59, Final Multiple Alignment Size = 47 )
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>rnd-4_family-464#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 54, Final Multiple Alignment Size = 46 )
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>rnd-4_family-1075#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 47, Final Multiple Alignment Size = 44 )
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>rnd-4_family-158#LINE/L1 ( Recon Family Size = 53, Final Multiple Alignment Size = 43 )
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>rnd-4_family-2920#SINE/tRNA ( Recon Family Size = 43, Final Multiple Alignment Size = 43 )
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AGGAATTTTCTGTATTGCATGTACATGTTTTATGTCAATATATTCCTGTT
CTAAATAATGTCTAATAATTTAAAGAAATCTCAAAACATGGTTTCAGGGA
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TCACAACCATGATGAATGATGGATCACGGACAGGACAGACAGAGCCAGTG
CCTACCCTGAGCTCAATCCCTGGGGTAGATCTCTTGGTTCTGTCTTCACT
GTATGCAGTGTTCCTTGCCCAGCACACAGAAACAGGGCCGGCACAAGTGA
TGGAAGACAGACTTTCCGCAGGAGAAGGACATTTCCTTTCCTTAGCACAG
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TCCATCTACTCCTGGAGGCTCCTTCTTTCTCGGACTCCTCCAGAACTGGG
TGTGGCATGTGGGTACAAGCATGGGCTCCCTGCAAAAGGAAGGAGGCCTG
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GGACTGAGGTGCTGTTGGACAAACCTCCCTGGTGGGTGGAGGAAGGCAAA
GGGGAGGAACATTTCAGAAATGAGGAAGAGAACCTTTAGCTTTCTAGCTG
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AGCTTCCTTCTAATCAAATATGTTGTTCCTTCATTCATCGTCCATTCTGT
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>rnd-4_family-393#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 46, Final Multiple Alignment Size = 43 )
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>rnd-4_family-1280#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 42, Final Multiple Alignment Size = 40 )
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>rnd-4_family-148#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 40, Final Multiple Alignment Size = 38 )
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TTGTTTTAATTTTTTTAATCGGGGTAATGATTAGAATATTGTTTGTCCTA
GGTGTACACAATCTGGTTCATTTGTACATA
>rnd-4_family-255#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 36 )
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>rnd-4_family-410#LINE/L1 ( Recon Family Size = 41, Final Multiple Alignment Size = 36 )
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>rnd-4_family-7439#LINE/L1 ( Recon Family Size = 36, Final Multiple Alignment Size = 36 )
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GACCGCCCACAGTAGTCAGCCCGCCACAACAGAAGGACCCACGCAGCCCN
CATAGGGGGAACCCCTAGAGCATATAGCTCGGGTGACGAGAGGGGAGTGC
GCTGCTGGGACGCATAGGACGTC
>rnd-4_family-957#LINE/L1 ( Recon Family Size = 49, Final Multiple Alignment Size = 36 )
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>rnd-4_family-1532#LINE/L1 ( Recon Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 35 )
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>rnd-4_family-1744#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 38, Final Multiple Alignment Size = 35 )
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>rnd-4_family-459#LINE/L1 ( Recon Family Size = 36, Final Multiple Alignment Size = 35 )
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>rnd-4_family-488#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 34 )
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>rnd-4_family-398#LINE/L1 ( Recon Family Size = 44, Final Multiple Alignment Size = 33 )
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>rnd-4_family-47#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 35, Final Multiple Alignment Size = 33 )
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>rnd-4_family-969#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 33 )
CACTTTAGCAAAGCTATATTGTAACTAACCTTTAAACCAGGCGCCCCCAT
GCTCTACTCATCTCCGGCCCNAGCACACCTTTCAAATCTTTTGATCACAC
AATGCCTTGCCTAACCTGTTGATTCTTTCCNTAGATNAAAGAAGTAGGAA
TGAAGAATAAGTAATTAACAGATGACCAGATCTCTTCCCTAGCTTCCCCT
TCAGCAATCCTGCGGGCAGACCGCGTGAACAAGATAGCATCTAAAGGAAG
ATCACGAGGAGTCAGCAAGCCTGCACGCAGTGGGGGATGGCGAAGANTCT
GACCCCCGCCTCGATGATTAACTGAGATTACTTCCCTTTTTCCCTTTAAA
AACTTTCATGGCCGAGCAGAATCTTCGGAGNTGGTTTTTTGGGGGACACT
GAGTCCACCNTCTCCCCA
>rnd-4_family-1893#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 32 )
GGTATCCCCCGCTTTTCGAAAGTTCGCTTTACGCCACTTCGCTTTTACGA
AAGACCTACATTAGTACCTGTTTTCGCTAACCGAAAGAAATCCGAAGAGG
ATTTTCGCTTTTATGAAAAAAAAAAAGGCGAAAAGCGAAAATAGCGTTCA
GCGTTTGTTTTGCAGCGAGCCGTTATAGAGGCAGCGCGCACCCAAGCAGC
GAGAGTGGCACCGCCAAGCTCCTTCCCCGGGAACTACACTCAGCATCTCA
GCATTCAAGCCGCCATAGCTTTGAACTGTGTCTGTGAGCATCTGTGCTTT
ATCTCGATTTATTTTGTGCATCCGTTAGCAAGATGTGTCCTAAGGTAATT
GCTTCTTCGCTTTACGCCATTTCGGCTTACGAAAGGTTTCATAGGAACGC
TCTACTTTCGGATAGCGGGGGAAACCT
>rnd-4_family-2270#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 32 )
TGAAAATTAATAAACAGAAACCTCAATTAAAATGGAGTCGGGAGGCCGNA
GGGGGAGCTCTCACGCCCTACCGTACCGTCAATTGCAGACCCAACAGGAA
GTCAGTTACTGATCGGTAGGAAGACCTTGCATCTCCGACAGGAAGGTGCT
NNCTACTTTACTACCCAGCAGGAGGAAGACTTTCTCCCCGCCCGGCAACA
GCCCAGCCAATGAGAGACCGTCGCAGCTCAGCCAATGAGAAGCCGTCGTC
ACTTCGAACTCCCAGCTTCCTC
>rnd-4_family-2882#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 32 )
AGAGAAGCCATTTTNGGCCTAAGCCATTTTGTGATCTAAGCCTGGCCACA
ATGCTTGCCCTCTGAAACAGGTCTCAGTAATTAATGATCTTAAGGGAACA
AAAGAATGCAGGAACAAACGGCTGTTACCAGGCAAGAGAAGTAACAATAG
CGAAGATAATANATCAGTTGTAAAGACTCCCAGTTCTGTTTCGANGGTAA
AGATTAGCCTGAAGCACGTTCTTGAGCTGTTTTGCGGGATCTAAACCCCC
TGAAGCGCTCAACCACCAGATCAACTGGAACCTAAGGGATGATGATGTTG
ACCTTTTCTGACCCTCGTGACTTCAATCAACTAAAGCTTGGACTCTGTCG
ACCTTTGCCCCAATTCTATGCTGAATTCTCCTCTGCCCAAGCCCCTTCAT
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>rnd-4_family-930#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 38, Final Multiple Alignment Size = 32 )
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>rnd-4_family-1293#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 31 )
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>rnd-4_family-1087#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 30, Final Multiple Alignment Size = 30 )
CAAACACTTTGACCTTCCCCCTAACTGCCTAAAAGAATTTAGATAGAGGG
CCTGTTCCAGGAANGGAGCTATCACCAGAGATANCTGCAGGCAAAGAATA
TGGGCTAGGTGTGGTGGTAGACAGGGAGGAACCTAGCAAAGTCTGTNGGT
CAGAGTCCACTCTGTGTCCCATTGTCTCTGCCTGGCCCAGCAAACATT
>rnd-4_family-1622#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 30 )
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>rnd-4_family-528#LINE/L1 ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 30 )
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>rnd-4_family-1973#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 31, Final Multiple Alignment Size = 29 )
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>rnd-4_family-263#LINE/L2 ( Recon Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 29 )
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>rnd-4_family-396#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 29 )
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>rnd-4_family-169#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 46, Final Multiple Alignment Size = 28 )
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>rnd-4_family-236#LINE/L1 ( Recon Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 28 )
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>rnd-4_family-727#LINE/L1 ( Recon Family Size = 30, Final Multiple Alignment Size = 28 )
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>rnd-4_family-1071#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 27 )
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>rnd-4_family-300#LINE/L1 ( Recon Family Size = 31, Final Multiple Alignment Size = 27 )
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>rnd-4_family-412#LINE/L1 ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 27 )
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>rnd-4_family-1004#LINE/CR1 ( Recon Family Size = 31, Final Multiple Alignment Size = 26 )
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>rnd-4_family-4012#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 26 )
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>rnd-4_family-5758#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 26 )
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GACTGCGAGCCACGTGGCAGAGCAGTCCTCCTGGGTTCCCTTACCCTGCT
GCTCTCCGCCCGGGCGCCCCTTCCCAATAAAGTCTCTTGCTTTGTCAGCA
CGTGTGTCTCCTCGGACAATTCATTTCCGAGTGTTAGACAAGAGCCCACT
CTCGGGCCCTGGAAGGGGTCCCCCTTCCTGC
>rnd-4_family-644#DNA/hAT ( Recon Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 26 )
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>rnd-4_family-788#SINE/U-L1 ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 26 )
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>rnd-4_family-8#LINE/L2 ( Recon Family Size = 35, Final Multiple Alignment Size = 26 )
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>rnd-4_family-826#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 26 )
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>rnd-4_family-3#LINE/L1 ( Recon Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 25 )
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>rnd-4_family-489#LINE/L2 ( Recon Family Size = 50, Final Multiple Alignment Size = 25 )
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>rnd-4_family-688#LINE/L1 ( Recon Family Size = 51, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-4_family-790#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-4_family-1220#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-4_family-1314#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-4_family-1424#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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CACTAGGGGATTGTAAGTAGAGAAAAAAGTATGGGAGACCCCTGTAAGTT
AATGATCACTCAAGAAAGCAGGTTTGCTTAACCACAAAACCAAGCAGGCT
TGCTTAGCAACAAAACCATGCAACAGAAGCACGAGACATGCCCCNAAACA
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GTTAATGATCCCTAGGACATGGCTCTCTGCGCGCGCACNAAAAACAAAAA
TATANGGAAGAGGTGACATTATACTGAAACCTGAGATGATTTNCCATATT
TTAGTATATGTTACCGCCTTTTTGCTCATTTCCATNGCGCCATGACAGTC
CCGGTTTGACCATGTAGGGACAAGAAACTCCCCCGCCCGACGCGGAGGAG
GAACTGATGATGGAAGCNTGACGTCTACTCAAGAATGAGGAAGAAGGTGG
TCTTCTCCCCCTCCCCACTTTTCCTTTGATTATAAAACTGTAGCCCACTA
AGTTCTCGGGGCACGGCACCCTCTTGCCCGCCCGCTTGTAAGCCTCACAA
GCATCCT
>rnd-4_family-1456#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23 )
GGTTGGAGTCCCAGCCACATGGGTTCAAGTCCCAGCCCATGGGTTCGAGT
CCCAGTCTGAGTTTCGGCTGGGTTCGAGTCCCAATCTGGGTTTTGGCTGG
GTTCGAGTCCCGGCNCGTGGGTTCAAGTCCCAATCTGAGTTGCGCGGTTT
>rnd-4_family-175#LINE/L1 ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-4_family-2743#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 23 )
TCCTCCTCCCTTTGTCTTCACTCTTTAAAATCAAGTCNNNNNNNNNNNNN
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AGGGTCCANACGACTCAATTTGGNAAC
>rnd-4_family-2922#Unknown ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 23 )
CACAAAACAAGTAAGTGTCCTGTGCCTGAGCTAACCTTAGGTACTTCAAA
ACAACTCCGTAAGTCTCTTAGCCCCTTAGAGAGGATGAAAGCAATATTAG
AGTTAAAAGTAACTTGTCCCAATTCCCTTAGTCTGGAATACTGAAACAAA
AGTTCTACAGCAGGGGAAGCCTCATAAACACACAGCACCTGCCAGGGTTT
ACCCCAGCCTTGGAAGAACTGGGAAGGATAAGACCAAGGCAGGCCTGAGG
AAAGGTCAGAGGGTGGGCAGGACGGGAGTGTGGGGAGCAGGGGCAGGGCT
GTCCGGATGGAGCAGTGGGTTGTAAGAAGAGCAGTGACCCTGGGTCCTGC
TGCCCTGAGTCTCTGTCCTGGGCCTGGTCAATTCCAGGAGACCAGGTTAG
CAGGGCTGTGAGAGCCAGTGTGTGAAGCGAGCCCAGCAGCCCCTTCACAC
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>rnd-4_family-1533#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 22 )
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>rnd-4_family-45#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 22 )
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>rnd-4_family-2118#LINE/L1 ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-2876#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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GTCAATAATACGTCATTTGATGTACAGCCCTCCGTCAAAAAAAAAACATA
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>rnd-4_family-2261#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 19 )
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>rnd-4_family-336#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 19 )
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TCATCACAGGTAAGTGGTTTTTTTAAAAAATGTAACAATGTTTCCGATAC
TGTATTATGAATATGACTGTAATACTGTATGCCATAAAAATTTTATAACG
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>rnd-4_family-799#LINE/L1 ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 19 )
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>rnd-4_family-4072#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-4_family-1760#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-1992#LINE/L1 ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-1994#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-2782#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-622#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-862#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-1127#LTR ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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ATCACAATTATCCATGGTCTTCTCATCACAATGCTCCATGACCTTTGTCA
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>rnd-4_family-1322#LINE/L1 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-4_family-1907#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-4_family-2101#LINE/L1 ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-4_family-2478#LINE/L1 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-4_family-266#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-4_family-68#Unknown ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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TGTTTAGGGAAAAGGCTAGGTTTAGCGAACGGTAAGATTTAGGGTACTGG
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AGTGTTAGTGTACGGGTCAGGATTAGGGTACGGGTTAGGGTAAGGTGTAG
GGTTGGGGTTAGGTTTACGTGTAGGGCTAGGGTTAGGGTTAGGGAACGGC
AAGGTTTAGGGCACAGGTGAGGGTACGGAAACGTGTTAGGGTCAGGGTAC
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GTTAGGGTTAGGTGTAGGGTTCGGGTTAGGGTTAGGTTTAGACATAGGGT
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TGTTAGGGTCAGGGTACGTGTCAGGGCATGGNTTAGTGTTAGTGTACGGG
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>rnd-4_family-6822#Unknown ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16 )
CCCTGCCCTAACACCACTACACTAACACTAATCCGTGCCTTAACACGTAC
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>rnd-4_family-1144#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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AGGTGCCAAGGCCATACTGACTCGCTGTGTACGTGCTGATCTGTTTTTTT
TTTGGTTTCCTGAAACCTTGAAGGAATGTATCCCTGACTTGTTTGATGTT
CTTTGTTCTGACAAGATATAAAACTGTGCTGA
>rnd-4_family-2363#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 15 )
CAGTCGGCAGTCTTGGCGACCAATGAAGGGGCCCAGAGCAGACTTTTCTT
CTTTGCCTGAACTCTACGAGGATCCGGAGTCCTGGCACCAGCAGAGGCTT
CTTGGGCCTGTCCGCTTTCTCAGAGAGTCCAGACGAATTTGGGTGAGTAT
CTCCTGGTTCTTGGATCTCCAGTTTTGGTTGATGATCCTAAGTTTTATTC
GGCGGTGTTCAACTCTTCTCTTGAGTAGTAGGTTATCCAGTTGAAACTTG
GTTTCGAGAAGAAGTACCTGGGTCNTCCTCAGTTGAAAGACACTGGGAAG
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GGGAAGACTTCTGCTCAAGTGGGTTAGCCTCACTTAAAAGACACTGGGAA
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>rnd-4_family-3304#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-509#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 257, Final Multiple Alignment Size = 200 )
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>rnd-5_family-241#LINE/L1 ( Recon Family Size = 129, Final Multiple Alignment Size = 93 )
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>rnd-5_family-1764#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 109, Final Multiple Alignment Size = 92 )
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>rnd-5_family-211#Unknown ( Recon Family Size = 68, Final Multiple Alignment Size = 68 )
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>rnd-5_family-18061#Unknown ( Recon Family Size = 66, Final Multiple Alignment Size = 66 )
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>rnd-5_family-3417#LINE/L1 ( Recon Family Size = 82, Final Multiple Alignment Size = 64 )
TATCTTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-5_family-4352#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 63, Final Multiple Alignment Size = 63 )
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CTTGACA
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CACACGCAGAGGCGGGGCTGAAACCNCAGCCGAGCCCCAGGGGCCGCGCG
ACTTAGGAAGAAGGGCTGAAATCGAGCTCTCCCGGCGGCTGCGCGAACNA
TGGGATTTATGCCCCACTGGCGGCTTTGTAAACTCAGCGCCTGCGGGACA
TCCGAGCGGACAACGGGTGCTCCCGCGGCTGGGACGGGTCCGGCCTTAGC
AGCTGTGGGCTTTGTGGGCACGTACACGCGGGGGTTGGGCCGGGCCAGAG
TCTGAGCTGCCTCCATAGCTCCCACAGCGGGTCCAGGTGCGCGACTACTG
CAGTCCTGGGACCTGACTTCAGTGGATCTGCGCCGGTGGCCTGGTGAAAA
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GAGGAATACTCAGTGGCTTCTCTCCCAGTGGGAGCGCTCCAATCCCGCCT
ACCTCGCACCGCAGATCAGAAACACAGCTAAGAAACAG
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>rnd-5_family-2150#LINE/L1 ( Recon Family Size = 65, Final Multiple Alignment Size = 57 )
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GGATATGATGAAGAGCACACGNTTTCTTCTNTCAACAAGAAAAAAGAAAG
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>rnd-5_family-3458#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 58, Final Multiple Alignment Size = 57 )
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>rnd-5_family-465#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 58, Final Multiple Alignment Size = 57 )
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>rnd-5_family-21#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 64, Final Multiple Alignment Size = 56 )
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>rnd-5_family-413#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 59, Final Multiple Alignment Size = 56 )
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>rnd-5_family-6332#LINE/CR1 ( Recon Family Size = 61, Final Multiple Alignment Size = 56 )
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>rnd-5_family-1071#DNA/hAT-Blackjack ( Recon Family Size = 60, Final Multiple Alignment Size = 55 )
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TCTCTATCCAAAACTTTATTCCCTTTCTTGTCCCGCNCCTGTTCCCCTCA
GGATTGAGGAGTATCAAAGAAAAGGG
>rnd-5_family-210#LINE/L1 ( Recon Family Size = 61, Final Multiple Alignment Size = 52 )
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AATGAAAAAAACGTAGAATACAATTAA
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>rnd-5_family-686#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 54, Final Multiple Alignment Size = 51 )
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>rnd-5_family-169#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 84, Final Multiple Alignment Size = 50 )
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>rnd-5_family-1444#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 50, Final Multiple Alignment Size = 49 )
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TGTCTCTAGTAGCATAACCACCATCTCTTTGTGACATATAGCCAACTCTC
TGAAAAGAGACTGGCTCTCTACGAGGAGGACCTCCATAATTTTCTCTTCC
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GGCTAACCATCTAATAATGGAAAGGGTAGGCTTCTTAGCTTCTGTTGTGT
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CAATTAAAGAAAAGAACTTAAACTTTTCCTTTGTAAAGAACATTTGGTAC
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GCTTCCCACATAACCTCATCTGGATGCCCCACAACCTGAGCTACTGTATG
AGAGTCACAGGGAGCAAGGTACTCCCTATTCACGGAGGGTGGAAACCCTC
ATTGTTCCTGTCTTCCACGCTCACAACCACTTGAATAAGTATTACTTTGG
CTGCTTGAGTAACCTTCCGGACCTCCTCCATATACACCTCTCGTATTGCT
ATCACAGCAACTGATTCCTCCATATGTCAGCGGGACCCTTCGTGCTGCTG
GTGCAACACGGGAGTCAACTGGGAAGTTAATGATTGAGAAACAAACTTTA
AACATTACAAATTTTTCTGGTATCATATAACATGACTCAAAGTGCTAAAT
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TTCAGCCTAAGTAGTTTCTTGGACAGTAAAAGCCTCTATTTTAGCATTTT
TAAATAATCAGTAGAGTGGCAACTTTTAACAAGATTTAGTAGGGCTTCCC
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>rnd-5_family-2180#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 60, Final Multiple Alignment Size = 47 )
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>rnd-5_family-1790#Simple_repeat ( Recon Family Size = 45, Final Multiple Alignment Size = 45 )
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>rnd-5_family-2228#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 55, Final Multiple Alignment Size = 45 )
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>rnd-5_family-2642#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 49, Final Multiple Alignment Size = 45 )
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>rnd-5_family-68#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 50, Final Multiple Alignment Size = 45 )
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>rnd-5_family-708#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 102, Final Multiple Alignment Size = 45 )
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>rnd-5_family-1217#LINE/L1 ( Recon Family Size = 50, Final Multiple Alignment Size = 44 )
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>rnd-5_family-942#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 71, Final Multiple Alignment Size = 44 )
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>rnd-5_family-1298#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 44, Final Multiple Alignment Size = 42 )
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>rnd-5_family-6941#LINE/L1 ( Recon Family Size = 42, Final Multiple Alignment Size = 42 )
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GTAGAAAGACTATCCGGCCTGCCCACGCCTATACCCTGGCAGGGTCAGCC
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CAACCGCGTCCGAACGGTGACCGTGGGCGTCGCATCCACCAGCCCCCTCT
TCCCACTACCTGACGTCATGCTGCTGGCCCGACCAAGGAAAGTCTGTGCC
GGGATCACCAAGGGGAGAGGTCGCAAGCCCGCGAAGACCCTAGAGCTCAC
CAGGCTGCTCCCCTTGAACTTCGTCAAGATCTCCATCCACAACCGGGAGA
AACAGCAGCTGTGCCTGAGTCTTGCTACCGGCCGGACTTTCTACCTGCAG
CTGTGCCCCTCTTCCGACGCACAAGAAGACCTCTTTTCCTATTGGGGAAA
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ATGCTCCAAACTGGAGATGCAGCGACTACAGAGGATGCCGACATCCTAGT
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ATCTCTATCTTACCTGTCTCTCCTCCCCTTGGCTCAGACCACAGAGCTCC
ACAGAGAAAGGGATCAGGATGCGGTTGGGCTCCACAAGCTTCGTGACGTG
ACTGGAGCCACGCCTTGTGCTTATGTGGGGGGAGAGGGAATCCATCATGC
CCCCCGTGGATCAACTGCAGCCCTGAAAGGCGCCGAAGGATCGGCGGCAG
GGATGACCGTGGGCCTGGCGGGAGCCACCATCGAGGATCCAGGAGAAAGC
GGATCCGGCCAGGCCACCGCAGGCGCTGCCCGCCTATCCCTGCAGGACAC
GAACCTGGTCTCGGCGGGTGTTGCCAGCACGTCCTCGACGGGGGCAGGTG
GTCCAGAGAGCAGCACGAGCGTGGTGTTGCCAGGTGCAGTCACGACCAGC
AAGCCTGCCGCTGGAAGCGCTGAAGGGAAGGTCGCAGCCCCCGTGGTCTC
CACCTTGCAGAGCGAAGGCTACACGTCTGAACGGGATGGAAGCCAGAAGG
TCTCCCACCCCAGGGATGAAGCCTGGAAGGAAAAAAAGGAAAGAAGGACA
CGTCGTCATCGAGGAAAAGTTCCCGTCGCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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GTGCGGCCACGAAAACTCCAAAGGTGACAAAGGAGGGGAGGACGGCTCGC
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GCACCAAGGCTCACACATGGCCACTGGGAGGTAGACAAAGCCCCGGCTGG
CTTGGATCCTTCCCTAGAGAGGCAATTCCTACTTTCTTTAATAAAGGAAA
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CTGGTAGTGACTTGACAGTGACTTCTGTGATGCGAATTGTGCTTTGGCCT
GAGACCCCAGGATCAAAATTTTGTTGTAGAAGATATGCAGTAAGTATCAT
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GGCGAGGTTGCGAATCTTTTGAAATAAGATTTAATAGGTAAATAGCTTGG
GGAGAAGATAAGCTGGGGGAAGTGACTGTGTGATGTGTATACTTGCGTTG
CTGAATTAATTACTTAACTCATCAACTATTTATTGGGTGTCTGTGCTGTG
CCTAGCACGAGGCTATGTTATTGAAAAACAACCCTTTTCTCAGCACAGCA
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>rnd-5_family-11546#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 41, Final Multiple Alignment Size = 41 )
AGCAGCTCTTTTGCCCCTTTCCTGTTTGCCCATTTCTGTTCCCCTCTAAC
CTTAAAAGAACCTAATTATAGGAATGAGATCACTAGGCAATTTAACCTAA
CTCCTGACT
>rnd-5_family-2043#LINE/L1 ( Recon Family Size = 50, Final Multiple Alignment Size = 41 )
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>rnd-5_family-2055#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 44, Final Multiple Alignment Size = 41 )
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>rnd-5_family-4441#LINE/L1 ( Recon Family Size = 42, Final Multiple Alignment Size = 41 )
CCATTTACAATGCTTGGTGTCAGTTTATTTATCTCTTGTAAAAATAAAAT
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>rnd-5_family-1149#SINE/MIR ( Recon Family Size = 56, Final Multiple Alignment Size = 40 )
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>rnd-5_family-21766#LINE/L1 ( Recon Family Size = 40, Final Multiple Alignment Size = 40 )
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>rnd-5_family-128#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 45, Final Multiple Alignment Size = 39 )
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>rnd-5_family-83#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 39 )
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>rnd-5_family-1915#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 40, Final Multiple Alignment Size = 38 )
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>rnd-5_family-4402#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 38 )
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>rnd-5_family-8128#Unknown ( Recon Family Size = 38, Final Multiple Alignment Size = 38 )
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>rnd-5_family-1907#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 38, Final Multiple Alignment Size = 37 )
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>rnd-5_family-2272#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 43, Final Multiple Alignment Size = 37 )
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>rnd-5_family-2282#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 38, Final Multiple Alignment Size = 37 )
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>rnd-5_family-6343#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 37 )
AAACCGAGTCCCCCTAAAACCGAGTTCCCCTGCCGAGTTTATGATTAACC
TCTCTATCCAAAACTTTATTCCCTTTCTTGTCCCCTCTGACCTCAATCCT
GTGCTAACTGAACACTAATCAACCAGAGTCAGATGACTAAAATTGCTGTT
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>rnd-5_family-6531#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 37 )
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CTCTCGCGCCCCATTTTCCTGCAA
>rnd-5_family-7039#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 47, Final Multiple Alignment Size = 37 )
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>rnd-5_family-112#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 42, Final Multiple Alignment Size = 36 )
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>rnd-5_family-7734#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 36 )
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>rnd-5_family-91#LINE/L1 ( Recon Family Size = 44, Final Multiple Alignment Size = 36 )
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>rnd-5_family-1167#LINE/L1 ( Recon Family Size = 42, Final Multiple Alignment Size = 35 )
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>rnd-5_family-1749#DNA/TcMar-Mariner ( Recon Family Size = 41, Final Multiple Alignment Size = 35 )
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>rnd-5_family-2853#Unknown ( Recon Family Size = 36, Final Multiple Alignment Size = 35 )
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AACCAAGCAGTGTGACAAGAGCATCTCCACTCATGTTGCTGTGCAAACTG
CCAGATGAAGTAGGTTCTTGGTATTTTCTGAAGGCTTTTGCAAGCAAACA
AGTCTGGGAGTAAAGTCAATTAAAACATGGAAAGTTATACTTAAAATTTT
TTTTTCGATAGTGAGTCCTTTGAGAAATACATACTTTAATAGAATATGAT
TGCCTTATATGTGTCAATATTTTCCCCACCAAAGAAAACACTGAAAATGC
TTGATTGTAAAATGTCACTTGTTTACCCAAGAGACTGTCTATGAGTAAGG
TTGTTCTAGAAATCCTCAATCCCTAGGTCGTAGTTTCCTGATGGTGCTGA
GGGGAACCCTGGTGTGCGATTCAGTGCCTGCTACTCACAGGGAGGCTCTT
AAGAACTCAGAGACCCGCTCAGTGGACCCCACGTGTGAGGACAGGATTGG
AGCCTCGGGCTGGACTTGAAGAGGGAAATGCTTTAGAGAAGTGGAAGGAG
ATACAGGAAGGGCACCTGAGCCATGGGGAGTCAGGGGTGGTTGGTTTAGA
GATCAAGGAAAAGTGTACACCTGAGCACAGCCTGGGCCACACTTAGGATG
CTATTGGCACTTCTGCTTGAATGGGGAAGAGAAAGGACATCCCCCTCTTG
CTGGAGTGAACTCTGGAGAGATGTGTTCTTTAAAGCCTGGGGAGAGGAGC
TTCTCTCCCATTATCTCCTGATACCTGTGTACATTCGAGACCCTTCCTCC
TTTCTTCTTTCCCTCTGTTGACTCCCTTTCCTTATTTTTCTTCTTTTTTC
CCCTTTTTCCACTTTGTATTTATTTTACATATGTATATTT
>rnd-5_family-358#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 36, Final Multiple Alignment Size = 35 )
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>rnd-5_family-473#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 42, Final Multiple Alignment Size = 35 )
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>rnd-5_family-500#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 36, Final Multiple Alignment Size = 35 )
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>rnd-5_family-765#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 40, Final Multiple Alignment Size = 35 )
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>rnd-5_family-155#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 34 )
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GGCCCGGCCCACGTCACAAATCTAAACCTAAGTCAGCCTGCACTTACGGG
AAACACCTCGTCAAGGAAGAACCTAACATACACCAATCACAATCCTCCAA
CTCAGCTTTAGCTAGCTCACCTTACCCTAGAAAATAGGACCCGCTAGCCT
TATAAGGAAATCCCCGACCTCCTAGCCAATCATGCCCTGTTTCCGCGTTG
CCTCTTCTAACGCTCTATAAAACTCGCTCTTGCCCNAAATCCCTCGGGAA
GAGTGCTCCACTGCTTGTGAGGCACTGTACTCCCCCAATCCATGGATTGT
TTTCCCTTGAATAAAGGACATCAAACTCGTTACTAAATTGTTTTANTTTT
GTCATTTGA
>rnd-5_family-193#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 34 )
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>rnd-5_family-2787#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 34 )
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>rnd-5_family-359#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 40, Final Multiple Alignment Size = 34 )
GTTCTTCCCCTTTAAGTGTGAAATCCATCTGAATATAAAGGCTGGTACTG
AGGTAGGATGAGGTGGAAACCCACCTTTGTTTTACTAAAAGGCTGACTAA
CCAGTCTGTGTCTCGACTGACTTTACGGAATAATTTTTTACCACTGTTTT
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>rnd-5_family-4397#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 42, Final Multiple Alignment Size = 34 )
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>rnd-5_family-4844#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 34 )
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GGAAGCCCCTTT
>rnd-5_family-5428#Unknown ( Recon Family Size = 35, Final Multiple Alignment Size = 34 )
TGTGAGTAGTAAAGGAGACACACAGGAAAGAAACACACAGTAGGGAAGAA
CTGGGTTTTTCCCTACACAGGAAGGAGAAAACTGAGTTTTTCCT
>rnd-5_family-101#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 33 )
TGTAGTTGGGCCCCAGNTCAATATCTCTAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-5_family-1576#LINE/L1 ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 33 )
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>rnd-5_family-1865#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 42, Final Multiple Alignment Size = 33 )
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>rnd-5_family-3023#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 33 )
TCCAGACGCTCATGCCTGCTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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TCAGGATNAACAGATATTNCGGCATTNCTTCCCAGNGAAAATGCACCTTC
CTTTAAAAGCACCGTGCNNACTCCTA
>rnd-5_family-3180#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 35, Final Multiple Alignment Size = 33 )
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>rnd-5_family-32073#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 33 )
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>rnd-5_family-4203#Unknown ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 33 )
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>rnd-5_family-4270#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 33 )
ACAGAACTAATTAGTGCAANACAANAAAGAAAGCGGGATGTGCCTTCATA
ATATCAGAAGNTACATGCCATATNGGTTCNCTAGGTNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-5_family-810#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 33 )
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>rnd-5_family-1952#LINE/L1 ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 32 )
GAGCTCGTTCTACCACGAGGACACTGGTGCTGGCAAGCGCCATTTTGGAG
TCCTCCCTCTAGCCTATTA
>rnd-5_family-3103#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 32 )
TGCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-5_family-4300#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 48, Final Multiple Alignment Size = 32 )
TATAGGGGGNACGGCTGACCTNAAACTCACCTTAAAACAACGCTCAAACA
GAGGAGAAACTACACTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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TCTTGACTTCTTGGACCTTTGCATATGAATCAAATGTTTTTCTATCATGG
GCGCAATCCTATGCNAGTTTTAAAAATCAATCCAATTGTTGGGTTTGTGG
CCAATTACCTATGTCCAGTACTTCTGGGTTACCTTGGTGGATTTCTCCNC
TCCAAGGCTCTAATTGGATGGCCCTTAGGAAATTTATTCTAGAAGAAAGA
AATTATAGTCCTGTTCGGGCCACTATTGATATTACTAGGTGGGACCCCCT
CACCTGGCCAATTAATAATACCTGCTCTGACCCTGGCCATAAATATGAAT
TTTCTTTTAAGGTTACTCAAGCTCAATCAGAGCAACGAGCNAAATTTCAG
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AGCTATATTACTTGTATTCTGCCTATTTTACAAGATTGTTGTTTCTTGCA
TTACCAAATGTGTGACTGAGCCTCTGANAGTAAAACGATAAATATATAGT
TCTATATGAGATCAATGATTGTAATAGTGTAACTCTAGATATGGGAAGAA
GCAACAAGAGGGAACCNTTTCCTGGACCATAACAGACTAGTAAGACAGGT
GGTCCAGAGGCTTTTGGCTACTGTTAACAGGGCCTAGTCCAGTAATAGCA
CATTGAGTGGCCTATCAACGAAATCCTCGCCTGACCTGGGAATGAGCATT
CCTAGCACCGTGGGACGAANTGGTCATGAAATGCCTCCCAAACCNTGGTC
GAANTTANGACCATGAGGGGGCCC
>rnd-5_family-5317#LINE/L1 ( Recon Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 32 )
CATAAAAACAGCCCTCCAAGACCACAGTAGATAACTGTTTCTCCTAAACT
CACAGAGTAAGAGAAATATAAGTAAAATGAAGAAGCAGAGGAACCACTCC
CAGTTAAAAGACCAAGAGAATTCCCCTGAAAGAACAATGAAACAGACCTC
TTCAGTCTAATAGACACCGANTTCAAAAAGGAGGTAATAAAAATGCTGAA
GGAATTAAGAAAGGCTATCGACAGAAATGCAGANTACTGTAAAAAGGAAC
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>rnd-5_family-684#LINE/CR1 ( Recon Family Size = 66, Final Multiple Alignment Size = 32 )
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CACCATGTTGCGACGGTTACGAAATTCCTGAGCCCACCCGGGCGACGGGA
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GAATTCCACACATCTGTACATCTAAAGGTGGGTGGACTGGAACACACAGA
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CCTCTTTCCCCCCTTCCCTTCCTGAACAATTCAGTCCTAAAGCCATTAGG
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>rnd-5_family-3478#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 29 )
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>rnd-5_family-5368#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 29 )
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>rnd-5_family-6290#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 31, Final Multiple Alignment Size = 29 )
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>rnd-5_family-1415#LINE/L1 ( Recon Family Size = 30, Final Multiple Alignment Size = 28 )
AAAAATGTAAATATAAACAAAAGTTAGCCTCCTTGAAAAGAGAAAATGGG
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ATTGCTCATAATAATCTATATCTTTGTGGGCATCAAAATAATTGTAGCTT
GCTCTGCCCGTATATGTAAGCGGGCAACTAAAATTGTCAGCAAAGAGATG
CTACAGACCCATGTCGACATCTTCCACTCTGAGAATACGGCGNNNNNNNN
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GAGNGCAGAGGGACTCCGCTGAATAAGGGGCCTGCGAGCCTCGGGAGGAG
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CGGGCCCTGCGCCTCNCTTGCCCCGTTTCCCCTCAGGACGCTCAGGCCGA
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CTTTATTATTATTTAGGTCTTGGTTTTCCTTGAGTCTGTGAGTCCCCATA
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GGCTCCTCATTTAAACTGGAGAGAATCATTTGTATAGGATCAATAGGAAT
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CTCCGCCGCGAGGACCACCGCNNGGCCGACCGTTGGCGGAGCGGGACCTC
TAACCGCCGCGCTAACGGTCTCGCCCGCTCCGCCCCTAT
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CCTCGGGGGTGGGGGCTGGGGGGTGACATGCGGCCCACGATGGGCAGGCG
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CCTGGGTAGAAACCCGGCCTGGCCTCAGGACTGGGAAGCTCCGTGCCTGC
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CCCTGGGGCTCGTGGAGAATCCGCAGGAGGGCTACCTGGCAATAATTCCA
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TGATTGCAGGGCACGCAGATCGGGCAAAAGCCCGATGGGTAACAGCTGAG
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AGAGCTGCCCCTCTGCTTTCAGCCCTGCTGTCCTGTGAGTTATCTCAACA
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TGCCCTCCCCCCACCCCCTGCCCCTGCCCCTCACCGCAGTCACAGTGCAG
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TCTCCCGGGTGTGATGGCAGTCTCCGCCTTGGTTTGGGACGTGGCCGGGG
CCTGAGGGCTTGGGGCTGCACTTCTGTGCTGGTTTCACTTTTCCCCCGGT
GTGCGCACCTTGGTTAGAGGCTGGGCCGGAGGGCTTCAGGCCGGAGGGGT
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GGCACACTGGGTACGTCCTGGCAANCCAGCCAGAGG
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CCAGGTGGCAGGAAACCACGCATCTTGTAAACAGCGGGGGTCCATGGGCA
GACAAAGAAAAGCAGGAACCTCCAGACTGACAGGAAACCACACATTTTGG
GGTGATAAGTGTCCTGGAGGCAGACAAAGAAAGGTGGGGAAAGGCGGGAA
TCTCCTGCGTCCGAATGTAACCTGTTGCTCATTATGCTCTCATTACAATA
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CTTCCGATCAAGGCTAAATAAGGACAAAAATCCCTCCTCCCCTCGGGAAG
GTGGAGCTGGGATGAAAATCAGGGAATACGACCCCCAAACCCCTCCTTCC
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ATCCGGGGAGAGGAACGCTNTTGGCTGCGCGGATACAGCAGAGGGGACGG
GAGTGAGGGGATGCGCGGCCGGGAATGCCCCTAGAGGAAGCGTGGTCTGC
CTGGAAAGTGAGGCGCCATTGTTGAGAGGCGCGCGGGGGGCGGGGNNNNN
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CACCAGAGNGAGATGCCCCACGTGTTCTGCCTGCCAGTCCCCACCA
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GTTCAAGTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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GTAGGAGATAGATGGGCCCCTGGGCTGGACAGCTGGTGTTTGTCAAGTGG
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GTTTTGTTTNTGGAGGCGGCAAATTATGCTCAGAGACTGAGATTGTCTTT
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CCAAACNAATGATAGATTAATTACACTATTGTTCCAGGCAAGGGGAGATG
AAAGAAATAAAGTCCAAATTTAGTTGAGGTGTACCTTTCTACGAGTTGGT
TCTCNGGAGAGNCGGCTTAGCCAACCAAGAGCTGACGTCCAGCTGCCGGC
GCAAAAATGAAAGTCCCTTGTTGCTAGAGCACGTTGCTAGGGAACGANGG
CGCCGGTGTTGGCGGGCAAGATGATCTCCTTCTGGGCCGCTGCACGGCTT
GTCGCCACTGCCGGTAAAAGAGTNGCCTTTACCACGGCAGGAGCTAGTGC
CCCAAGGTCTTCGGAGAGCTATTTAGATCAGCAAAGGGTAGCCTTGCCCA
GACCAAACTCTCGGATAGTCCTCACAAACTCTNGGTATTTATAGTCTAAA
TGTCCCCTCGCCATAGTTGCTTCTCCACNTGTTCTTATCGATAAGCCCCC
AGCGGGGCCCCTCAGCAGCTGAGCTACTGAGTGCTTATCAGCGACAACAG
ATGNGACGATGACATCCTGACACAGCCTCACTTCACTCTTATATCAAAAC
AACTTCACTTCTAAAAACAACTTTTTTTTTCTTTGTCATAAACAAGTGGA
TTAAAACAACTTCACTTAAGATCATAAACAAGTGGATTTGAAATCATATC
AAACCAATACACA
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AGAAAGCCTGCACGCAGCACTGAAGACCCAACGCAGCCAAGATAANNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATCTTTTAAAAAGTAATACTCAGGTTT
GAGGCATGAGAAATTTGATGAGGAGAAATTAGCTAATGTTTGCAGAACTT
TTAAAATATCAAACTCAGTCTCTAAGATTTTAGCATTCTATACAACATCG
GTTACTTATTAGTGGTTTGGGAAGGCCAATTTAAAATTTTCTCATCTTAC
TGTATTGAAATTCACGGCCCTAATGTTTTCCACGTTGACTATATGAATGA
TGAAGAAAAGTCAATCATGTATTTCATTTCCAACTGGACAGAAAACAATA
TTTTAAAAAGTGTTTGGCCTACTGACTTTTGATTTCTTCTAAGGCAAATG
GATAGGTAATTTTTATTCCCTGATTAGGAGAAAAATGGTGGAAGAGGGCA
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CTATCTGCCCACCTGCCTGCTGTTGCTGAGGGCTGNACACAGTGATCAAG
GAANCATGAAGAGTCGCGTTGGCACCAGTGCCCTCTGAGNTGGGGAGCTN
GGGAGGAGGATGACCGCGGGGTAGGGTACGTGNTAGGGGANGACTGCGGG
GTCCTCGGAGAGAGGCTGTTCGTGGANTCATCTGTCCCCGTCGTGACAGG
GCTGTGTGACCTTTGAGGACGTGGCCGTGTACTTCTCCCGGGAGGAGTGG
GGGCTCCTNGACGAGGCTCAGAGACTCCTGTACCGNGACGTGATGCTGGA
GAACTTTGCGCTTGTGTGCCTCGCTGGGTAAGGCGGGCCTCACATCCCTG
TCCCAGCGNCCTGGGACAGGTCTCTGCCTTCCCCCTTTTCTCCAGGGTGC
GGTCCGTTCTTTCACAGCTAGACAGTGGGCACATCTCCGTTNCCCGCTTC
CTTGGNGTNGGTGCTGTGGNTGCCAAGGCTGGGTTGTGCGTANCGCCTCC
TTCTCTCCCNAGCAGCCCCAATACCTGCTGCTCCGAAGTCCTTNCGGGGA
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CTCGNCCNCTCCCGGTGGGCGTGTCCAGATCCATGACGCCTCTGTGCCCC
AGGCTCTGCCCTCTTCTGGCTGACATTTCCTGNGGCCTGNCTGTGCCAGG
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CCTGCGAGACTCTCCTTCAGAGTTATTTNTATGTTTTTCTTTTCTGATTT
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CTTTCCCTTAGGACTTGCATCTTCCGGGTCCCATGTNGTTGCCCAACTGG
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GAAGGGTGTGATATCAGGGCTGGGTTCAAATCATACCGGGAACCTGTCCT
GTGCCCANCANTGTTTTAGTGCCAAGGCCAGTGGCCGCGTACCTCATTTC
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GACTTCGAGCCCAGGATTATCCCCCACCTCTCTGNCTTCCACTCNGCACT
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CTGAGCGGAGCGTTTCTGTAGGAGTGTCACAGGTCAGGACTCCAAAGACA
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ACGCGTCGGAGAAGCCCTTTACNTGCCAGGAGGCTGGGAAGGACTTCCCG
GGTAGCTCNGGCCTTCTCCAGCACCAGTCCAGTGGGNCANNCCACAAAGG
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TAACCAGAGCTCCTCAAAGATGGGAGTGCCTGCTCGACCGTAAAGATCAA
TTTTTTTCTTTCTTCTGACGCTAGCAATGTAACTTCTTAAAAGAATAGCG
TTCTTTCCCAGCTCTGTAGGGGTCATGGTGACTTGCTGCTCGCTTTGTAC
GTGCTTACCTGGACTATGTATCCTTGGTGAACTTTATGTAAAATATCAGT
ATGTCATTTTGATGTACGATCCTTTGTCTCGAAAATGTATATGACTGTGC
CT
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GGCAGGCGCCATTTCTGTCACTCTCCATCAACCTAGCTAACACCGTGCGC
CCCGCCCCGGCATTCCCCTGAGGACCCGCCCCGCCCAACCCGCCCGCCCT
GGCCGGCCCCTCCAAAGCGGCTCCCGCCCCGCCCCACCCGGCGGGCGGCC
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GCCGGGCCAGGGGCCAGCCCCGCCCACCAGCGCGCCCGCAGCAGTCGCGG
CCGGGCCTCGCAGCCAGCCGGGCCGGGGGCCAGCCCCGCCCACCAGNGCA
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TTTCTCATTAAACTTTTTTTAATGGGTCTCAAAATTCTGTGACAGATTTT
TGGTCAAGTTGTTTCCATTAAAAAGTACTGATTTTAAAAACTAATAACTT
AAAACTGCCACACACAAAACAAATGGTCCACAAAACATTCTCCTTTCCTT
CTGAAGGTTTTACGATGCATTGTTATCATTAACCAGTCTTTTACTATTAA
ACTTAAATGGCCAATTGAGACAAACAGTTCTGAGACCGTTCTTCCACCAC
TGATTAAGACTGGGGTGGCAGGTATTGGGGATAATATTCATTTAGCCTTC
TGAGCTTTCTGGGCAGACTTGGTGACCTTGCCAGCTCCAGCTGCCTTCTT
GTCCACTGCTTTGATGACACCCACAGCAACCGTCTGTCTCATGTCACGAA
CAGCAAAATGACCCAGAGGAGGATAGTCAGAGAAGCTCTCAACACACATG
GGCTTGCCAGGAACCATATCAACGATGGCAGCATCACCAGATTTCAAGAA
TTTGGGGCCATCTTCCAGCTTTTTCCCAGAACGACGATCAATCTTCCTTC
GGCTCAGCAAACTTGCAAGCAATGTGAGCTGTGTGACAATCCAGCACAGG
TGCATAGCCAGCACTGATTTGGCCTGGATGGTTCAGGATAATCACCTGAG
CCGTGAAGCCAGCTGCTTCCATCGGTGGGTCATTTTTGCTGTCACCAGCC
ACGTTGCCACGATGAACATCTTTGACAGACACGTTCTTGACACTGAAGCC
CACATTGTCCCCAGGAAGGGCTTCACTCAAAGCTTCATGGTGCATTTCAA
CAGACTTTACTTCAGTTGTAACGTTGACTGGAGCAAAGGTGACCACCATG
CCAGGTTTGAGAACACCAGTCTCCACTCGACCCACGGGGACAGTACCAAT
ACCACCAATTTTGTAGACGTCCTGGAGGGGCAGACGCAAGGGCTTGTCAG
TTGGACGAGTTGGTGGCAGGATGCAATCCAGAGCTTCAAGCAGCAGTGTT
GGTTCCACTGGCATTGCCATCTTTACGGGTGACTTTCCATCCCTTGAACC
AAGGCATGTTAGCACTTGGCTCCAGCATGTTGTCACCATTCCAGCCAGAA
ACTGGCACAAATGCTGCTGTGTCAGGGTTGTAGCCAATTTTCTTAATGTA
GGTGCTGACTTCCTTAACGATTTCCTCGTATCTCTTCCGGCCGTAGGGTG
GCTCAGTGGAATCCATTTTGTTAACNCCAGCAATTAGTTGTTTCACACCC
AGNGTGTAAGCCAGAAGGGCATGCTCACGGGTCTGCCCATTCTTGGAGAT
ACCTGCTTCAAATTCACCAACGCCAGCAGCAACAATCAGGACAGCACAGT
CAGCCTGGGATGTGCCTGTGATCATGTTTTTGATGAAGTCTCTGTGTCCT
GGGGCATCAGTGATGGTCACATAGTACTTGCTGGTCTCGAATTTCCACAG
GGAGATATCGATGGTGATACCACGCTCGCGTTCAGCTTTCAGTTTGTCCA
AGACCCAGGCATACTTGAAGGAGCCCTTTCCCATCTCAGCAGCCTCCTTC
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ATGGCCAGTAGTGGTAGACTTGCCCGAATCTACGTGTCCAGTGACAACGA
TGTTGATGTGGGTCTTCTCCTTTCCCATTTTGGCTTAGATTTAGTGGTGG
TTTTCATGACACCTGTGTCCTGGCGGCAAACCCGTTGCGAAAAAG
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GCACAGATGCTGATNTTCGTGGTCTTCCTGNTGATGTACGTGGTCACCCT
CGTGGGNAACCTCGCCATCGCTCTCATCGCTGGCTGACCGTTCCCTCCAC
ACCCCCATGTACTTCTTCCTCNNCAACCTGTCCTTCGTNGANATCTGCTA
CNCCTCCGCCGTCGCCCCCAAGATGCTGGCGAGCACCCTGTCCATGGAGA
AAACCTCATCTCCTTCGCTGGCTGTGCGGCCCAGNTNTTCTTCTTCGTCT
TCTTTGGCGNCACTGAGTGCTTCCTNCTGGCCGTCATGGCCTATGACCGN
TACGTGGCCATCTGTAACCCNCTGCGCTACACCGTCATCATGAGCCGGAG
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NNATCGACCACTTCTTCTGTGACGCCCCNCCCGTTCTGAAGCTGGCCTGC
GCNGACACCCGGGTCCGCGAGGCCACTCTGTTCGTGGTCGGTGTCGCTGT
GCTCGCCGTCCCCTTCCTGCTCATCGCCCTGTCCTACGTCTTCATCGTGG
CCGCCATCCTGAAGATNCCNTCNGCCGAGGGNNGGCGGAAGGCCTTCTCC
ACCTGTGCCTCCCACCTNACNGTGGTTCTGCTCCATATGGGGCTGTGNTC
CTCATNTACCTGCGCCCCAGCTCCGGCTACTCTCCAGAGGGGGGNCAGGT
GGTTTCTGTGTTTTACACCGTCGTCACCCCCGTGCTGAACCCCCTCATCT
ACAGCCTGAGGAACAAGGANGTNAAGGNNGCTCTGAGGAGAGCA
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>rnd-5_family-6567#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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TGACAACCTGCGNGCNGNGACCTGTACNATGGGAGCCATCCAGTTNGAAA
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CTCTTGTTCCTGGAAGCATTCAGGTCCAACTCAGTTCATGGCCATGGCTG
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>rnd-5_family-8805#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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NNNNCGCCACCAAGTANCAGCAGCTGACACAAAGCGTGAAGAACACCAGA
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>rnd-5_family-1130#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 19 )
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>rnd-5_family-13341#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 19 )
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CCGCATCTCTAAGGATGAAAA
>rnd-5_family-1420#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 19 )
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>rnd-5_family-1649#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 19 )
TGAAACGGAGCAGGACCCTATGGTCCTTGCCCCCCATGTCCTCA
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TTCGGTGGACCTGGGTTGAGCACAGTGTCTGCAATAGCACAGGCCCCATT
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CTGAACAAAGGAGCTTCTGTCCTCGTGGAGTTTGGGGCCCGGCACGGTGG
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>rnd-5_family-7006#LINE/L1 ( Recon Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-5_family-5885#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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TTCAGCAAGTGAAAGAACTTCTTGCAGTCTTGGGAGGGACAGTAAGAGCA
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CCTCAGTGATTAATTGGCCTTTTTGTGTTTTCCTTAATTTAGGGNCCATT
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>rnd-5_family-8789#LINE/L1 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-5_family-995#LINE/L2 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-5_family-1023#LINE/L1 ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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AGTGCCAGTAGGCGCGCCCCGCTGAGAGCCCCACCCACCCCTGCGCCTCG
GCCAGGCCTCACAGCCGGCCGGGCGATAACCCTGCCACCAGTACACTGCA
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CAGCGCCCACGGCAGCCACTGTGGCCAGGNCCCGCNGCCGNTCCAGGAGN
CGGCCCCGCCCGCCGNTACNCNGNAGCNGCTGTGGCCGGGCCCC
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TTGCTTTAGTCTCCCAGGCCTCCCTTGAGTCTCAAAAGGCTGGCTCAAGA
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GA
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GCCCAAACCACGTTTTCGAATGGGAGTGGTCTAAAGTCGTTTCCTTCTAT
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TTTCTGCAGAGTTAGACTGCACAAGAGGTGCGTTCTTTTACTAATTAGCC
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TAAAAATAATGAGGGGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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TATTGCAGCCTCTCTCCCCACGCGCTGGCCCCTGCCTCCNTGGGCACTAG
AAAGGGCTCCCACCAGGGCCGGCTCTCNCGCCCCNGCCGCCGGGCACTAG
GAAAAGCCCCCCCAGGGCTGGCCCTCTCGCGCCTGCCGCCGGGCAACAAG
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AAAAAGGCCCCCGCCAGGGCCGGCTCTCNCGCGCCTGCCGCCGGGCACTA
GGAAGGGCCCCCGCTAGGGCCGGATCTCTCGCGCCCGTGGCCGCCGGCTT
CCCCGCGCACCTGTCGCCGCCGGGGCTCCCGCGACCCAGGCAGTCGTGCC
GCCTCTGCGCCCTGTCCTCACCGGGGCAGACCCGAGTGCTCCAGGGCAGC
C
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CCGGGTCATNCCTCTCCCTCCCCCTGACCCCACCCTCAGCTTCCACGTCC
NTCCTCCAGCCCAGGCGGCTAGGGGGGTCTTCCTAAGCNCAAACCTGACC
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GGCTAAAGGAGGCAAGGGAATATTATCATTAATATGCAAATGTGGAGGCT
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TCCAGCATGATTAAGCACTTCACATACCACAGTCAGGAAGGAAAATAAAN
CAAAAATAACAGGGTCACCCTGTCTAGTTCTGGTCCCCCGAATAGTAAAA
CCTTGAGTATTTCCCGTAAACCTGAATCTCCCTAACGAAAACAACTATCC
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CTGTTTGCAAGACCGCACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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AAAAATCAACCACGCACTTAAAAATAAGTTGTGTACATTTAACCTAGCAT
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TAAGCGCAGCCGCGCAGAAGCATCTTCTGGGGGTGCTTCCTCCACAAATT
CCACCGTGGGCGCCCATGCCAGCACCCAGCTGGGTGCAGAGCGGCTGCCC
AAGATCTGAGCTGCATCTTTTCAGCTCTCAGAATTACGGCAGGAACCAGG
GCCCCCCTCCCCTAGCACCACACACAGCAACGGGGGAAGCGTGGGCCTGA
ACTCCGGGGCCCTCTCCTCACCAGAGCTACCCCCATGGTGACCACGGGAC
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GCCCACAAGGCTGAGCGTGAGGGACTGAGAAGGTGGCCTTCCCTGCTGTG
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GGCCCAGATACACAGGTGGCTGAAGGGGACGAGGCTAACCGCAGGACGGT
GGAGGGTTGGAACTTTGTCGACTTCAAGAGATTGATGGGCTTGAGGACCT
TGAGGGGTAGGGTCCGCCCGTGCTTTACCCAAAACCTTGTAATATGTGCT
TCCAGCACCTCTCGAGTGTCTTGAACCAGGAAGGAAACCCTACAGGAGGT
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CAGGCACTGCTTTGCACATCTCACCAGGAGGGTCTTGACATGAGAGCTGA
TGAAAGTTGCCCTTGCCAGGAAGCCTCCCCAGGCAGCTCCGCAGGAGAGC
AGGTGAAGCCAGGATGGCTGGACAGGACAGGCAGGGGTGGGCACCTGTAG
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CCCTCACCCTAGGGCTTTAGCCACGCCCTCCCATGGCTCCCCCTCCCAGG
GCTGGGGTCACATTATAGGCTCTGGGAGGAAGGACGACCCAGGAGAGAAG
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ATTCTTTAAAGCACAAAAAATTTCCTTAAAAAAATNCAATTGTAGCTTAC
CTCTTCCCCTTTCCTTCCTGAACAATTCAGTCCTAAAGCCATTAGGTGGA
GCAGAGCAAGGNAGGCGCCCGCAGAGGAGGGGGNGAGGGGAGCCATGGTG
GGAGCCCAGAGTAGGTGTTNGAGCCCGAGCGGGGNGAGGAGGCGCCTCAG
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CAGNTCCTCACAATCTCCCCAGTGGCTCCCCATTGCCTACGGGATNAAGT
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AAAAATGTCGTAGAGCTTTATATGCTTAGTTATCAACGNAGTGGTCTGCT
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TGCTGGTTGTTTCGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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CCCTGGGGGTCAGGAAGGCTGTGCGCACGCGCTAGGCTGCACCCACTCAG
GAGCAACCAGAGCAGGACGTGAGGCAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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