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ACACGGGTTCGAGCCCTGGTCTGGGAAGATCCCACATGCCGCGGAGCAAC
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CTTTCCCTAACACCCTGATGCTGCCCCTAATAGCCTCGTGTATCTCTCAG
TAATGCCCTAATCCTGTCCATAACTAAGGCCCTGAATATGTCCTTAAGTA
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TCCCTAGGTACATCTCTGACGCTGTCCCTAACTAAGGCCCTGATGCTGTC
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>rnd-1_family-38#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 188, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-7#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 1025, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
AACCAAGATGGCGGAGTAGAAGGACGTGCTCTCACTCCCTCTTGCGAGAG
CACCGGAATCACAACTAACTGCTGAACAATCATCGACAGGAAGACACTGG
AACTCACCAAAAAAGATACCCCACATCCAAAGACAAAGGAGAAGCCACAA
TGAGACGGTAGGAGGGGCGCAATCACAATAAAATCAAATCCCATAACTGC
TGGGTGGGTGACTCACAAACTGGAGAACACTTATACCACAGAAGTCCACC
CACTGGAGTGAAGGTTCTGAGCCCCACGTCAGGCTTCCCAACCTGGGGGT
CCGGCAACGGGAGGAGGAATTCCTAGAGAATCAGACTTTGAAGGCTAGCG
GGATTTGATTGCAGGACTTCGACAGGACTGGGGGAAACAGAGACTCCACT
CTTGGAGGGCACACACAAAGTAGTGTGCGCATCGGGACCCAGGGGAAGGA
GCAGTGACCCCATAGGAGACTGAACCAGACCTACCTGCTAGTGTTGGAGG
GTCTCCTGCAGAGGCGGGGGGTGGCTGTGGCTCACCGTGGGGACAAGGAC
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GCCTCAGGCCAAACAACCAACAGGGAGGGAACCCAGCCCCACCCATCAGC
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>rnd-1_family-44#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 139, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-10#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 510, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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CCCACAGATACATGAGAAATACATCTACACGTGGAACTGCTCCTACAGAA
CACCCACTGAACGCTGGCAGAAGACGTCAGACCTCCCAAAAGGCAAGAAA
ATCCCCACGTACTTGGGTAGGGCAAAAGAAAAAAGAAATAACAGAGACAA
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CTCACCAGCCCGAGAGGCTTGTCTGCTCACCCNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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TGGCTGCGTGAACACAGCCTGAAGGGTCTAGCGCACCACAACTAGCCGGG
AGGGTGCACGAGAAAAAGTCTGCAGCTGCCGAAGAGGCAGGAGACTTTTT
CTTGCCTCTTTGTTTCGCGGCGTGCAAGGAGAGGGGATTCAGAGCGCCAC
TTAAACGAACTCCAGAGACGGGCGCGAGCCGCGGCTATCAGCGCGGACCC
CAGAGACGGGCATGAGACGCTAAGGCTGCTGCTGCCGCCACCAAACAGCC
TGTGGGCGAGCACAGGTCATTCTCCACACCGCCCCTCCCGGGAGCCTGTG
CAGCCCGCCACGGCCAGGCTCCCGTAATCCGGGGACAACTTCCCCGGGAG
AGCGCACGGCGCGCCTCAGGCTGCTGCAACGTCACGCCGGCTTCTGCCGC
CGCAGGCTCGCCCCGCCTCCTCCGTACCGCTCCCTCCCCCCGGCCTGACT
GAGCCAGAGCCCCCGAATCAGCTGCTCCTTTAACCCCGTTCTGTCTGGGC
GGGGAACAGACGCCCTCAGGGGACCTACATGCAGAGGCGGGTCCAAATCC
AAAGCTGAACCCCGGGAGCTGTACGAACAAAGAAGAGAAAGGGAAATCTC
TCCCAGCAGCCTCAGAAGCAGCGGATTAAAGCTCCACAAACAACTTGATG
TGCCTGCATCTGTTGAATACCTGAATAGACAACGAATCATCCCAAATTTA
GGAGATGGACTTTGGGAGCAGGATATATTAACTTTTCCCCTTTTCCTTTT
TTTTGTGAGTGTAGATGTGTATGCTTCTGGGTGAGATTTTGTCTGTATAG
CTTTGCTCTCACCGTTAGTCCTAGGGTTAGGTCCGTCCGNNNNNNNNNNN
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TAATAATTTTTTCCTTATTTTCTATTTTTAAAAAATTAAAAAAAAATTTT
TAATAAGTTTTTTCATATTTTTTATTTTAAAAAATTAAAAAANTTTTTTT
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TTAATAAATCTATTTTTAAAAATTAAAAAAAATTTTTTTTCTTAATAAAT
TTACTCTTAATAATTTTTTTTCTTATTTTTTATTATAATTGCTTTATTTT
ATTTTATTTTATCCTCTTTTTTTCTTTCTTTCCATTTTTTCTCCCTTTTA
TTCTGAGCCGTGTGGATGAAAGGCTCTTGGTGCTCCAGCCAGGCATCAGG
GCTGTGCCTCTGAGGTGGGAGAGCCAACTTCAGGACACTGGTCCACAAGA
GACCTCCCAGCTCCACGTAATACCAAACGGCGAAAATCTCTCACAGATCT
CCATCTCAACATCAAGACCCAGCTTCACTCAACGACCAGCAAGCTACAGT
GCTGGACACCCTATGCCAAACAACTAGCAAGACAGGAACACAGCCCCATC
CATTAACAGAGAGGCTGCCTAAAATCATAATAAGGCCACAGACACCCCAA
AACACACCACCAGACGTGGACGAGCCCACCAGAAAGACAACATCCAGCCT
CATCCACCAGAACACAGGCACTAGTTCCCTCCACCAGGAAACCTACACAA
CCCACTGAACCAACCTTAGCCACTGGGGACAGATACCAAAAACAACGGGA
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CAGTTCTTGAGGCGCTAGCCGGCTGTGTCTTCCCTGTTGTCTGGCAGAAG
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TTGGCCTCGGTGCACAGGGAAGCCGAGATTTCGACAACAGTCTGTGGCCA
GTTCCCACACTAATTCACCTCTACACCCACAGCCCTGGCCCAAGCCCGAT
CTTGTGCCTGGTTCCTCCATCAGGCCCTGGTAAAACTCCCTGCCCACACG
GTGCACCTCACATCCCACCCCAACGTGGTCTTTCTGAAGCATAAACGAGA
CTGTGACTCTCTCCCACC
>rnd-1_family-61#Unknown ( RepeatScout Family Size = 105, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
TATAGAACTCTCATTATAGAATAGAACGTAGAACATCCGTGTCTATAGAG
AGAACTCCGTATAGAACTCTCATTATAGAATAGAACGTAGAACATGTCGT
ATAGAACTCTCATTATAGAATAGAACGTAGAACATCCGTGTCTATAGAGA
GAACTCTCATATAGAACTCTCATTATAGAATAGAA
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>rnd-1_family-24#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 288, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
GGGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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GCCAAAAAACCAAAACATAAAACAGAAGCAATATTGTAACAAATTCAATA
AAGACTTTAAAAATGGTCCACATCAAAAAA
>rnd-1_family-35#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 209, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
GGGACCTTCAAGATGGCGGAGGAGTAAGACGTGGAGATCACCTTCCTCCC
CACAAATACATCAGAAATACATCTACATGTGGAACAACTCCTACAGAACA
CCTACTGAACGCTGGCAGAAGACCTCAGACTTCCCAAAAGGCAAGAAACT
CCCCACGTACCTGGGTAGGGCAAAAGAAAAAAGAAAAAACAGAGACAAAA
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CGCGCCTCAGGCTGNTGCAACGTCACGCCGGCCTCTGCCGCCGCAGGCTC
GCCCCGCATTCCGTACCCCTCCCTCCCCCCGGCCTGAGTGAGCCAGAGCC
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GCCCTCAGGCGACCTACACGCAGAGGCGGGGCCAAATCCAAAGCTGAACC
CCGGGAGCTGTGCGAACAAAGAAGAGAAAGGGAAATCTCTCCCAGCAGCC
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>rnd-1_family-25#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 286, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-48#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 130, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
GGACTTCCCTGGTGGCGCAGTGGTTAAGAATCCGCCTGCCAATGCAGGGG
ACACGGGTTCGAGCCCTGGTCCGGGAAGATCCCACATGCCGCGGAGCAAC
TAAGCCCGTGCGCCACAACTACTGAGCCTGCGCTCTAGAGCCCGCGAGCC
ACAACTACTGAGCCCGCGTGCCACAACTACTGAAGCCCGCGCGCCTAGAG
CCCGTGCTCCGCAACAAGAGAAGCCACCGCAATGAGAAGCCCGCGCGCCG
CAA
>rnd-1_family-22#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 299, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
ACTGGGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-46#Simple_repeat ( RepeatScout Family Size = 131, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
AAGATCCCGCGTGCCGCAACTAAGACCCGGCGCAGCCNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-26#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 284, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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CACCTGAAACTAATATAATATTGTAAATCAACTATACTTCAATTAAAAAA
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>rnd-1_family-11#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 501, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
GGATTAACCAAGATGGCGGAGTAGAAGGACGTGCTCTCACTCCCTCTTGC
GAGAGCACCAGAATCACAACTGGCTGCTGGACAATCATCGACAGGAAGAC
ACTGGACTTCACCAAGGAGGATACCCCACGTCCAAGGACAGAGGAGAAGC
CACAGTGAGACGGTAGGAGGGGCGCAATCAGAGTAAAATCAAATCCCATA
ACTGCTGGGTGGGTGACTCACAGACTGGCGAGCACTTATACCACAGAAGT
CCACCCACTGGAGTGAAGGTTCTGAGCCCCACGTCAGGCTTCCCAACCTG
GGGGTCCGGCAACGGGAGGAGGAATTCATAGAGAATCAGACTTTGAAGCC
TAGTGGGAATTGATTGCAGGACTTCGACAGGACTGGGGGAAACAGAGACC
CCACTCTTGGAGGGCGCACACGAAATAGTGTGCGCATCGGGACCCAGGGG
AAGGAGCAGTGACCCTGGGGGAGACTGAACCAGACATANCTGCTGGTGTT
GGGGGGTCTCCTGCAGAGGCGGGGGCTGGCTCTGTTTCACCGTGGGGACA
AGGACACTGGCAGCGGAGGTTCTGGGAAGTACTCCTTGGCGTGAGCCCTC
CCAGAGTCTGCCATTAGCCCCACCAAAGAGCCCGGGTAGGCTCCAGTGTT
GGGTTGCCTCAGGCAAAACAACCAACAGGGAGGGAACCCAGCCCCACCCA
TCAACAGTCAAGTGGATTAAAGTTTTACGGAGCTCTGACCGCCACAGCAA
CAGTCAGCTCTACCCACCTCCAGAGCCTCCCATCAAGCCTCTTAGATAGC
CTCAACCACCAGAGGGCAGACAGCAGAAGCAAGAAAAACTACAGTCCTGC
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CATTGTTGCTTTTGTTGTGGTCATCCATGTACAATGCTTGGTGTCAGTCT
ATTTATCTCTTGTAAAAATAAAATACAGTGTGTGTGAAAAAAAAAAAAAA
A
>rnd-1_family-28#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 269, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
AAATTTATGTNGACTAAATAAATTTTAAAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-16#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 365, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-17#LINE/L2 ( RepeatScout Family Size = 359, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-30#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 239, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-13#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 460, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
GGGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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GCAACTAAGCCCGCGCGCCACAACTACTGAGCTCGCGCGCCTCAACTAGA
GAGCCCGCGTGCCGCAAACTACAGAGCCCACGCGCTCTGGAGCCCGCGCG
CCACAACTAGAGAGAGAGAAGCCCGCGCGCCACAACTAGAGAGAAGCCCG
CGCGCCGCAACTAGAGAGAGAAAACCCGCGCGCCACAAC
>rnd-1_family-31#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 238, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-14#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 433, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-4#SINE/MIR ( RepeatScout Family Size = 1496, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-36#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 206, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-21#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 302, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-42#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 164, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-32#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 237, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-34#DNA/TcMar-Mariner ( RepeatScout Family Size = 210, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-12#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 496, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-53#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 116, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-9#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 864, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-33#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 229, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
AATGGTTCTGAAGAACCTAGGGGCAGGACAGGAATAAAGACGCAGACGTA
GAGAATGGACTTGAGGACACGGGGAGGGGGAAGGGTAAGCTGGGACGAAG
TGAGAGAGTGGCATGGACATATATACACTACCAAATGTAAAATAGATAGC
TAGTGGGAAGCAGCCGCATAGCACAGGGAGATCAGCTCGGTGCTTTGTGA
CCACCTAGAGGGGTGGGATAGGGAGGGTGGGAGGGAGACGCAAGAGGGAG
GAGATATGGGGATATATGTATACGTATAGCTGATTCACTTTGTTATACAG
CAGAAACTAACACACCATTGTAAAGCAATTATACTCCAATAAAGATGTTA
AAAAAAAAAAAA
>rnd-1_family-59#LTR/ERVL ( RepeatScout Family Size = 107, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-45#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 132, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-51#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 126, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-0#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 3711, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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TGCTGTACACCNGAAACTAACACAACATTGTAAATCAACTATACTCCAAT
AAAAAA
>rnd-1_family-15#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 388, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-20#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 303, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
GGAGGGATAAATTGGGAGATTGGGATTGACATATACACACTACTATATAT
AAAATAGATAACTAATAAGGACCTACTGTATAGCACAGGGAACTCTACTC
AATACTCTGTAATGACCTATATGGGAAAAGAATCTAAAAAAGAGTGGATA
TATGTATATGTATAACTGATTCACTTTGCTGTACACCNGAAACTAACACA
ACATTGTAAATCAACTATACTCCAATAAAAATTAATTTTAAAAAAA
>rnd-1_family-43#LTR/ERVL ( RepeatScout Family Size = 154, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-37#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 196, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-47#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 131, Final Multiple Alignment Size = 100, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG
CCGCGCCGCGCGGCTTGCGGGATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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ACCTCAGACCCCAGGGAATATCAATCGGAGTGAGGCCTCCCGGAGGTCCT
CATCTCAGCACCAAGACCCAGCTCTACCCAACNGCCTGCAAACTCCAGTG
CTGGACGTCTCAGGCCAAACAACCAGTAAGACAGGAATACAGCACCACCC
ATCAAAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-56#LTR/ERVL ( RepeatScout Family Size = 112, Final Multiple Alignment Size = 99, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-62#LTR/ERVL ( RepeatScout Family Size = 98, Final Multiple Alignment Size = 98, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-50#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 127, Final Multiple Alignment Size = 98, Localized to 66 out of 84 contigs )
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-64#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 97, Final Multiple Alignment Size = 97, Localized to 66 out of 84 contigs )
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NNN
>rnd-1_family-63#LINE/L2 ( RepeatScout Family Size = 98, Final Multiple Alignment Size = 97, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NN
>rnd-1_family-65#LTR/ERVL ( RepeatScout Family Size = 93, Final Multiple Alignment Size = 93, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-66#LTR/ERVL ( RepeatScout Family Size = 92, Final Multiple Alignment Size = 92, Localized to 66 out of 84 contigs )
ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-67#LINE/L2 ( RepeatScout Family Size = 92, Final Multiple Alignment Size = 92, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
N
>rnd-1_family-68#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 92, Final Multiple Alignment Size = 92, Localized to 66 out of 84 contigs )
ACTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-69#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 88, Final Multiple Alignment Size = 88, Localized to 66 out of 84 contigs )
CCATCAAGCCATCAGCCACTGCAGCCGCCCCCGACGGTGCACCCTGAGGG
GACTCAGGATGAGAAAACACAGGATACTGGCCCCAGATAGCTGAGGTGCA
TATCAAAGGAATGATTTCAATGAGCCCAGACTCTTGCATCTTCCCATACA
TAGAAAAGCGCTAAANTCATTAACTTGAGATGTCTGGTTTTCTTTGATTA
GCAGTAATCTTTTGATGTTCCGACTACCTGGTCTTGTTGCAAAAACTCCT
ATATATCCTGGCTCCCCCCTTACCTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-70#DNA/hAT-Blackjack ( RepeatScout Family Size = 85, Final Multiple Alignment Size = 85, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-71#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 84, Final Multiple Alignment Size = 84, Localized to 66 out of 84 contigs )
AGTAGGAAGACCCTGAGCTCACCTCCTCCCACGGGCACACCAAAATTACA
ACTACNTACGGAGCAACTNTCGNTGAAAACGACCTGAAGACTAGCAGAAA
AGATCTTCTACAACTAAAGATATAAAGAAGGAACCACANNGAGACGGGTA
GGAGGGGCGGAGACGCGGTATAGTCAAGACCCACACCTCCCGGGCGGGCG
ACCCACAAACGGGAGGATAATCACAATTGCAGAGGTTCTCCCCGAGGAGC
GAGGGGTCCGAGCCCCACATCGGGCTCCCCAGCCCGGGGGTCCTGCACCG
GGAAGACGAGCCCCCAGAACGTCTGGCTTTGAAGGCCAGCGGGGCTTACN
TNCAGGAGANCCAGAGGGCTGTGGGAAACAGAGACTCCGCTCTTAAAGGG
CGCACACAAAATCTCACACGCTCCGGGACCCAGCGCAGAAGCAGTAATTT
GAAAGGAGCCTGGGTCAGACCCACCTGCTGATCTTGGAGAGTCTCCCGGA
GAGGCAGGAGGCAACTGGGGCTCACCCTGGGGACANAGACGCTGGCGGCA
GCCATTTTNGGGAGCTCGTTCTACCACGNGGACACTGGTGCTGGCAAGCG
CCATTTTGGAATCCTCCCTCTAGCTTATTAGC
>rnd-1_family-72#Satellite ( RepeatScout Family Size = 84, Final Multiple Alignment Size = 84, Localized to 66 out of 84 contigs )
AAGGCTTTCCCACATTCATTACATTCGTAGGGTTTCTCTCCAGTATGAAT
TCTCTGATGNNNAGTAAGGTGTGANCTCTGGCTGAAGGCTTTCCCACATT
CATTACATTCGTAGGGTTTCTCTCCAGTATGAATTCTCTGATG
>rnd-1_family-73#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 82, Final Multiple Alignment Size = 82, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-75#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 82, Final Multiple Alignment Size = 82, Localized to 66 out of 84 contigs )
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA
>rnd-1_family-76#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 80, Final Multiple Alignment Size = 80, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-74#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 82, Final Multiple Alignment Size = 78, Localized to 66 out of 84 contigs )
GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-77#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 77, Final Multiple Alignment Size = 76, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-78#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 73, Final Multiple Alignment Size = 73, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-79#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 73, Final Multiple Alignment Size = 72, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-80#LTR/ERVL ( RepeatScout Family Size = 71, Final Multiple Alignment Size = 71, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-81#Unknown ( RepeatScout Family Size = 70, Final Multiple Alignment Size = 70, Localized to 66 out of 84 contigs )
GCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCACGGC
CTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCT
TAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTA
GTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGT
TAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTA
GGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGG
GACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGA
CAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACA
GTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGT
GTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGT
CAGNGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCA
GTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTTAGGGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGG
GCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGC
CTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCT
TAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCACGGCCTTA
GTTAGGGACAGCGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGT
TAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCACGGCCTTAGTTA
GGGACAGTGTCAGGGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCACGGCCTTAGTTAGG
GACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTTAGGAGCAGTGTCAGTGC
CTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCT
GAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGA
GTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGT
TAGGAGTAGTGTCACGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTA
GGAGTAGTGTCACGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGG
AGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAG
TAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTA
GTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGT
GTCACGGCCTAGTTAGGATAGTGTCAGNGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCA
GNGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGT
GCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGC
CTGAGTTAGGAGTAGTGTCACGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCT
GAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGA
GTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGT
TAGGAGTAGTGTCACGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGTGCCTGAGTTA
GGAGTAGTGTTAGGGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGG
GACAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGA
CAGTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACA
GTGTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCACGGCCTTAGTTAGGGACAGT
GTCAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGT
CAGTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCA
GTGCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAGTGTCAGT
GCCTGAGTTAGGAGTAGTGTCAGGGCCTTAGTTAGGGACAG
>rnd-1_family-82#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 70, Final Multiple Alignment Size = 70, Localized to 66 out of 84 contigs )
TGAAACCGAGCAGGACCCTGTGGGGCTCCTGGGCACGGAAGCCTTTCCGT
GTCCCCCGTTTCTTGTTTGTAGGAAANAGGCTTCATTCAGCCTCCNTGAC
CTTCCCTGAGTTCCAAAGGGCAGGTTCAAACAGTTGCTAATCAGGGAAGG
GAGGGGATGCAGAGACAAGGGAGGAGCAGTCAAGAAACAATAGTGCAGCC
TTGGGGCAGGGTCCTGGTTCCTCCTCAAGGGATACACATAACAATATCTT
TGAGCTCTTCTGCAGAACTAAGACCCCCACCCAGGTGGAGGATGNTAACT
ACNTG
>rnd-1_family-83#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 68, Final Multiple Alignment Size = 68, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-84#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 68, Final Multiple Alignment Size = 68, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-86#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 64, Final Multiple Alignment Size = 64, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-87#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 62, Final Multiple Alignment Size = 62, Localized to 66 out of 84 contigs )
TTTGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-85#Simple_repeat ( RepeatScout Family Size = 65, Final Multiple Alignment Size = 61, Localized to 66 out of 84 contigs )
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA
>rnd-1_family-89#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 61, Final Multiple Alignment Size = 61, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
ATCCCCCCACCCCCACCC
>rnd-1_family-88#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 61, Final Multiple Alignment Size = 60, Localized to 66 out of 84 contigs )
AGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-90#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 60, Final Multiple Alignment Size = 60, Localized to 66 out of 84 contigs )
TTTTTTCTATTTCTTTAATTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-91#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 59, Final Multiple Alignment Size = 59, Localized to 66 out of 84 contigs )
ACTATGTATAAAATAGATAACTAATGAGAACCTACTGTATAGCACAGGGA
ACTCTACTCAGTGCTCTGTGGTGACCTAAATGGGAAGGAAATCCAAAAAA
GAGGGGATATATGTATACGTATAGCTGATTCACTTTGCTGTACAGCAGAA
ACTAACACAACATTGTAAAGCAACTATACTCCAATAAAAAAAAA
>rnd-1_family-92#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 58, Final Multiple Alignment Size = 58, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-93#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 56, Final Multiple Alignment Size = 56, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-94#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 54, Final Multiple Alignment Size = 54, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-95#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 53, Final Multiple Alignment Size = 53, Localized to 66 out of 84 contigs )
AAGAATGTCGCCTGCCATATCAGTAAACAAAGGATGTTGCGCCATCAAGC
CATCAGCCACTGCAGCCGCCCCGACGGTGNGCCCTGAGGGGAACTCAGGA
TGGAGAAAA
>rnd-1_family-96#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 53, Final Multiple Alignment Size = 53, Localized to 66 out of 84 contigs )
CATCTGCCGCTCCCCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-97#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 53, Final Multiple Alignment Size = 53, Localized to 66 out of 84 contigs )
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NNNNTAAGGATTGAAGATACCACTTAAATAAGCCAGTACGNAGATTAAAA
AACAAAAA
>rnd-1_family-98#DNA/hAT-Tip100 ( RepeatScout Family Size = 52, Final Multiple Alignment Size = 52, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-99#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 51, Final Multiple Alignment Size = 51, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-100#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 50, Final Multiple Alignment Size = 50, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-101#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 48, Final Multiple Alignment Size = 48, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-102#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 48, Final Multiple Alignment Size = 48, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-103#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 48, Final Multiple Alignment Size = 47, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-104#DNA/TcMar-Mariner ( RepeatScout Family Size = 47, Final Multiple Alignment Size = 47, Localized to 66 out of 84 contigs )
TATTGGGTTGGCCAAAAAGTTCGTTCGGGTTTTTCCGTAAGATGGCTCTA
GTAGCGCTTAGTTGTCTTTAACTTCATTCGAAACAATTTTGTTAGATTGT
ATTGTGACAGCTGTCATATCAGCGTGCATTTAAAAAAAAACTTATCAAAA
TTGGTGAATTTTTGTGTAGCCATTTTAATATTGAAGATGGAAGAAAAAAA
GCAACATTTTCGGCATATTATGCTTTATTATTTCAAGAAAGGTAAAAACG
CAACTGAAACGCAAAAAAAGATTTGTGCAGTGTATGGAGAAGGTGCTGTG
ACTGATCGAACGTGTCAAAAGTGGTTTGCGAAGTTTCGTGCTGGAGATTT
CTCGCTGGACGATGCTCCACGGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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AATTCTCTTAATGGAAAAAATTTCAATTCCCTGGAAGACTGTAAAAGGCA
CCTGGAACAGTTCTTTGCTCAAAAAGATAAAAAGTTTTGGGAAGATGGAA
TTATGAAGTTGCCTGAAAAATGGCAGAAGGTAGTGGAACAAAAGGGTGAA
TACGTTGTTCAATAAAGTTCTTGGTGAAAATGAAAAATGTGTCTTTTATT
TTTACTTAAAAACCGAAGGNACTTTTTGGCCAACCCAATA
>rnd-1_family-105#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 46, Final Multiple Alignment Size = 46, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNN
>rnd-1_family-106#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 46, Final Multiple Alignment Size = 46, Localized to 66 out of 84 contigs )
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NNNNNNNNNNNNNGCAGGGTAACTCAGGGCTCAGACTGGACAGAGAG
>rnd-1_family-107#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 45, Final Multiple Alignment Size = 45, Localized to 66 out of 84 contigs )
AGATTCCTGGAACACCGCCCTGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-108#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 45, Final Multiple Alignment Size = 45, Localized to 66 out of 84 contigs )
AAACATACAGTAAAGGTAGNAAATCANCCACNCACAAAGCTAGTAGGAAG
GTTAAAAGACAAAAGTAGTAAAATCATCTATATCCACAATAAGCAGTTAA
GGGATACACAAAACAANAAGATGTAAAATATGATATCAAAAACAGTAATC
GTGAGGGGAGGAGAGTANAAATGCAGGGTTNTTAAAATGCATTTGAAATT
AAGAGATCAGCAACTTAAAACAATCATGTATATATATA
>rnd-1_family-109#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 45, Final Multiple Alignment Size = 45, Localized to 66 out of 84 contigs )
AGTCGGCCCACCACAACAGAAGGACCCACGCAGCCCACATAGGGGGCACC
CCTAGAGCATATAGCTCTGGTGACNAGAGGGGAGTGCGCTGCTGGGACGC
ATAGGACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-110#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 44, Final Multiple Alignment Size = 44, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-111#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 44, Final Multiple Alignment Size = 44, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-112#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 42, Final Multiple Alignment Size = 42, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-113#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 42, Final Multiple Alignment Size = 42, Localized to 66 out of 84 contigs )
GCAGCCAGACCCCGGGACCCGGCTCCGCCCGCCAGTGGGCCGGCACTAGC
CCCAGGACCCGGCTTCACCCACCAGCGGGCGGGCACCAGCCCCGGGATCC
CCTGGANCCCGACCCCGCCCACCAGTGAGCCAGCACTAGCCCTGGGGACC
CCCGGGGCTCCGCAGCCAGCCGCCTCGTGACCCGGCCCCGCCNACCAGTG
GCCGGCAGCCTCCGCACAAGGCAG
>rnd-1_family-115#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 41, Final Multiple Alignment Size = 41, Localized to 66 out of 84 contigs )
TCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-116#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 41, Final Multiple Alignment Size = 41, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-114#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 41, Final Multiple Alignment Size = 40, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-117#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 39, Localized to 66 out of 84 contigs )
GGGGCGGAGTCAAGATGGCGGNNTGGGAGGACGCGGAGTTCGCGTCTCCC
CACAACTAGGGCACCTGCCAGGCGCCGGTGGGGGACCGCGGACGCCCAAG
GGGACGGGAGGAACCCCCAAGCGAACCGGTAGGACGTGGGGGGANTGAGG
GGGGAGGAGAAGTGGAGGCCGGACGGGACCGGCGCCCCTGAGGGGCGGCT
GGGGGGAGGGGAGGGGTCCCAGGCGGGAGGGACCCTCGGGGAAGAGCGGG
AGAGGAGCGGAGGGCGTTTCCCCTGCCCACTCGGGCCCCGGGGAGCCTGC
TGAGCTCCCGGGCCTGATCCTCTGCCCTCCGAGGCCCCCTCCAGGCCGCG
CGGGTCCTGGGGGCATAGGAGGGAGGCCGGGGAGANCAGGAGAGGCAGGC
GGGAGGGGCCCTCCGGCGAGGAGCGGGAGAGGAGCGGAGGCCGGNTCCCC
CGNCCACCGGGGCCCCCTGAGGGGCGGCTGGGGGAGGGGAGGAGTTCCTA
CACCCAGCGGGACCCACCCACGGTTAGGGGTCCAGGGGCAAGGAGGGAGG
CCCGGGGGACACCCTGGGGGAGGCAGGCGGGAGGGGCCCTCGACGGAGGA
GCGGAAGGGGAGCGGCCGGCGCTTTCCCCGTCCACTTAGGCACCGGGGAG
CCTGCTGGGCTCCCGGGCCTAATCCTCTGCCCTCGGAGCCTCCCTCCTGC
CGCGCAGAGCCCAAGCCCCGCCCCCACACCCCCACCCAGGGCC
>rnd-1_family-118#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 39, Localized to 66 out of 84 contigs )
ATACATAATGGCCCGTCTCTGGGAACCCTGCCCCCCNGGCAATGAGCGTT
AAGCTAAAATACCTTTGTTCAGCTCACAGGAAACATCCTGACCAGGCCCA
CCTGTGAATGGCTGCAGGAAGGAAGAAATTAACACATCCCCTCCGGAGGC
TGGCCGGAACCAGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-119#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 39, Localized to 66 out of 84 contigs )
AGGAACCAGAGAAGCTCATCAGGAGACCACCTGAGGCCAGATTAAAGGAG
TGCAGGCCCTGCACACACCCTGATCCTTATCAGCAACCCCGCCCTTGAAC
CATTGCTATAAAACTCCTCACCAAATCCCCCCGGGTTGGGACACACAGTT
TTGAGGGCATNAGCCCGCTGTGGCCCCCTTTGCCTGGCAAAGCAATAAAG
CTATTCTTTTCTACTTCACCCAAAACTCTGTCTCCGAGATTCGATTCGGC
GCCGGTGCACAGAGGCCGAGTTTT
>rnd-1_family-121#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 37, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-122#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 37, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-123#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 37, Localized to 66 out of 84 contigs )
TGAGACAGGAGGGAAGGGGGCAGGGCACAACCTTTAAAAGAATGACATAG
CCGTCGAGGACACGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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CCTGAGACCAGGTGTGTGATCTCAGTTAAAAGACCGTGGGTTCGAGTCCC
AGTCTGGGTTTTG
>rnd-1_family-124#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 37, Localized to 66 out of 84 contigs )
AATAAAGACGTAGACATAGAGAACGGACTTGAGGACACGGGGTGGGAGGG
GGAAGCTGGGGCGAAGTGAGAGTAGCATCGACATATATACACTACCGAGT
GTAAAATAGATAGCTAGTGGGAAGCAGCNGCATAGCACAGGGAGATCGGC
TCGGTGCTTTGCGACGACCTAGAGGGGTGGGATNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNGATATGGGGACATGTGTATGCATATGGCTGATTC
ACTTTGTTGTACAACAGAAACTAACACAGCATTGTGAAGCAATTATACTC
CAATAAAGAT
>rnd-1_family-120#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 38, Final Multiple Alignment Size = 37, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTGGAAGANGTTAACTGCAT
GCTGACCACAAGCACGTAGACCCCAGACCGGTTGGAACCAGAAGGTTGAT
GATGATNCCTGGAAACACCGCCCTGTTACCTCACCACCAACCAATCAGAA
GAATGTCCACGAGCTGATCACGCACCCTGCGACCCTCNCCCCNAANNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAG
>rnd-1_family-126#DNA/hAT-Tip100 ( RepeatScout Family Size = 35, Final Multiple Alignment Size = 35, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-125#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 35, Final Multiple Alignment Size = 34, Localized to 66 out of 84 contigs )
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-127#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 33, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-128#DNA/hAT-Blackjack ( RepeatScout Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 33, Localized to 66 out of 84 contigs )
AGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-129#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 32, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-130#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 32, Localized to 66 out of 84 contigs )
TTTTTGAGGCACAGGACCCGAACGTAGAACGGTACACGAAGGTTGCAGCA
GCCATTCAGAATGCAATCCAGTGCTACCGTGTCATCTATGACGAGAAAAA
AAGAGCTACTACCCAGACATCACTGGATCGTTTTTTCAAGAGGGTAGATA
GAATTGAATCCAGCAAGGAACCAGAACCTGTGCCATCAACGTCAGGCGTG
AGTGAAATTGCAGCTTGCCCTCCGTCTCCTATTGCTGACGATCCTTCAGC
TCTACCATCTCCCACCTCCTCTCCCTCCTCCAGTCAGTAACTCTTCTTGC
CTGTTCACTCGATGCCAGCCCCTGTATGCCAGCTGTNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTAAAAATGTTNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTGAAAAGTATTATAAACCTA
TTACAGTACAGTACTATATAGCCGATTGTGTTAGTTGGGTACCTAGGCTA
ACTTTGTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTGTA
>rnd-1_family-131#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 31, Final Multiple Alignment Size = 31, Localized to 66 out of 84 contigs )
CCCCCCCCCATGTCCTCCGCCTGCCTTTTGTCTGTAGAAAAACTTTAGCC
AAAGAATAAGTTTAATCAGAGAAGTGAGAAAATGCAGAAACAAAGGAAAA
CAGTCAAACGAGACCAAATAATAATAGTTTAGCCATTAAGCNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAGTTAA
CTACATGATGACCAGGCTGTAGCCATGACATAAGCTGCCACAATTCCGAG
AACTGGCCTCAAAGAAATGGGAACAAACCGACCCTGGAACTGAAGATTAA
CTGTACTTAAAACAATCAAGATGACGCTGATCAGACCACCGCATGACCAA
TTTCAAGATGACTGTCAGAGCTGACTGTGCTGTTTCTGCATGTAGCCCCC
TCCCTCCGCCTATAAAAGCTCTTGCCCNCTGATTGTC
>rnd-1_family-132#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 31, Final Multiple Alignment Size = 31, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-133#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 30, Final Multiple Alignment Size = 30, Localized to 66 out of 84 contigs )
TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-134#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 30, Final Multiple Alignment Size = 30, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-136#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 30, Final Multiple Alignment Size = 30, Localized to 66 out of 84 contigs )
AGCCCGCGNGCCACAACTACTGAGCCCACGTGCCGCAACTACTGAAGCCC
GCGCGCCTAGAGCCCGTGCTCCGCAACAAGAGAAGCCACCGCAATGAGAA
GCCCGCGCGCCGCAACNAAGAGTAGCCCCCGCTCGCCGCAACTAGAGAAA
GCCCGCGCGCNGCAACGAAGACCCGACGCAGCCAAAAATAAATNAA
>rnd-1_family-137#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 29, Localized to 66 out of 84 contigs )
CTGCCAACTAAAAANTGNCACTTGCCATCTGCCTCTACAAGGATTAAGTC
ACTAGCCGCTGCAGCCGCTGACCTTCAACACACCCTGAAAGGAGTTCAGG
GTGGAGATCAGGAATGAGGCACTCTGTGCTCTGGAAAAACTGGCAGAACA
GGCCTTCAGATAGTTAGATATTTTCAGGAGAAGATTTTATGAGCCCAAAT
TCTTGCATCTTCTCATACCTAGAAAAGCACTAAAATCATTAACGGNGACA
TCTGCT
>rnd-1_family-138#LTR/ERVL ( RepeatScout Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 29, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNN
>rnd-1_family-139#SINE/tRNA ( RepeatScout Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 29, Localized to 66 out of 84 contigs )
TGTTGTGCTGTGTCTCTAATAATAAACTTTGTACCTGTTTCACTACAGTT
TTTGCCTCCTTGAGAAATTCNTTTTTCAAAGNNGGCAAGAGCCAGGGNAA
CTTGCTTCTAGCCACTGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATCCC
GCTTCAAGCCGCTGC
>rnd-1_family-135#DNA/hAT-Blackjack ( RepeatScout Family Size = 30, Final Multiple Alignment Size = 29, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-140#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 29, Localized to 66 out of 84 contigs )
TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-141#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 28, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNN
>rnd-1_family-142#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 27, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-143#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 26, Localized to 66 out of 84 contigs )
TACAGTAAGTCCCCTACATACGAACCTTCAAGTTGCGAACTTTCAAAGAT
GCGAACGTGCGTTCGCATGTCCAATCACGTAAGTTAGTTCACGTGTCTGG
CGTACGTTGTCACGTGCGTGCATCCTCTACAAGTGGTTGTGCTTTTGTNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATTT
CAAGCCCAGGATGTCCGGAAGCAAGCGTAAAAGCAGCGGTGATGTAGCTG
GTACT
>rnd-1_family-144#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 26, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-145#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 26, Localized to 66 out of 84 contigs )
CACCCCCTATCAAGGGGATAGCGGCCAGCACACNCTGAGGAAAGACGCGA
CNGGCGTCCACATCAAATNCAGCCCTCGCACCAAAGACACTGGACACACG
CAGNCTACACAGGGACGCTCCCACATAAAAACAGCCCTTCAAGACCACAG
TAGGTAACTGTTTCACCTAAATTCATAGAGACAGAGAAAGTTAAGCAAAA
TGA
>rnd-1_family-146#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 25, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAACCATTCTG
>rnd-1_family-148#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 25, Localized to 66 out of 84 contigs )
AAACTCTGTTTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT
>rnd-1_family-149#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 25, Localized to 66 out of 84 contigs )
GCTGAGCCCTGCCCGGGTAAAAGATAAAGAGACCACATATTCCTCATTCT
CGAGGTCAAGGAGACCTTCCCGACTACACATGCGCAGAAAGGCTCCTCGG
GGGTCAAAAGGGAGGGGGCGCCACCCCATAGTAGGTGATGCCAACCTACC
CATAGGCCTCTTCGCTGGAATCCATCTTGGCTAAGAGATGCGCGCGCACA
CATGGGAGGGCCCTGAGACAAACCAAATACGGACTCAGAACCAGGCAAAG
CAAGATGATTGGCCAGAGGAACACCCGGAAGAANTGCCCCATATAAGTGA
TTCAAACTACCACGAGGGCGCGACTCTCTCTCTGAGCCCGCCCGTGTGTG
TCTATCCACACGTACCCTTTTTCCTCCTAATAAACACTTTACTTGTTTCA
CTACTTTCCGTCTCTTTGTGGGAATTCATTTCTACAAAGCCGACGGGCCA
GGGCCTTGTCACTGGCCACTGGTC
>rnd-1_family-150#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 25, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-151#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 25, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-152#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 24, Localized to 66 out of 84 contigs )
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>rnd-1_family-147#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 24, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-153#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 24, Localized to 66 out of 84 contigs )
AACAAATCTGACTCCATATTGGATCTGTTCCTTTTACTCTAACCTTTGTG
CTCTGTTGCCTNTGCTTAGTCATGCTGGCTCTGCACCTTTGTAAAAGAAT
GTTGCCTATAGCCTGAAATATACAGGATAGCCCATTCTCAAGGCTCTG
>rnd-1_family-155#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23, Localized to 66 out of 84 contigs )
AGGAGAGGAGAGGAGGGCGTTTGCCCCGCCCACTCGGGCCCAGGAAGCCT
GCTGGGCTCCCAGGTGAGGTCCCTGCCCTCTGAGACCAGGGGCGGGGGGC
ACGCCTGGGCCCCTTCTGTTCCTTGAGCCTAAGCCCCACCCCAACCCACC
CACAGCCCCCAGGGCCTTTTCCGGCCCTGTGGGTCCTAAGCATAGGCCCC
GCCCACCGCCCAAACCTCGCCCCTGCCTAGGCCCCGCCCTCCACAGCCAA
GGCCTTTTCCCCCTTTTTTT
>rnd-1_family-156#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-158#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-154#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 23, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-159#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23, Localized to 66 out of 84 contigs )
CAGCAGCCTCCGCACAAGGCAGGGCCTGGCAACCAACCGGACCAGGGGCC
AGCCAAGCCTACCAGACCGCCCACAGTAGTCAGCCCACCACAACA
>rnd-1_family-160#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23, Localized to 66 out of 84 contigs )
TAGATCTGGATTGTGTAAACTGTCAATAATACGTCATTTGACGTACGGCC
CTCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCTTTCTTAGATCGACTGATTAATTT
TT
>rnd-1_family-161#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 22, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-162#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 22, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNN
>rnd-1_family-157#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 22, Localized to 66 out of 84 contigs )
GGCCCCGCCCACCAGCGGGCCAACACAAGCTTCGGGACACCCCGGACCCC
GCAGCCAGCTGTGTCAGGAACCGGCCCCGCCCACCAGCGATCCGACACCA
GCTCTGGGACCCCTGG
>rnd-1_family-163#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21, Localized to 66 out of 84 contigs )
CCTGTTACCTCACCACCAACCAATCAGAAGAATGTCCACGAGCTGATCAC
ACACCCCGCGACCCCCCTCCCTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-164#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21, Localized to 66 out of 84 contigs )
AAGAATGTTGCCTATAGCCTGAAATATACAGGATAGCCCATTCTCAAGGC
TCTGACCTTTAAAGGTATAACACTTTTCCATTCATATAGAGATAAAAAGT
TGCAGAACAGAGAATAACATTTGTCTTGTTGGAGGTTTACAGGAACATCG
TGACCNGACCTACGTGGACAGCTGCAAGAACAAAGGATTCCGGCACCAAG
AAGTTTGCAACAACCAGCC
>rnd-1_family-166#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAATAAGATATTTTGAGAGA
>rnd-1_family-167#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21, Localized to 66 out of 84 contigs )
TATAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA
>rnd-1_family-168#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21, Localized to 66 out of 84 contigs )
AGGTGGGCTCCAGGCTAGACATTTACAACCAGCCTCCTGTTTGCACTTCG
AGATGGAAATAACAACAGAAACAGGGTGAGCAGCCGGAGTTTGTCCCCTG
TGGACAGATACTCCAAGATAANAGTNATGGCAGGAACAGAGAGGGGCTGA
GCCCTGCCCGGATAAAAGATAAGAGACCACATATTTCTCATTCTT
>rnd-1_family-165#LTR/ERVL-MaLR ( RepeatScout Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 20, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-170#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NN
>rnd-1_family-171#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20, Localized to 66 out of 84 contigs )
AGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-172#DNA/TcMar-Tigger ( RepeatScout Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-173#Unknown ( RepeatScout Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20, Localized to 66 out of 84 contigs )
AGGGGCGGGACTCTGCGTTCCCCTCTGTTCTGGGGTGAGTGGTCCCCTCG
GTCCTCACTCAGGGTCCTCACCCTGACTCCTGGCAGGACCCGGGACTCCN
CCCTCCGCTGACCTGAGGCTGTGCCCCTNAGACCAAGGNCCTCGCCTCCC
TGAGACCTCCGAANGGGAAGTCAGGACGAACCAGATCTGCCCAANGCCGC
TGGGGTCTTCCGACAGGGGCGGGATTTTGCGGGGCCCCNCTCTTCTGGAG
TCAGTGGCCCCTCGGTCCTCACTCAGGGTCCTCACCTTGACTTCAGGCAG
CATCTGGGACTCCAGCCTCCCTACCGACTGAATCTGTCTGCCAGCCTCAG
ACCAAGGCCCTCGCCTCCCTGAGACGCCAGAAGGGGAGGTAAGAGANCTA
TGTCCCTGGCCACCCCTGCCGGGGGCCTCTGCGTGGTCCCCTTTGTTATG
GGG
>rnd-1_family-169#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 20, Localized to 66 out of 84 contigs )
ATGTATAACTGAATCACTNTGCTGTACACCTGAAACTAACACAACATTGT
AAATCAACTATACTTCAATTTAAAAAAAAAAGTAAA
>rnd-1_family-174#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 19, Localized to 66 out of 84 contigs )
TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-175#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 19, Localized to 66 out of 84 contigs )
GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCACTT
>rnd-1_family-176#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 19, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-177#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 19, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-178#SINE/U-L1 ( RepeatScout Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-179#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18, Localized to 66 out of 84 contigs )
ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-180#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNN
>rnd-1_family-181#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 66 out of 84 contigs )
CCTTTGTATTCTATTACAAGTTAATCACTAAAGGGATGTTGCCTATAAGC
TTAAATTATACATAATGGCCCATCTCTGGGAACCCTGCCTCCCAGGTAAT
GAGCGTTAAGCTAAAATACCTTTGTTTAGCTCACAGGAAACATCCTGACC
AGGCCCACCTGTGAATGGCTGCAGGAAGGAAGAAATTAACACATCCCCTC
CGGAGNCTGACCGGAACCAGGA
>rnd-1_family-182#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-183#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 66 out of 84 contigs )
GAGACAGGCTGGGACCTGGGACCCTTTGCTGCAGTGCTGCTGCTTGCACC
TGGACAAACGTCTCCTCGAGCAACAGAATACAAAGAAACTGTANGGGACT
AAAAATAACTGCGTGCATGCGCAGTTGGGGCAAATTATGGACAAAAGATA
CAAAAAGACCAAA
>rnd-1_family-184#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTGCGCA
TGNCCCCTGCACACANCACCACCAAAGGGGTGGGCAGACCACCTAAGCCA
CCCCTCCGGCCCGACCCCTGGACACGCCCCTACCCTCACCCCATATAAGG
AACCAGCTC
>rnd-1_family-185#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNN
>rnd-1_family-186#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 66 out of 84 contigs )
TGAAACCGAGTCCCCCTAAAACCGAGTTCCCCTGCCGAGTTTATGATTAA
CCTCTCTATCCAAAACTTTATTCCCTTTCTTGTCC
>rnd-1_family-187#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 66 out of 84 contigs )
AGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-188#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNN
>rnd-1_family-189#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16, Localized to 66 out of 84 contigs )
ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-190#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16, Localized to 66 out of 84 contigs )
CAGGGGCAGACCCAAGAGCTCCGGGGCAGCCTCGGGAGCAGACNCCTGTG
GGTGGCCCACACGCAGAGGTGGGGCTGAAACCACAGCTGAGCCCCAGGGG
CNGTGCGACTAAGGAAGAAGANCNGAAATCTCTCCNCGCAGCTGCACAAG
CCGCGGATTAAATCCCCGCGATCGGCTTGGTAGACCCNGCGCCTGCGGAA
CATCTGAATGGACAACGAGTGTTCCCGCAGNTGAGANCGGTCTAGCTTTG
GCAGCTGTGGACTTTGNGGGCACGCACACGCGGGAGTTGGGCCAGGTCAG
AGTCTGAGCTGCCCCCACAGCGCCCACAGCGGGTCCAGAGACCAGCCCAG
A
>rnd-1_family-191#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16, Localized to 66 out of 84 contigs )
CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-192#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16, Localized to 66 out of 84 contigs )
TGATGGAAGAAATTTTCACATATTGAGGTATGGGGAAGTCATTCTGGCTT
ATACATGATTTAACTTGAATTTTATGCTAACTAGAACAGCCTGTTTGTGG
CCTATCAAACATACATTGTACATCTGCTTTAACCATTAAAGAAAAGGGCG
CATTGACCAGAAGTAAAGA
>rnd-1_family-193#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16, Localized to 66 out of 84 contigs )
CTCTGTGTCCCATTGTCTCTGCATGGCCCAGCAAACATTTGTTTACCAAA
CATTTGCTCTTCCATCTCCATGTGAATTGCCTTCCTCCCCTTTGAAGTCC
CAGACCCCTACCC
>rnd-1_family-194#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 15, Final Multiple Alignment Size = 15, Localized to 66 out of 84 contigs )
TTGTAACAGGGAAGAGCCAAATCTGACTCCATGTTGGATCTGTTTCTTTT
ACTTTAACCTTTGCTTTCCGTTGCTTTTGTT
>rnd-1_family-195#LINE/L1 ( RepeatScout Family Size = 15, Final Multiple Alignment Size = 15, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-1_family-196#LTR/ERV1 ( RepeatScout Family Size = 15, Final Multiple Alignment Size = 15, Localized to 66 out of 84 contigs )
AAGATACAAAAAGACCAAAAAACCCAACTGCCACTTCTGAAGAGCGGGTG
CCGGGAGCAAAAGCAGGGTACTGCGCATGNCCCCTGCACACANCACCACC
AAAGGGGTGGGCAGACCACCTAAGCCACCCCTCCGGCCCGACCC
>rnd-1_family-197#DNA/hAT-Charlie ( RepeatScout Family Size = 15, Final Multiple Alignment Size = 15, Localized to 66 out of 84 contigs )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCTA
>rnd-2_family-124#Unknown ( Recon Family Size = 316, Final Multiple Alignment Size = 316 )
ACATTACTTTAAAAAACCCACAAAACAAAGACAGTGAAAGAGAGAGAAAT
TCTTACAAAATCCGTTCAGGGNCTCTGATGCAACCTGGATTGACCATATC
TAGACCCACAGCTGGATGAGACATAAGGCTGGACACTCTTGGGGCTGAGA
GGATTGGTGAGGTTGGGTGAGCAAACGCAGACACTTTAAAGTAATACCGC
GGGGTACCCACCCCATGGGTCCCAAATCTCCAGGTNCAAGGGCATCTTCC
TACATCGAAAACATGCATGGGAAACCCAGAAGATGGTACGCCGTGNGATC
GGGAAAGGTTTCTAAAACGCACCTCATTTCTCCTCTCCTTGTGCTCGGGT
TCGCCATTCCAGCCGCTTGACTAACCATCTCCCTACTTGGAGAATCAGCA
CCTTTAACCTCCTGTTTCGTACAGGTTGCAATTTGTCCTGAGGATGAACG
GGAAGACGGGGAACCAACGAGAGACTAGCCCTAGGTGTTGGGACAGGCAC
AGGTCACTCCATTTTCCCATCAGGAAGAAGAATGAACCACAGGCTCAGCC
TGCCCCCCGGAACCAGAATAGGGCCTGAAGCAATCCTGCGCTTTTGCGGC
CAGCTCCCAAAAAAGCGAGTNGACAAATGGAGCTCAGGGGCACTGCAATT
CACAAACGTGCAGAGTTATAAATGANAACTCTCGTCCACAAATATATTGA
GGGAAGGCAACGAAGAGGATTTGAAAGCAAGGCAGANTTGCAGGAAACAG
ATTTCAGGAGGTAGATTCGACTCGCCTTTAAAGCACATGAAAAGCGGCAA
AACGTTGACAATGATGCCCTTGGCCAAAAAGGGCGTATGCGTTTTTTCCT
GAATATATTCAGGAAAAAACGCATACGCCCTTTTTGGCCAACCAAGCAAG
C
>rnd-2_family-383#Unknown ( Recon Family Size = 129, Final Multiple Alignment Size = 129 )
CACTTTAGGATTAGGGTATTTATTAAACCTATCCCACTCTCTAGATACCA
CTTAGCACGTAAAGGAATATTATTTGGGGTCCAGCCATGGAGAAGATTTT
AGTCACTAGGATAAGATAAAGAATAAACACATTATAAAAAAATCACATTA
GGATTTTCTTTTTAACCTGTTCCTTAAAACACTAGTGCTTAGGAAATCTA
ATGGAGGCAAAAGCAGTCAAGGGTAG
>rnd-2_family-548#Unknown ( Recon Family Size = 82, Final Multiple Alignment Size = 82 )
AATGGTCGCTTAATATTCACAAGGACTGCAGGGCTGTAAATGACACCTGC
CCTCAAAAAATGTCCTGGGGTAGGGAATGGNCAAAAAAATTCAAAACATG
GCAAATTTTTCAAGAAGACAATTTGAAGAGGTAAGTTGTACTCACTCTTT
AAAA
>rnd-2_family-1#LINE/L2 ( Recon Family Size = 60, Final Multiple Alignment Size = 51 )
GCCAATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-2_family-282#Unknown ( Recon Family Size = 71, Final Multiple Alignment Size = 48 )
GGAAAATAAGGCTTGAAGGGAAACTTGACTTTCCTCATTGGGATTTAGAG
AGTTGCGGGCTCAGTTCTCCCTGAGAAATACTGTAGTTGCACATGTTCCC
TTCATNGCACAATTGCCTTTGTGATGACAAGTGAGTTTCTAGGAAAGAAA
CTTGGAGGTTGCCATTCTTTGGTAGGTGCTCATCCTTCGGTCAATCTTCA
GTGAATTGGCGACCCCACTTGACCACTAGCCTCAAGCTAACGTTCCTCTT
GTATCATGCCACATGTTGGCATGCAGCAGAATCCATGTAGCCTTATTCAG
TGTGGTTCTTGAGCTCTAGGAAGCATTCCAGGTCTCTTAGTACTTGCGGG
TCTGCACTAGGATGAGAAAAGTACAGGAAG
>rnd-2_family-125#Unknown ( Recon Family Size = 46, Final Multiple Alignment Size = 46 )
AATCAAGAGGGTGTAAAGCGGCATAAACACAGCAGGGAAAAGCAGCCAAA
CCCCATTATCAAA
>rnd-2_family-40#SINE/MIR ( Recon Family Size = 35, Final Multiple Alignment Size = 33 )
ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-2_family-48#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 35, Final Multiple Alignment Size = 32 )
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>rnd-2_family-206#LINE/L2 ( Recon Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 30 )
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>rnd-2_family-54#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 29 )
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>rnd-2_family-283#Unknown ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23 )
TGCTGTGTCATCAAGCGTGAAAGGGGGACACTGATGGGAACGGTCGCATT
CTCCCGGTTTGGAAGGGACTTGCTTTGGNCTTCCAAGCTGCCTGAACAGC
ACTAGCGGCCCCACTTCTCCTCACTGCAGGATTGTCGCTGTGGGCCAAGG
CTGCGTTCTCTCAATGTCAATAATGTGCTGGCAATTCCTTTCTAGAAACT
CATCCCACTGCACTCCAGATTCAGCTCCGGCCAAATGAAAGGTGACCTAA
GGCCTCAAGGTAAGGTCCAGTGTTTCACATCAGCAGAGTTGGGTGTGCAG
TGGTATCCACGAAGCC
>rnd-2_family-28#SINE/MIR ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 22 )
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>rnd-2_family-38#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 22 )
TTGTATTGGTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-2_family-475#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21 )
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNAGT
>rnd-2_family-83#Simple_repeat ( Recon Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 21 )
AGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-2_family-191#SINE/MIR ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 19 )
TAAGCCTCAAGCCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-2_family-296#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-2_family-295#LINE/L1 ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 17 )
GCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-2_family-158#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 16 )
ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-2_family-16#SINE/MIR ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 16 )
GGAATCAGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-2_family-6#LINE/L1 ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-2_family-64#SINE/MIR ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-3_family-38#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 84, Final Multiple Alignment Size = 78 )
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>rnd-3_family-585#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 68, Final Multiple Alignment Size = 67 )
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>rnd-3_family-2#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 56, Final Multiple Alignment Size = 56 )
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>rnd-3_family-5#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 64, Final Multiple Alignment Size = 52 )
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>rnd-3_family-81#LINE/L1 ( Recon Family Size = 56, Final Multiple Alignment Size = 52 )
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>rnd-3_family-119#DNA/hAT-Blackjack ( Recon Family Size = 52, Final Multiple Alignment Size = 48 )
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>rnd-3_family-15#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 50, Final Multiple Alignment Size = 48 )
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>rnd-3_family-149#LINE/L1 ( Recon Family Size = 51, Final Multiple Alignment Size = 47 )
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>rnd-3_family-1219#Unknown ( Recon Family Size = 56, Final Multiple Alignment Size = 46 )
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CCATCTGCTAAGAAAGGTTTTCACGTGGGGAGTGCCGTACATGCACAAGA
GCATTCCCCCGCCGTGCAAAAGTTAGGCCTTGGTGAATCTGGATGGTCCC
GGAAGTCCAGCANNGNCACAGGGAAAGCTGTCCGNTGTTTTCAGGCTGGA
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CCTCCTTGGGGCACACCAGCGTGGAATGTNAGGCTGCTTAGAACGGCGNT
CCTGAGGCCGTTTGAATGCTGTACAAACGAGAGCTGTCGAGCGATCCGGG
CAGGGCTTTGCCATTACCGCNGCACNTTCACAGCGTTAAACCAAACGAAC
CCGTTTGCCTCTGCTGGGACTCAAACGCAACAGAAGAGTTGGACGGCGTN
CAGTGCCCCTTCACAGATGTNACAANGAACGTGAGTGCNCAACGAGTCGT
GAAATACGTAACNGNGTTGNAGCNTTCCTTTAACACAT
>rnd-3_family-1220#Unknown ( Recon Family Size = 47, Final Multiple Alignment Size = 46 )
AATAAGGTTTTGCCAGGGTAGCCTGNTTTCAANCATGAGCTCNTGTAGTT
ACCCTCAGTCGTTTCTGACTACCTCAAGGAAACACACGGAACCCACAGGG
CCCTTCCATGGAGATCCTTTGGCAACAGGGNCCTCTGCCTAGGCTGAACT
GGGGAAGTATTTCAGTACCTTAGGTAGGCCTCGGTGACCATGGCTCTTGC
ACATCCCGACAGAGTTAAGTGTGAAAAGTGTACTGGTCTTCAGGCTGGAC
GCAGAGCTTAGCTTTCGCTTCTGCGNGNGTGCTGTCCTGAGCCCNGGCCT
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CGAAACGGGTGCACGATCGACTGTCCTATGTGTCCCCAGGGGCATAGCAG
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>rnd-3_family-239#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 47, Final Multiple Alignment Size = 45 )
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>rnd-3_family-251#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 47, Final Multiple Alignment Size = 45 )
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>rnd-3_family-1341#LINE/L1 ( Recon Family Size = 43, Final Multiple Alignment Size = 43 )
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CGTAAACCTCATTCTAGCGGCCACTGTTAAGTCCCCACTTTTATTGAAAT
AGCTTCTGAAACGGTTAAACTCTGAAGCCAGACAACTTGGCTGCTTTCAA
ACTACAACGG
>rnd-3_family-288#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 45, Final Multiple Alignment Size = 43 )
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>rnd-3_family-291#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 44, Final Multiple Alignment Size = 43 )
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>rnd-3_family-164#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 41, Final Multiple Alignment Size = 40 )
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>rnd-3_family-167#LINE/L2 ( Recon Family Size = 52, Final Multiple Alignment Size = 38 )
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>rnd-3_family-1227#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 36, Final Multiple Alignment Size = 36 )
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>rnd-3_family-431#LINE/L1 ( Recon Family Size = 35, Final Multiple Alignment Size = 33 )
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>rnd-3_family-2323#Unknown ( Recon Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 32 )
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TTGCACCTGAGGCCTGGGGTGCCATTTCTTCGGCTGGTAAGTTCCCGAGT
GCTCCTGGAGGAGCTCCCAGCAAGGCACCGAGACCAGCATGCCTCATACG
AGTACACTCATAGTACTTTCGTGACGCCTTCAGGCAGCCAAGAGAAGACG
GGCAGCAGGAGTGTTTTTCAGGCAGCTT
>rnd-3_family-435#LINE/L1 ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 31 )
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>rnd-3_family-182#Unknown ( Recon Family Size = 30, Final Multiple Alignment Size = 30 )
TATGTTTAGAATGGGGCTTGGCTGCTTTTCCCTGCTGTGTTTATGCCGCT
TTACACCCTCTTGATTCACTTGCAGAGAGATATCGATACATAG
>rnd-3_family-217#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 29 )
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>rnd-3_family-148#LINE/L1 ( Recon Family Size = 31, Final Multiple Alignment Size = 28 )
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>rnd-3_family-30#Simple_repeat ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 28 )
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>rnd-3_family-634#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 28 )
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>rnd-3_family-273#LINE/L1 ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 27 )
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>rnd-3_family-451#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 27 )
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>rnd-3_family-215#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 25 )
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>rnd-3_family-103#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-3_family-145#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-3_family-156#LINE/L1 ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-3_family-66#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-3_family-112#LINE/L1 ( Recon Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 22 )
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>rnd-3_family-256#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 22 )
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>rnd-3_family-359#LINE/L1 ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 22 )
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>rnd-3_family-427#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 22 )
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>rnd-3_family-198#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21 )
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>rnd-3_family-407#LINE/L2 ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 21 )
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>rnd-3_family-647#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21 )
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>rnd-3_family-91#LINE/L1 ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 21 )
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>rnd-3_family-967#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 21 )
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>rnd-3_family-301#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-3_family-550#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-3_family-7#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-3_family-17#LINE/L1 ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-3_family-228#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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ATTAATAATGTGTTAGTTTTCTTACTGTTTTATAACTTTGCTTTCAAAGA
ATTACATTACTGTACAGTGTGCCTCTCTCGTAATTGGAGAAACTGTGTAT
CAGCCTATCATCACNGGTAAGTGTTTTTTAAAAAAAATAACAAATGTTTC
CAATACTGTATTATGAATATGACTGTAATACTGTATGCCATAAAAATTTT
ATAACGATTCATTCATTAGTGTATAGGCTAGGCTACCGTGAAGCAATCGT
ATCGATTACACTAGGCTACCATAAAGCAATCATATTGCTGCTTCTTCGTT
ATCAATGCATGAATCGTTATACCTGTAAATAAATATGAATTTCTTTTTCA
CATTATCTTTTCATTTTTGATGTCTAGTGTTAGTAATACGTATAACATCT
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>rnd-3_family-42#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-3_family-457#LINE/L1 ( Recon Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-3_family-727#LINE/L2 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-3_family-803#Unknown ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18 )
GTTTTTTCTTTTAAGAGAAAAGAGAAAGGCGTGGGAAAATGANGANTTTT
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>rnd-3_family-804#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-3_family-96#LTR ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 18 )
ATTCATAACGAGCCCCTTTCAACCACACCTGAGTTTATGCTAATGAGGTG
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>rnd-3_family-110#LINE/L1 ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-3_family-130#DNA/TcMar-Mariner ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-3_family-556#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-3_family-802#Simple_repeat ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-3_family-102#LINE/L1 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-3_family-1161#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-3_family-1588#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-3_family-665#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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AAATTTTCTCTGTTGCCCNTTTGGGCCTCCTCCCTCCCCCTTTAGTGTGC
ATTGTGCATCTGCATTATACATTAACCAGACCTCCTCAAAGGCGGGAGTG
CCTGCTCGACCATAAAGATCAATTTTTTCCTTTCTTCCGACGCCAGCGAT
GTAACTCCTTAGGAGATAACATTCCTTCTTAATCTTGTAAGGGGTCACGA
TGACCCGCTGCTCGCTTTGTACGTGCTTACCTGGGCTATGTATCTTTGGT
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>rnd-3_family-214#LINE/L1 ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-3_family-40#LINE/L2 ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-4_family-2267#Unknown ( Recon Family Size = 418, Final Multiple Alignment Size = 418 )
GACGGCCTGTGTGTTCGGGGNGTTGTGAGCAATGCAGCGTTGGGAACAGC
TAGATGCCGAGTCATGGGAAGTGAAGGGCTTCTTTTGTTAAACCTCTAGA
ATGTNGCAAGTTGAAACAACTCAAGTATCTCCCTTCTAAAGCACCTTGGA
GGTACAAAATAGAGAAAGAAACAGCAGGGTCAATGCTCTGCGGGCCCTT
>rnd-4_family-20#LINE/L1 ( Recon Family Size = 214, Final Multiple Alignment Size = 180 )
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>rnd-4_family-3920#Unknown ( Recon Family Size = 147, Final Multiple Alignment Size = 147 )
TCCTCCGTGGGAGGCGAGACAGTTGCGGTTTG
>rnd-4_family-213#LINE/L1 ( Recon Family Size = 169, Final Multiple Alignment Size = 145 )
GAAACTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-4_family-203#LINE/L1 ( Recon Family Size = 163, Final Multiple Alignment Size = 141 )
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>rnd-4_family-195#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 150, Final Multiple Alignment Size = 137 )
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>rnd-4_family-905#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 130, Final Multiple Alignment Size = 124 )
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>rnd-4_family-981#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 89, Final Multiple Alignment Size = 77 )
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NNNTAATACCTAACCTAATTGCAGTTTCGGCCTCTCCCAGGAATGGAATC
TTAAACCAGTCAGTCNGGAATTNCCTGGTCAGCACTAGTGAGGTAATCTG
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>rnd-4_family-94#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 79, Final Multiple Alignment Size = 75 )
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>rnd-4_family-261#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 94, Final Multiple Alignment Size = 71 )
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>rnd-4_family-169#LINE/L2 ( Recon Family Size = 82, Final Multiple Alignment Size = 66 )
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>rnd-4_family-65#LINE/L1 ( Recon Family Size = 70, Final Multiple Alignment Size = 66 )
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>rnd-4_family-676#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 84, Final Multiple Alignment Size = 66 )
TGGTGGCCCGTACGGGGACCAGAGAAGGCTCCCGCATGGCTCCGGGGCTG
GTGAGCAAACAGGTGCGGTACCCACAATTGAGCCCATTGTGCTCACTGCT
TTTCTTGCCTGACCCTGGAGTTTGAAGGTACGTCTTTCTCCTGGATCCGA
GCTCACGCCCTCTTTGCGTTTGAAGCTCTCCAGGCTTTATTTGGGATCTA
TTTNAAGGTTTCGTCTTTCTGGTTAAGGCCTTGTTCTGTATGCGAGTACT
CATTTGGCACTTCGGTCTGATTTTGAGATCAGACTGTTTCAACTGAAGCT
GGCTGAGAAGCCTTCGGCCCATTCCTTCGGGAACGGGGCTGCTTCACTGA
AACTGTGATGGCTTTTTAGCCTTCGGAATAGGGGCTGTTCTCTGGAGACT
GGCTGAAAAGCCTTTGGCCTGGCTCCTCTGGGACCAAGCTGTCTTCTTAG
AACTGGCTGGGCTGCTGGCTTGCAAGCTGTTTGAGTTGAGCCGTTTGNGC
TGTAAGCTGTTTAAGCTGTTTGAAAATTGTTCTTTTACTCTAGAGGAAAA
ACCTCTGAGAAATGGGATCCCAGTTATCTAAATATTTTGAGGGAGCNNNN
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GAGTCTAAAATTGCCTCTCTGCAAAATAAGATTTTAAGATTAACTGAGGC
AAACAAACGATTAAAGAAAGATAAAATGGCTCCCGAAGCCTCAGGCTCTT
CTTCCTCGGCTTCTTTGTCTCAGGCTCCGCCTCCGGCGCCATCTTCCTCC
TTCCCTTCTGCGCCACCTACGCCTCCTCTATACCCTCANCTCCCCCATAC
TAATTCTCTCGCCGAACTTCCCTTTTTCCCTGAAACCCTCCCACTCCCTT
TTCCTCTGAACTTGTCAGAACCTGTCCCTTTAAAATTAAGCCCTCTGAGG
ATCCAGAGGCTAAACCCTTAATTTCTTATATTNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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CCTTCAGATGTTGATTCCACCCGGGTAGCTTTTAACTCTATGTTTATTAA
TGGGCTGAACCGGGACCTTTCCCTTCTAGTAAAAAGGACCAGGATGGAAT
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CACACTCTAGANGAGTCACCTAAAAGGAAGACTACCAAAATTCTTAATCT
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>rnd-4_family-170#DNA/TcMar-Tc2 ( Recon Family Size = 63, Final Multiple Alignment Size = 63 )
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>rnd-4_family-4209#Unknown ( Recon Family Size = 63, Final Multiple Alignment Size = 63 )
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>rnd-4_family-2226#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 69, Final Multiple Alignment Size = 61 )
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>rnd-4_family-243#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 65, Final Multiple Alignment Size = 60 )
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>rnd-4_family-250#LINE/L1 ( Recon Family Size = 67, Final Multiple Alignment Size = 60 )
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>rnd-4_family-58#LINE/L1 ( Recon Family Size = 65, Final Multiple Alignment Size = 59 )
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>rnd-4_family-627#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 61, Final Multiple Alignment Size = 56 )
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>rnd-4_family-334#LINE/L1 ( Recon Family Size = 53, Final Multiple Alignment Size = 52 )
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>rnd-4_family-5393#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 44, Final Multiple Alignment Size = 43 )
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GTGGCACCGCCAAGCTCCTTCCCCGGGAACTACACTCAGCATCTCAGCAT
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TTCGCTTTACGCCATTTCGGCTTACGAAAGGTTTCATAGGAACGCTCTAC
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>rnd-4_family-714#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 45, Final Multiple Alignment Size = 43 )
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GTCTGTGCNCCAGTGGCTGCCGGTTTCCCGCGACCGCCTCGCCGCGCNCC
CCAGCCCGAGCCGAGCGAACGCTCCGGCCCCGCTCACTCCACGCCACAGC
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GCCATTGTCGGCGCTTACTCAGGCAGCGCCTCAGAAGCAGCCCGGANCTC
TGACGGCGGCCGGTCCACCACAGCCCGCGCCCCGGCNCANGCCGAGACCG
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CGAGGCTGCGTCCGAGCGGGGCGGGGGCAGCCATTGCTGGCGCCTACGCA
GGCAGCGCATCGGAGGCAGTCCGGACCTCTGCAGCTGACACGCCACAGCC
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CAGAGGGGAAGCCCCGCCTCACACCCGGCNCCGGCTCTAGCCCCTCCATC
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>rnd-4_family-2255#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 41, Final Multiple Alignment Size = 41 )
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>rnd-4_family-511#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 42, Final Multiple Alignment Size = 41 )
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>rnd-4_family-906#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 44, Final Multiple Alignment Size = 41 )
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>rnd-4_family-1839#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 40, Final Multiple Alignment Size = 40 )
AGAGGTCATCGAGAGGACGTGACCGCCGGTTGACCCGCGAGCTGGACCCG
GGCAATCGGAGGCTCCTCACCCCTCCCCTGTCCTTGGAATGTACGTTCTG
CCCACCGTTCCCACAGCGGGAGCCGTTTTCAAGGACGCAGCCTTGAGAGA
GCAATGTGTTGTTGAGACCATCTGGACGGTATACGTGACTGAACCCAGTT
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>rnd-4_family-97#LINE/L1 ( Recon Family Size = 47, Final Multiple Alignment Size = 40 )
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>rnd-4_family-282#LINE/L1 ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 39 )
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>rnd-4_family-1089#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 44, Final Multiple Alignment Size = 38 )
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>rnd-4_family-309#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 45, Final Multiple Alignment Size = 38 )
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>rnd-4_family-7942#SINE/5S ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 38 )
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>rnd-4_family-103#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 37 )
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>rnd-4_family-2113#LINE/L1 ( Recon Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 37 )
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>rnd-4_family-430#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 46, Final Multiple Alignment Size = 37 )
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>rnd-4_family-1235#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 36 )
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>rnd-4_family-271#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 36, Final Multiple Alignment Size = 36 )
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>rnd-4_family-3165#Unknown ( Recon Family Size = 36, Final Multiple Alignment Size = 36 )
CGTGCTGGACCTCAGTTTCGATGAGGAGACGGTAGAGCGTTCTCACTCGT
TTTGTTCAGATTTTCCAAGGAATGCATTTATGGGAGTCATCATCGATCCA
AGCACATGCTGGGACGCTGCAGAACACAAACGGGCAGGCCCCCGCGGGGC
>rnd-4_family-62#SINE/MIR ( Recon Family Size = 55, Final Multiple Alignment Size = 36 )
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>rnd-4_family-1765#Unknown ( Recon Family Size = 35, Final Multiple Alignment Size = 35 )
GTTTTTCTTTTCTGTTAAAACAAAAAAGGAAAAATGTA
>rnd-4_family-405#DNA/hAT-Blackjack ( Recon Family Size = 38, Final Multiple Alignment Size = 35 )
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>rnd-4_family-925#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 34 )
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AATTTTTTGGCCATTACCACCCTCAAGACATTTTGAAGGCACGTTTCATG
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>rnd-4_family-216#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 33 )
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>rnd-4_family-2167#LINE/L1 ( Recon Family Size = 35, Final Multiple Alignment Size = 33 )
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>rnd-4_family-300#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 31 )
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>rnd-4_family-66#LTR ( Recon Family Size = 31, Final Multiple Alignment Size = 31 )
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>rnd-4_family-763#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 31 )
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>rnd-4_family-303#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 30 )
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>rnd-4_family-757#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 31, Final Multiple Alignment Size = 29 )
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>rnd-4_family-2245#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 27 )
GTATGGTCAGGCCACTCAAGATGGCTGTTCTCTTGCTCTCTGTACATCCC
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>rnd-4_family-2246#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 27 )
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>rnd-4_family-354#LINE/L1 ( Recon Family Size = 38, Final Multiple Alignment Size = 27 )
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>rnd-4_family-2517#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 26 )
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>rnd-4_family-106#LINE/L1 ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 25 )
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>rnd-4_family-1223#LINE/L2 ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 25 )
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>rnd-4_family-4557#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 25 )
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TTATGGAAAGGTGACATACATTTCAAAGTGAAAGACCCTGACATTGTACC
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CGGCGCCCTCTCGCCCGCCCGCTTGTAAGCCTCACA
>rnd-4_family-462#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 25 )
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>rnd-4_family-168#LINE/L2 ( Recon Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-4_family-273#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-4_family-2767#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 24 )
GGGTTCGAGTCCCGGCACGTGGGTTCAAGTCCCAATCTGAGTTGCACGGT
TTC
>rnd-4_family-45#LINE/L1 ( Recon Family Size = 36, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-4_family-78#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-4_family-1764#Unknown ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-4_family-2541#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-4_family-285#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-4_family-1198#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 22 )
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>rnd-4_family-196#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 22 )
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>rnd-4_family-668#LINE/L1 ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 22 )
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>rnd-4_family-791#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 22 )
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>rnd-4_family-509#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 21 )
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>rnd-4_family-605#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 21 )
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>rnd-4_family-651#SINE/MIR ( Recon Family Size = 30, Final Multiple Alignment Size = 21 )
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GGTGATCCTAACCACCCATTCTGCCCTGAAGTTGCAGGGGGGCATCACAC
TCGAGTGAAGAGGGCCCTGAGCCCCAACCTCCGGAGAGACAACCTGGGGC
AACGGACCCCCTTGACTACTCGTGTGAACCTCTCTCCGACTTGAAGCTTC
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TGATCTCNACGTCAGGGCACGCTTTGCCTACAGGCAAAAAACCTAGANAC
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>rnd-4_family-1312#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-1491#LINE/L1 ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-1541#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-1589#LINE/L1 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-215#LINE/L1 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-258#LINE/L1 ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-299#LINE/L1 ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-3081#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20 )
GGGAACCACTGACCGAAACCGCCCGCCCTGGCCAGGCACGATAGTAACCA
CTTGCATGAGTTATCTTACAACAGGAGGTCCTGGTAAGGAACGCGGAACT
AACAAGCCACCACCAACCGGAAGAATTC
>rnd-4_family-349#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-351#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-353#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-358#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-593#DNA/TcMar-Mariner ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-657#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-927#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 20 )
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>rnd-4_family-152#LINE/L1 ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 19 )
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CCATAAGCCAAATATGTAATAGACAAGGCCTACTCCCTGCTCAGTGAACT
GGACTCAACACCCCCTANTCACCGCACAAGAATATATCTGACTAGTAAGA
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>rnd-4_family-2387#LINE/L1 ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 19 )
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>rnd-4_family-330#LINE/L1 ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 19 )
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GGGAGAGACTGGTGATGCCATCTTCGTGCTCTCCCTCTGCCTTGCTAAAG
CCGCGGGTACCATCTTTCTTTTTTTCTTTTTCCANTGGGTGCCATCTTTA
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CCTGGCTCTGGAGGCCAGGAGGGCTTGTGTTCCTGGGTCTCACGGGACTG
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GGGGCCTACGGAGNTGCTCTCAGGGAACGCAGGCCGANGGATGCCATCTT
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AACCTTAAAAGAACCTAATTATAGGAATGAGATCACTAGGCAATTTAACC
TAACTCCTGACTTATGCTCTCCTGAATGCACACCACGCCTTGCCTAACCT
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>rnd-4_family-84#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 19 )
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>rnd-4_family-1267#DNA/TcMar-Tc2 ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-4_family-1356#LINE/L1 ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-4_family-1358#LINE/L1 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-4_family-398#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-4_family-434#LINE/L1 ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-4_family-621#SINE/MIR ( Recon Family Size = 22, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-4_family-953#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 18 )
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>rnd-4_family-1096#LINE/L1 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-1229#LTR ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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CCAAGCGGCCTGCGGGGGCCTTAAACTGACACTAGCCCCCTCATGCAAGC
GCATGCCCTAGATAACAGCCCGCAGAGTCACAAGCAAATGTAAGTTCCTG
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GGGCCTTCCNCTTGTGCGCCCCTTAGATAAGACCCCCGTGGAGCTTACCA
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>rnd-4_family-1450#snRNA ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-270#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-307#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-315#SINE/MIR ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-419#LINE/L1 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-761#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-929#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-971#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-985#LINE/L1 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
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>rnd-4_family-1493#LINE/L1 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-4_family-1856#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-4_family-2466#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-4_family-3367#LINE/L1 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-4_family-437#LINE/L1 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-4_family-44#LINE/L2 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-4_family-586#LINE/L1 ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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>rnd-4_family-591#LINE/L1 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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TACNCCAGAAGCCTNCTGAGCACCATCGAGGGAAAAGGAGCTCNGGGNAC
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>rnd-5_family-83#LINE/L2 ( Recon Family Size = 72, Final Multiple Alignment Size = 63 )
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CTGGTGAAAACAACGCCTGAGAGACACCAGGGCCAATTGCCGGCATNCCC
ACGGTTAAGGCGGGGCCGAGGGCAGTGCCAACAACAGTGTACTTTGTGAG
CCCGCACAACGGGTGAAAGGCGACACAACAGAGCACACTCACAGGTGAAC
AGCTCCAGAGGAGGAATACTCAGTGGCTCCTCTCCCAGTGGGAGTGCTCC
AATCCCGCCTACCTCACACCGCAGATCAGAAACACAGCTAAGA
>rnd-5_family-1680#Unknown ( Recon Family Size = 59, Final Multiple Alignment Size = 59 )
TTTCCTTTTTTTTTAACAGAAAGGAAAACGGCGTGGAAAAATGATGAGTT
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>rnd-5_family-1879#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 77, Final Multiple Alignment Size = 59 )
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>rnd-5_family-432#DNA/hAT-Blackjack ( Recon Family Size = 70, Final Multiple Alignment Size = 56 )
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>rnd-5_family-1786#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 54, Final Multiple Alignment Size = 54 )
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GGAGTCCGAAGAGGTCTTCAGCAACTTAGTGACCCTCAGCGAGAAGCTGG
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>rnd-5_family-1806#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 53, Final Multiple Alignment Size = 52 )
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GGAGCTCTCACGCCCTGCGANGATAGCAGAGCCCAACAGGAAGAAGAAAG
ACTCCTCTTCTTTCCTGGCAAGGACTCAGCCAATGAAAAGC
>rnd-5_family-1264#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 51, Final Multiple Alignment Size = 49 )
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>rnd-5_family-2114#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 54, Final Multiple Alignment Size = 49 )
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GACCAGAAACGCAGTATATCCAGTCAGCCAATCCCCAAACGCCAAGCCAA
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>rnd-5_family-5873#LINE/L1 ( Recon Family Size = 49, Final Multiple Alignment Size = 49 )
GTATGGTGATGGATGGAAACTAAATTTTTGGTGGTGAGCACGCTGTAGTG
TATACAGAAGTAGAAATATAATGTTGTACACATGAAACTTATATAATGTT
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>rnd-5_family-995#LINE/L1 ( Recon Family Size = 60, Final Multiple Alignment Size = 49 )
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>rnd-5_family-3777#LINE/L1 ( Recon Family Size = 60, Final Multiple Alignment Size = 48 )
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>rnd-5_family-7430#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 48, Final Multiple Alignment Size = 48 )
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>rnd-5_family-3644#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 56, Final Multiple Alignment Size = 47 )
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>rnd-5_family-4939#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 50, Final Multiple Alignment Size = 46 )
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>rnd-5_family-937#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 50, Final Multiple Alignment Size = 46 )
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>rnd-5_family-1291#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 50, Final Multiple Alignment Size = 45 )
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>rnd-5_family-1624#LINE/L1 ( Recon Family Size = 48, Final Multiple Alignment Size = 45 )
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CCCCACGCGCCGGCCCCTGCCTCCGCGGGCACTGGGAGGGGCTCCCACCN
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>rnd-5_family-1779#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 50, Final Multiple Alignment Size = 45 )
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>rnd-5_family-26#LINE/L1 ( Recon Family Size = 48, Final Multiple Alignment Size = 45 )
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>rnd-5_family-774#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 48, Final Multiple Alignment Size = 45 )
CCCACTCTCCATCCCCCTGTACGTGAGTTACAGGATCCTCAGGANCTGAG
GAGGGGGNCCCTGAGGAGAGGCACAAGATAGAAGATGCTAGGCATTAACA
TGACTGCATTCATGTTAAACGTGCCTGAAGTCCATTCACACGAGATGGTT
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CCCACATGGCTGCTGTCTGTGCCAGTCTATACGGGACCTTGGCAATCTCC
TAAAATGAGGGTTATTTTATACACA
>rnd-5_family-1738#LINE/L1 ( Recon Family Size = 49, Final Multiple Alignment Size = 44 )
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>rnd-5_family-6917#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 46, Final Multiple Alignment Size = 44 )
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>rnd-5_family-1867#Unknown ( Recon Family Size = 44, Final Multiple Alignment Size = 43 )
TCAGAGCTGCCTGAAAAAGGGTCCTGTTGCCCGTCTTGTACTCACCGTAG
GAGTTCCCGGGGAGGCAAAGTGAGGAAGAGTGAGTTTTCTCGCAAGAACG
AGGGGGTGTGGGCAGTTCCTCGCTAGGAGCTCATCCCAAAGCCTTCTTGG
CTAGTGGTTCGGAAACCTGCCCGCATGCTGCCAAAGGAAAGTCCTCGAGA
GCCGTGAAAAGTGTTGGGAGTGCAGCTCTGTCTGAGAAGCCTTAGTGAAG
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CTGGACCCAGGTCATGGAGAACACGGTGTACCCAAAGTGTCAAGTGCGGC
TTCTGAGTGAGCTCCAGCCACATGGGTCGTTGGCCTCCACTCTGTGCATG
CAGAGGGCAGGGCAACACACGGCTTGCTCCGGCGGAGAGCCAGACCTCCA
CCTCTGGAAACCAGTCTTGGTAACAGAGTGGGGGACGGTGTCATGAGCAA
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GGTGGTCACAAGTAGACCCGAGGCTTTCACCACTGAAGTGCTGTAATGCT
GGTGTGCCTTTCACATATCTGAGGACGCTCACGTCTGCACCATTTTCCGA
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ATCCTCAGGACGAGTTTTCTCCCTGGTCTTCTGGGCAATGCAAGGGGACC
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TTCTCAGAATTCATAGCTGACGTCTTCCCCTCGCATGCATCACGTCGACT
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GGCACATGTGTGTGGCATGTCTCTTTCACCTGCTTGTGGACTTCAGGTAC
GTGAGCTAGGTGTCAACCGTGAAAGTGGAGAGGGACGGGAACAGCACAAT
TTGCCCCAGTGACAAAGCAGAGAGATGTGTCCTCAGAGCTGCCTGAGAAA
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CCTGAGGCCGAGTGAATTTTCTTGGAAGAACCGGAGTGCGTGCCGTTCCT
TGCTAGGTTCTCATCCCAAAGCCTTCTTGGCTAGTCATAAGGAAACTTG
>rnd-5_family-3600#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 43, Final Multiple Alignment Size = 43 )
ACCTGTTCCCCTCAGGATTGAGGAGTATCAAAGAAAAGGGGGG
>rnd-5_family-7088#Unknown ( Recon Family Size = 43, Final Multiple Alignment Size = 43 )
ACAGCCCCAACTACCTTCAACGTTTGTTGTCTATTTAGAAAATGATCGGT
TCAAATGAACACATCTTCTTCCTTTTATCTTA
>rnd-5_family-81#SINE/MIR ( Recon Family Size = 58, Final Multiple Alignment Size = 43 )
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GGTGTGCATCTCTGCCTTGCTTCTGTCTTAANTAAACAAACTGTTTCTCT
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GTAACAAGTAACCACCAGAACCGGTTTTAAACCCGTTCAATCGATCAATG
ACAACTCGCTTCAGTGAACACGCTTCTGCAAGCCAACCAATCAGTGACAG
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AGCATAAAGGTTAAAGGGAAAAAAGCANTAAAAATAACTATAGCTACTTC
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AGACGCTCTCTGTCTCTCCCCTTCAATCTACAACCAGTAAAACATCCATA
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CTGGTACTCCTTCGATGATAAGACTCCCTTCCCAGGTGCCAAGGCCATAC
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GTATCCCTGACTTGTTTAATGTTCTTTGTTCTGACAAGATA
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CCCTTACCCTGCACCGCCAGACCCCAGGCAAATCCCAAGCCTTGCNAATG
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TTTCACAGCTCTTCCCTCCCAGCGGGTCTACCATCATTTGCGTACACTAG
GCTTTGCTTACCCGTANGAGGGCCGTGTTGGATCGGGAGGTTGTGGTACC
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CCCAGGCCTGCTGAGGCTCTAGGGTTGTGACATCAGCCCACGTCACAGAG
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ATAATAGNAATTTACATGGGAAGAGGATCTGTACATGAATAGATATATAT
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TGTCCGGACACCCCATGGTTTTCAGCGGTGTGGGGCTCTGGCGCCGCCCT
GCAGGGAGCAGCCCTGCTACCCGCGCCTGCAGCGCAGCCTGCTGGTCTCT
CCATCCTGCCATCGGGCACAGTCTTCCACCTTCCCTGCTGCCTCGAATGA
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TGCCCGCCTGCCCACCCTTGGTCTGTGTCCTCAATCCACCTGTGCAGACA
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AAGAGGCTGGCTCCCTCCTCCCCTCCGCCTCCAGGCCTGGTCCTTGCTCT
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CACAGAAAGGGAGCTTCTGCCAGAACAAAGCCTGGGTCTCCTGTCCCCGA
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>rnd-5_family-5762#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 34 )
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CGGACGCCTGCACGGGCGGCGCGTAGGTTCGCTGT
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GTCCCAGCTGGGGAGCCCTTCTCTGCTCTCTCTGATCAGGCAGTGGCCGT
GCCAGTCCCCTCCTGAGGTGAGCAGTTCTGGGGTTTCCTGCCATGTCGCC
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TGGGGATGCCGGGGACTCTCAGGGCCTTGGCAGATGTCTCTCCCAGCAGA
TACCCTAGTGGAAGTGGGGAAACATTTGGGGGATTACA
>rnd-5_family-168#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 34, Final Multiple Alignment Size = 30 )
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>rnd-5_family-3121#LINE/L1 ( Recon Family Size = 41, Final Multiple Alignment Size = 30 )
TTTTTTTACTCTCCTTCCATCTAGCTGGCCCGGCGCTGGCGGGCGCCATT
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CGCCCGCAGCAGTCGCGGCCGGGCCTCGCAGCCAGCCGCGCTGGGGGCCA
GCCCCGCCCACCAGCGCGCCTGCAGCAGTCNCACGGCCCAGGCCNCGCAG
CCAGCCGCGCCGGGGGCCNGCCCCACCCACCAGCGCGCCCGCAGCAGCCG
CACGAGGGCCGGGCCTCACAGCCAGCCAGGCCGGGGGCCAGCCCCGCCTA
CCAGCGCGCCCGNAGCAATCACAGC
>rnd-5_family-350#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 39, Final Multiple Alignment Size = 30 )
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>rnd-5_family-4956#LINE/L2 ( Recon Family Size = 38, Final Multiple Alignment Size = 29 )
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>rnd-5_family-8926#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 30, Final Multiple Alignment Size = 29 )
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>rnd-5_family-1356#LINE/L1 ( Recon Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 28 )
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>rnd-5_family-2676#LINE/L1 ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 28 )
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>rnd-5_family-978#LINE/L1 ( Recon Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 28 )
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>rnd-5_family-2050#LINE/CR1 ( Recon Family Size = 47, Final Multiple Alignment Size = 27 )
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>rnd-5_family-261#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 27 )
GCATTCTTCATTCCAGAGAGAAGGTCACAGTTTGATAACCT
>rnd-5_family-3492#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 30, Final Multiple Alignment Size = 27 )
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>rnd-5_family-357#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 27 )
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>rnd-5_family-3673#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 27 )
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>rnd-5_family-39#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 37, Final Multiple Alignment Size = 27 )
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>rnd-5_family-14900#Unknown ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 25 )
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GGTGACCAACTAGACCCTTTAGTGAGTAAACTTTGCGATACAGGGAGTCG
TGATTGTGGTGAAAGGATTACAGGGTCATGGNTTAGTGAGGCCTGGGTGT
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TGAGTTCCCAGAAGGAGGGGTAGGATCATTGTATTTTTCGTGTAGCTCAG
GNATAGGCAGAAAAGCAGACACGTTTGTCACGAAGGAATGAAC
>rnd-5_family-1912#LINE/L1 ( Recon Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 25 )
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>rnd-5_family-2217#DNA/TcMar-Tigger ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 25 )
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GAGTGGAGCGAGGCGAAAAGATGGTAGACGTCGCTCATTCTTATAACATG
AATCGTTCAACCATCGGCACGATTCTAAAGAACAAGGACAAGATCATGGA
ACATGTGAAGTCTGCTGTGCCGATGATGTCGACAATAATATCGAAGAAGC
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>rnd-5_family-4048#LINE/L1 ( Recon Family Size = 29, Final Multiple Alignment Size = 25 )
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CGCCCTGNTAAGGTTCCATTGGGTCCATACCAATCCATTGCTCTCTGAGT
CTTCTCAGNTTTNCAGACACNTCGGGATGAGTNCTCTCCAGAGCAAAGCA
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>rnd-5_family-1011#DNA/hAT-Blackjack ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-5_family-146#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-5_family-26089#Unknown ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-5_family-281#LINE/L1 ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-5_family-2974#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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CCAGGTGGCAGGAAACCACACATCTTGTAAACAGCGGAGGGGTCCNTGGG
CAGACAAAGAAAAGCAGGAACCTCCAGACTGACAGGAAACCACACATTTT
GGGTGATAAGTGTCCTGGAGGCAGACAAAGAAAGGTGGGAAAAGGCGGGA
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>rnd-5_family-335#LINE/L2 ( Recon Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-5_family-4122#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 24 )
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>rnd-5_family-4596#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 24 )
ACTATTGCTCATAATAATCTATATCTTTGTGGGCATCAAAATAATTGTAG
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ATGCTACAGACCCATGTCGACATCTTCCACTCTGAGAATACGGCGNNNNN
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>rnd-5_family-1012#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-5_family-1025#LINE/L1 ( Recon Family Size = 33, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-5_family-11402#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 25, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-5_family-127#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 23, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-5_family-1427#LTR/Gypsy ( Recon Family Size = 24, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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ATTTTTGGAATACTGCTACAGAGATGAATAAA
>rnd-5_family-1687#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 27, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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>rnd-5_family-2138#Satellite ( Recon Family Size = 30, Final Multiple Alignment Size = 23 )
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AANANAAACAACNACAGGGGAAGGGAAGTAAATTTCGGGTCGGGGAGCGN
GTTGATGGTGTACATCGGGAGCNGACAGCGATGGTGGTTGCGGAGCCAGC
TCTGCCTGTGTGGGTGNTGNTTTCTGAAATGGCTCTGGGTCTCCTGCAAG
AGCAGGTGCANGTTCTCCCTGCTGGGGCGGTGAATCNTCACCTGGCTCTG
GGTCTCCGGCAGGCTGTTCCTCAGGCTNGGGTTTCCCTTTNGCTTGTCGC
TGGTCCTGCACCTGCGCCTAATTCCTCCGAATGNATAGGTGTTGGGAGTG
GAGCCAGTTTAAATTCCGTGGAAGTGCTGGAGCTGTGAGAGAAGAAAAGA
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CCAGAGCTTTCCAGAGAAGTCCCAGCCCAGGAACTCACAACAGGATGTCT
TCTCNGACGGCAGTCCACCAGATGGGTGGTCTGAGGCCAGCCTTTGNTCC
GGGCCCAACACCAGCCTCTGGGGGCTCNTCCCTGTGTGGCCCAGCACTCA
CCCCTCCCCCTCACATGCACCCACCCCCGGCCTTCTCACCTTTGTGCTCC
GCCTTGGTGGGCTCCGGGTCCTCCAGCTGACTCGGGGGAAGCTTGGCACG
GTGCTCCAGGTCAGAGCCGGNTGTGCTGAGCTCCNTCGTAAGCCCAGGAT
TGGGCCCCGGGGAGTCCGGGCCCGGGTGGTGTCTGGGCAGGAGGCCTTCC
CCGTTACCTCTGGCTGGTTCCGGAGAACCCTCCGTGGCCACACTCACCCG
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GGGGAGATGGATCGGGTGTCCCCATCGACGAGCTCCTCGCCGATCTCCAG
CGTGGGGCTCTGCCATGACAGTGACCAGCAGCCGGCCCGGCCCGGAGGTA
TCAGAGCCCCGCCCGGCCATTATCATCGCTTCTTCTGCCCACTCGACCTT
CTGCTCCCAGATCAGGCACAGACCTGTGTCTGCTCAGATATCCACCCGGG
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GACGTGNCCGGCCCACCAGGCTTCTGACCCCTCATCAGCCTGCTCNTGCT
GGAGGCAGACCCACCCCACAGGAACCCCAGNCCTCCACACATCCAGGNAG
GGGACAGAGGGCTACCCGGGTGGGATCAGAGTGGNNNNNNNNNNNNNNNN
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ACAGCAGAACCATGTTTCCAGCCAAGTGAGCTGGGNAGGGGCTCCNCTAG
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CAGGGAAGTGAGGTCACCTCCTGGGGTCCCCTTGCCCGGGCTTCCTCCTC
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CCCATGCCTNGCCCANGCACAGTGACACCAACACAGCCCACCCACAGCCC
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CAGACCCGGCTNCTCCTCCTCCGTGTCATCAGGGATGTGGCCCTGTACAA
ACCATGGGCCTCTCAGGGTCTCCCCAGTCTCCCCATCTGCAAAGTGGCGC
TCATTCTGGCATCGACTTCCTAGGGAAGCCATTAGGTGGATAGACCTAGA
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GGTATCACATGGAGCGCAGTGCACAGACTTAGCAAAGGAAGGATTGCCTC
AGGGGCTGGCCTAGCACAGAATNCAGCTGAAACAGGCTTGGGTCTGCTCT
GGGATCTCGGGAGAGTCACTCGTCTTCCGGCCTACATCCCAGTCCCAGCC
GAGGGAGGGCTGAAAGTCAAGAAANTTCAGACATCGNCCCCTCCGGCATA
CAACCTTCCAGGTCCTCCTGTTGCGGNTAGATTCACGTCCACGTGTCTCN
TCTTGGCCTCCGGNGTGGGAGGCTCCCCGGCATTCTTGCCTCCAGGTCAC
ATATCCTTGTGAAATCCCCACCCCTCCAGAATGGATGGACATTGTGATTT
GGTCCTCGCCTACAGACNGACTTAGGAAAANTCTGTGACTTCTACTCAAT
TCCTCTCTCCTGTGATCA
>rnd-5_family-2683#Unknown ( Recon Family Size = 32, Final Multiple Alignment Size = 23 )
TCTGACCTCAATCCTGTGCTAACTGAACACTAATCAACCAGAGTCAGATG
ACTAAAATTGCTGTTGTCGATAACATCGTTAATGACTAAAATTGCTGTTG
TNGATAACATCGTTAACGTACTAAAATTGCTGTTGTAGATATCATCATTA
ACGTACAAACTCAGGTTGTTTCTCCAGGGCAAGATGAGCTAACAGACCCC
GAGCCATGGACCACCTGGCCAGAGAATCGTAAACCAGAGACATCCTGACT
CCCGAAACTACGATTAAGAAATGTCAGAAGATGA
>rnd-5_family-2821#SINE/MIR ( Recon Family Size = 42, Final Multiple Alignment Size = 23 )
GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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TCTCTTGTGGATTTCTTGAACTGTAAACACATACATTGTCTCCGTTGGCT
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AGCGACTCCTGCTAGGGATGGATACTTCCTTTTATGCTCAGGGAAATCCC
CTAGTTTGAATACGATTTGAGTTTGATCCTGTGAAACCATCAGAACTTCC
CACCAGAGATAAATGAGGAGATTCTGGCCTTTATTAGTATGCACGATGAA
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CTCCTGACCTATTCCAGTGACTTTGTCAGTCTTTCTTTAAAAATGGACAG
GTAATAAAATGAATTTAACCTAGAAGCAGCAGCTCAGTAAGGGAAATAAA
ATCATCAGAAGTTATCTAATCACAGCCACAGCCATCCAGGGCTCTGTCTT
ATCTGCTGGGTCATAAGAATGGGACCTTCCTAAACTTGAAGGGCATCCAA
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GCAGTCTACCCAGTGTATACTAACTGCAAAACACTGTCATGGTTTTGAAA
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TGACATCAAGCAAAAAATAAATCACCAAGCTCTTTGAGCACAGGGGTTCT
TAAGAGGGCAGTAGAAGGAAGGAATGGGCAGAAAAGACGATCTCCAATGA
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TGCTTCAAAAGAACAGTGCTTTAAAAGTCCTGGCAAGGCAGCAAGAGGAT
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GGAGGGGAACTGGAGCCCTGAAGCCCACCCACGTCCTTGAAGCCGAGGGA
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CGACGGTGATCCATACTCACTTGAGGCAGCAAGGACTGCCTCTAACTGGC
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CCATCCCCCAGCCCCTCCCTCTGGGACTGTATCTAATAGAAGAAAGAGCA
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GCTGGCTTGGAGCGAACCCGTGCACCGCCAAAGCTGGTCTCGTCCTGCAG
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CCCCCCTTTAAGTCAGGTGACCCGACTTTAAATCACTGTGTGCCCCTCAA
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GATGAGAAACAAAGACCAGATGAAACATGGATTTGAAAAACACACCCTGC
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ACCTGTGGGATCAAATTGGTAACTGGAGAATGTCAGGAAAGCCCACG
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NGACGAAGGCTCCCAGGAGAAGATGAGCTGAACAGAGTCTCTGGGTCATA
GTCTGGCTTCAGCTTCTCTGAGAGTTGTACAAGGCTCCCCTCTGGGGAAG
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TGCCGCAAACATTTTCGCCGCATAACTAATTGGCCGTAAGGCAATTTTGC
CGTGAAAGATAAAATAACCGGTTGACAGTTTTTGGTTTGACAGTTTGGTT
TCAACTGGTCGAAATGCGTTAGCATTTCTTCCAGTCAGCGACGTTATTGA
TGGCTTTATCGAGCTGACAGATGACGATGATTTGCCCCAAGAGTTGGTTT
CTTATTTTGAAACACACTACATTGGAGGAGAAAGAGGCCGAGGGCCTCGA
AGGCGCAGAGTTGAACCCACATTTCCCATAGAACTTTGGAACGTCTATCA
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TCGTTATTTTATCTTTTACGGCAAAATTGCCTTACGGCCAATTAGTTATG
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CAACAGGCACACACCAGCTCCAGGAATACCACAGCCCAGCAGCCTGTGTG
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TGCTGCTCTCCGCCCGGGCGCCCCTTCCCAATAAAGTCTCTTGCTTTGTC
AGCACGTGTGTCTCCTCGGACAATTCATTTCC
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AACAAAGGCAAAAACAGGATTTATAAAAGAAAAAGAGGAGAGGGGAGAAG
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AACGCCCGCAGCGTCCCTCTGTCGNCCTTCCCCTTAGTTA
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GCCCAGACCGAACACTCTCGGATAGTCCTCACAAACTCTCGGTATTTANA
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ACAACTTCACTTCTAAAAACAACTTTCTTAGAAAACAACTTCGTTTTTGT
CATAAACAAGTGGATTTGAAATCATANCAAACCANTAT
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ATGAGGGACAAAGGTGTCCGGGGTGCAGATGAGCCAGGACCTGACCAGCT
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CCCGTCAAACCACCTACTGTAAAAAGAAAAACTAAAGCCTAAAACTCATA
ATATAGTGGGAGGTCATATAATATTACCTCCGTGAACAGTTGCTAACC
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GGCCCGGCCCACGTCACAAATCTAAACCTAAGTCAGCCTGCACTTACGGG
AAACACCCACTTGTCAAGGAAACCTAAAACACCAATCACAATCCTCCAAC
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TTCCCTTGAATAAAGGACATCAAACTCGTTACTAAATTGTTTTAGTTTTG
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GCCCCCTGTATGTCGGTAGGTCGCCTAAGAACTGACATCCGGTACGCGTG
TGTGTCCATGAGACGTGGTGAGGACGCGGGAGTCCCAGCAGTCCTGAGAA
GCACACTAGCGTTCAGCCACTGCTTTGAGTGAGGCTTCCTGGGAGATGCT
GCAGGCCTGCCAGGCGCTGCGGATGCAACTCCCGGACCCGGCCTTCAGCT
TGGCGCTCAGCGTAGTTTTCCTTTTATGTACAGGCGACTGTGGGATGCCT
CAGAGTGGAAGTGGACACACACTAGTTCTCTCAAGAAAAGCCCACTTTCC
TTCCAAAGACGTGCCGGCATGCTAAGCGTGGGCTGACAGAGCACAGTGTT
TCAGGCAGCTTTCACGTTGACCGATCCTTCTTTGCGGTTGGGAGGTACTA
CAGTTCTCTGAAGGTCCCGGTCTCAAAGTGGAGCACAGCCCACGTACGTA
TAGCCGCTCACGACCCAAAAGGGACACAAGGAGGACTGTGGCACCTCCTC
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ATGAGAGGGGCTAGGTCGAGTCAGTTAGGTGTCCCTGAAGCTGCCGAAAG
CCTAGCAGAGCGCAGGGGGAAACTGTCCGTTTTCCAGACTGCATCTGAAG
TCGAGTTCCTGCTTGCCAGAAAGAGCCGGTAGCTAAGTACACCCAGAGAG
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GATACGTTAGGCATTACACCTACGACTTTCTCCACCTCTGTTCGGGGGGC
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TGCCTCTCACTCGGCATGCAAAGAGATGATCCGGAGGGCTTTGGTAGCGG
CACGGTGCGCAGGGGGCCAAGAAGGCTATTCGGTACACAGTGTTCTTCCA
AGGGACACGCTGAGGCAGCGGGGGTCCGGGGAAAGGCATACGAACATTCA
TGCACGACTTGCCTAAGGTTTCGTGGAACGCCTCTGCACGCGTCAGTTCG
CGGCTGGACTACCTGACCCTTACTTCGGTCCTTGTGGAACAGCGTAGCGT
TCCCTTTACGTATAGAGGGCGCCGGGAGGCCTCCTGCACGGTACAGAGAA
CAGAGTGTTTCTCTAGGAAAGCTCCCTTTCCCTCACATAGCCATTCTCCT
CGTGAAGAGAACAGGAGCAACCACACTGTGTCTCAGGACACTCTGAGGCC
GCACTTTCAGCTCTCCCGCTGGGAGAGTAATGCTCTTCCCTCTAGGTAAC
CACTATCAACATTGAACCCAGCACATGCGCCC
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GGATGCAAAAANTCCGGGTTTCGGCAATGGGTGCCGAAGGTTGGGGGAAA
AGTACAAAACCCATATGGCGGCCCAAAAACATAGGGGCTGAAAGCAACGC
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GCCGTCACTGTTTTCCTGCCGCTGACGTTGGCAACCGTGATTTGCGGTTC
ACAATAATGGATCATCCGTTGTTGTATCACTCCAGGGGATGCGATTTAAG
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CTTTGCCTGTGGATTAACTGTTGTGCTTTGTATCGAGATAGTGCTAGTTT
AATTTTCACATTGTGAATATTGTGATCGTGTTTTCTAAGAGTTCAGATAA
TGAAAATGAGAACGATTACAATACCAACGCCAGCNTGACCCAGACATCAC
CGAAAAAGAAGGCTAAATGACTATGTTATTTTAATGACAGATGGAAGGAC
ACATACAACTGGATTAGGGAGGTAAATAACCAAAACGGAGCATACTGCAC
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GAGAGCACGCCGACAGCCAGGGTCCCCNTCAGCTGCTCGTGGGCCCGGAT
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CCACCACTACGTGTGTCTGCAGCCGGCCCCCGCCACTACACAGGCGCCTG
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CTGCTGCCTGCCCTGGTCCCTAGCCGCTGGACCTGGAGGCGCCGCTGAGG
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GGACCACGCAGTTGTCGATGCTGTGGACCCCAGCGGCCTGAGCCGATGAG
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CCCGCACCACTAGACCCGGGGTCACAGCACGCTCCAACGTGCC
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AGGGCGTGGACAGGTCCTGCNACTAGGAANCCTGCCAGTGGGTCACAGGA
CCCACCCCTGCTGACCCGGAGGGGCGCGGACAGATCCAGCCACTAGGAAN
TCCGCGAGCGGGCNCCAGGCCCTGCCCCCGCTGTCCTGGGAGGGCGCGGA
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CTGTCCCGGGAGCGCGCGGGCAGCTGCCGCCACTAGGAGACCCGCGAGCG
GGCGCCAGNCNCTGCCCCGACCGTCCCGGGAGNGCGCGGGCAGACTGCCG
CCACTAGGAGACCCGCCGGCGGGCGCCAGGNCCCGCCCCCGCTGTCCCGG
GAGGGCGCGGACAGNTCCNGCCACTAGGAANTCCGCCAGCGGGCGCCAGG
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ATCCGCCAGTGGGTGCCGGGACCCGCCCCGCTGTCCCGGGAGCGTGCGGA
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NAGCCGGGAATCTNCATTCTTTAGCTGGCCC
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GCTAAGAGGAGGGGGTCCCTGCGCGGGCCGGTTACCCTGCCCGGGAGCGT
TCGTCCAGCACCCAGTCTGGGTCCTCCCGCCAGTGCCCAGGCCCGGCTGA
GGAGGCAGATCTCAGCTGGCGGCGCCCTCAGGGCCAGGTCCCCAGACCCT
GCCCAGCCGTCATCACTGAGGGAGCCAGGCGCCCAGGACCCAGCCGGCCC
TCAGGCTCCTCATTTAAACTGGAGAGAATCATTTGTATAGGATCAATAGG
AATACACGTTGTAGCAAATACCAATCAGGTGAATTCCCAGCTCACAACAA
CCGCCCTTCTTTGAGAATAGCCCCAGCCACAGAGGTGGACCTGAAGTAAT
GATGTGCAGTGTCCTTGCANCTTAACCCTGACCTCTGGCCACCTCCTAGG
GGTAGACAACTGATCTAAGCTGNACCAATTTTTGAAACTTGAACGGAGAG
ACTGAAGCTGGTTGAAGCTGTTACCTTAATGGCAGTGTCCATATACTCCA
GTTGCTGAGGCCTCCGCGGACTGCGACCCATGGAGACTGCCGCCGCCATT
AGGTCGCGGAGGCGGGGATGGGGGAGAGGTTCGCTGCTGCCTCAAGGCCT
GGGCCCGGCCAGTGGGCGGCCGTGGCGAGGGCTCTGGAGCTCTGCAGGAC
ACAGCCCTCAGCCTGTCCCCGGGCCCCCCAGCTCACCCGCCGGCCCCGAG
GCCGGAGGGCCTGGAGGGCCCCGGGGAGAAGGCCGCGATCCGCCTCTCAC
CGCACTCTCTGCCGCGAGGACCACTGCCAGGCCGACCGTTGGCGGAGCGG
GACCTCTAACCGCCGCGCTAAGGGTCTCGCGCTAACGGCCGCGCGCCCGC
CCCGCCCCTATTA
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CTGGAAGTAAGGGTTAACAGCTGGTTCTNTGNCCTTTCCTCTAGCCTCAG
GGANACCTGAGGATTTGGCCCTTGGCCGAATCTTCCTTGNAACANTAACT
CAAGGAATTTATAGGAGTATAATAGATCCAAGATAAATGAGAATCTGGCC
GAGGTACTATATACGGAACTAAGCACCTGTACCTCATTGTTGAGACTGTT
TTCGAGTAATGAGTAACCGGTATTGATGAGATGCAGCTGNCTCAGAGAAT
GGGGGGGCAAGCNNCACCTGAGGGAAGCTACGTGACTAGCANGGTATAAA
AGCTGAAGGGACCCCAGAGCTGATGGCTTCCCTGAGCTGAGGCGGTCCAC
GCNCACTCATCTTGCTNTCTTGTGCGACCTGCATGTNCTNCAAGTGCGGA
AGGACATCGGAAGCTGTGCCTGGGAGTCGCGAGACCTCCGCTATGTTGTT
GCTGCATTTCTGTTCTGTATCCTTTCTTAAAGCTAAGTAAACTTGGTGCT
GGGTGAAGTCTATTGTGTCTTATGAGTTTGATTGTCAATCCGAANCCAAG
ACCACTGCTGCTGGCAGAAACAAGCAGAGCGGACGTTGCAATGTACATAC
TGAAAACCATTCTATGTT
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TCCTAACTTATTGCAATCTCCCATTTAAAATGTGGGAATAATCAATCTTC
TGAGGAAAAAGGCCCAAGGAAGGTTTTTGCTTCTGTGGAATAATGGGATT
GCTAAAGATTTCAGGAGGCAAGACGAATTAGTGAGAATGACCATGAGAAA
TCAGAGAAAAGTCAGATCCATGGATGAAGTGATGTTTACCACTGTGAATC
AATGAGAAGTAGGAGCAAATGAAAAGAAAGCTGAATACAACATTTTCTGA
ATAAATGTAACCTTTCAGCTGTCATAGAAAAATTAGTACTCACTATGATA
CAACATATTTAGTTTAGAAAGTTAACTTAATTTTAAAGCTTAATAATTAG
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TTTTTTTTCTTTAATACAGAATCGTTAAGATAGAAAATAATGAAAACAGA
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AAGGTCCTTGANATTTGGTCCTGTCCAAAATGTCCATGAGCATATTTGGT
CCATGCCAAATGGTTTTGGACAGGACCAAATATCAAGGACCTTTTGGCGT
GGACCAAATGTCTTATGGACGTTTTGGACAGGACCAAATGTGACAATATC
AAGGACCTTTTGGCATGGACCAAATGTCTTATGGACGTTTTGGACAGGAC
CAAATGTCCTATGGACGTTTTGGGCAGGNCCGAACGTCTGC
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TTTACCGTCACTCTCTGCCTGACTACTGGAGCCTTTGGTGACACACTGGG
CCCTTACATGATGACACATTGGACGCCGAGAGTCCTGCATACGGTGAATA
GCATTACCCATGTAATGATCTAGGCAGGCCTAGGTGTCTTTGTATCATCC
AAATGCCTCGCGGTGTTACCGGTATTTTGGTACGTTTATCTGGCTTCACC
CAAGGTCTACCTTCCCGTCATGGAAGAGAGATGACAAGTAGGAGTTTCCA
GGAGGTACTTTAGCCACGGGGATTGATTCATTTCAGCTCAGTGACACTCA
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GGCTGTTTTAAAGCTGTAGAAAGCGAGCTATACAAGCAAAAAGCAATTAA
TTCCTCTTCCCACTGCATAGAAATAGCTGATCTCAACAGTCTGTCTCGTG
TTATTTCTCTTGGAAGATATCCAAGGAACTGACAGGACAAAACTGTCTCC
CAAACACATGAATTCATACATGACGGTCTTAAGCCTAGAAAAAGGCATCG
AGGAGTTCAAGCAGTCGATCGACTCAGGGTTCATGGAGACTGCTGCACAC
CAAACTTTGCTTATGGGAAACACTGGGGCTTACCTTGATGTTAGGGGTCA
CGTTCACTTTGCACTTTATCTAGGGTGGGCAGTGGCATGAGCTCTGACCA
AGCGGTGAAAACCTCCCCACTACTTATGAGAAAACGTGCTTTTATTCACA
GAGGCATTCCCAGAAATGAATAAAAGATGGTTAACGTCAGACAGCCTTGA
AGTTGTCACTATCTGTCTTTAAAAAGGGAAAAATACTGACTTTTCTAGTC
CTCCCAATTACAAAGTAGATCACACAGCACATTTACTTA
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TGAAACTGTATACAAGCCCCTGTGTCCCTGTCTTTTGAAGTAAAAGGCTT
TTGCTTTAGTCTCCCAGGCCTCCCCTGAGTCTCAAAAGGCTGGCTCAAGA
GTTAATGATTAAGGAAAAAAATTAGTTAATGATTGGGAAATGTGAAGATG
TAGAAACAAAGAATAGCTGTTGGGCCGGGAAACTGGTAACAATTTAGACT
ATAAATCTGCCACATAGCAGAATCACCGAACTC
>rnd-5_family-20181#SINE/tRNA ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 17 )
GAGACGAAGACGAAGGGGGAAAAAAGGAGGGCAACGGGACAGAGGCAAGG
GCAGGATCCTTGACAACGTAGGATTTGGAAAGGATCGGGGGAAAAGTGGG
GAGATAGGGGGTGGGATGGGGGTGTCTGTGGGAGTAGGGTGGAGGCTGAG
GTGGTGGTGCCGGTGGTGCTGTCCCGAGGGCTGACGCTGTTGGTGGGAGC
AGAGGTTCAGGGGAGGGGGTGGTGTTTGTCGTGCTGATGGTGGTGGTGGC
AGTAGTGGTGGAGGAGCGGGCCGGTGTTGGAAACGTATTTCTGTCGAGGG
TCAGAACATGAATCTAGAGTGCAGTCTGCGATGATAGTGTGGACTTCTTT
TTGAACTCCTCGTGCAAGTGGACGCTTTGGGGACTCTCCAGGAAAATGGG
ATGTATCACTCCCAGAGGTGGCAACTTCCTTGCTCCTGGTTGTGCAAACA
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TGGCGAAAGGTGAAGAGGTTGGGCTGTGCGGGTGCCAGTGTGGGGTGTTC
CTTACAGCGAGAAGCGTGACACAAGCGGGGTCGGGGTAAGGACGAGAGCA
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AGGTCCTGGAGGCGTGGCTCCCGGGTGTGTGTGGGGTGGGGGCGTCTGCG
TGGGAAGGACAGGGGCCGGAAGGTGCGGTGGTGAGCGAGCTGTTGCAGGA
CCGGTGCCTTGAGTGTGGCAGCGGGGAAGCCCAGCTCCGCTGTGGGGCTG
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ACTGTCGGTGTCGCCAGAGGAAGCCAGGAGCCGAAGCGGCCTGGCCCGCG
CCCGAATCCCAGTCAGGGCAGGCGAGGCGTGGCCGCTGCGGCTGAGCGCC
GACGTTCCTCTCAGCAGCCGCCCGGCCCCGACGCACAGCCCCTCTGGCGG
CTGGCTTTCTTGCTGGTGCGGGGCGTGCGAGGGCGGGCGGGGGCAGGGAT
CGGAGCTCGGGGCTGTGCAGGGACCGCGAGCGTGGGAGATGGACACCGGG
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CAGGCCACAAGACCAAAGGTGTCTGAGCCTCGCTTCTGCGCTCTGGCCCA
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CGCATACTCTTCCGTCGGCCACATAGCACTTGTTATTGCAGCTATCCTCA
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TGAATCATTCGATATATACATGCAAACGGAGCTTCCATATTCTTTATCTG
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CCTATTTTCACCCGACTTGCTAGGAGACCCCGACAACTACACCCCAGCAA
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TAAGTACATATACCTTATACGTACATATTACATTATATGTATAATCGTGC
ATTACATTATCTACCCCATGCTTATAAGCATGTACATCTTATTATTAATA
TTACATAGTACATATAGATTATTAATCGTACATAGCACATTAAGTCAAAT
CGGTTCCAGTCAACATGCATATCCTGTCCATTAGATCACGAGCTTAATCA
CCAGGCCGCGTGAAACCATCAACCCGCTCGGCAGGTGTCCCTCTTCTCGC
TCCGGGCCCATGACTCGTGGGGGTTTCTATTGATGAACTTTATCAGACAT
CTGGTTCTTACTTCAGGGTCATCTCACCTAAAATCGGCCACTCTTTCCCC
TTAAATAAGACATCTCGATGGCCATGACTAATCAGCCCATGCTCACACAT
AACTGCGATTTCATGCATTTGGTATTTTTTAATTTTTGGGGGGGATGCTT
NGACTCGGCTATGACCTTAAAAGGCCTTAACACAGTCAAGCAAATTGTAG
CCGGACTTNAACTGAATGTTATTTACCAACAGCAACACCGCGNCGTGCAA
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GNCAGCCATAGNTCTAGAGTCAAAAATNCAAT
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CATGGGTAAGTTCCTCTCGGTTCTGAGCTCCGCTCTCTTTGCATCGAGCT
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>rnd-5_family-1717#LINE/L2 ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 16 )
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CCGTTGTCGTCCTCCTCTGGACTTCCATGAAAAATTGACCCGGCTANTGC
GACCGTGTGGGGACTACTGACAATGGGGGAGAAGACTCACCACCTTCCTG
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TGTGACCCAGCCAGAGCCANNGAGGTATGAGATGAGACCTTTGANTCCTN
NGGCTTCAGAGAGAGTGGACAGGCGCCCTACTTCTACCGCNCCGNCTCTA
CCTCAGAGGAGAATCTAGAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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ACTTTCATTTTTCTAGTCCAGTCATGTTTTTCTTGGAAAGATGACCACAA
AGCAGTATTANGGTTCACAGTAATATTACTATAACAAATGTTTAAGCACA
AATTTATTATTTCTATATAATTTTTCTCAAAAGTAGAGTTGGGGCTGTGA
GACAAGGTCCATCGCTAATGACTTTTCTACTCTTTGTGGAGTGATAAACC
TGGGCAATTTGTTCCTGGCCAATAAAGTAATCAGTTCATCTGAAAAA
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ATTTGGCTCCCAGCGTGAGGCTGCGCTCTCGCGATATCTGGCTCCCGGGG
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TCATGTCCTTGAAATACAAACACAGCCCACTTTGCCTGAGACTTCAGCCT
TGGGTTAATTAGTAGAAC
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CATTAAAGAATTGATTAAACTGTTTATTTGTGTGAGACGAGTGGTTATTT
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>rnd-5_family-1679#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-192#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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CCCAAGCTCGACCCGACCGGACCCACGGAGGCTCTGGCTCCTCTACCACT
CCAGACTCANATGAAGCACCAGGCACACAGGCCCTGGGAGACTGGCTTCC
CCA
>rnd-5_family-201#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 15 )
CATTGTTCTCAGGGGGGCGCTATGCCTGCTTCTGGCACCAAAGCCCTCCA
GACTCCCCAGAGGCCCCCAAGAGGACATCTTGCAGAGCTCANNGACCTTA
GGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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>rnd-5_family-2019#LINE/RTE-X ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-2352#LINE/L1 ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-268#LINE/L1 ( Recon Family Size = 21, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-2912#LINE/L2 ( Recon Family Size = 20, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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CCTGATATGTTTTTAATCACCTTGAATTCAAGTCTAAAACTGAAGACACT
GTCTGTCCTTCTCCTTGTGCTCCNTATTCTNGCTAGCTATATCCAAGTAN
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>rnd-5_family-2934#LINE/L2 ( Recon Family Size = 28, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-2989#LINE/L2 ( Recon Family Size = 30, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-299#DNA/hAT-Tip100 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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CTTGCCGGCGNNTGGCACTCTCCCACCTCCCCTGNCNCTCCAGNACACCT
TTTGTCTNGTCACTTCCGCCACCGCTGNCCTATCTGCACTACGCTCCATC
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>rnd-5_family-3303#Unknown ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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CTAGAAGNCTCTGAAATNGGTCAGAAAAAAGAGCATATAATTAAATTAAC
TCCAAGGCCACTNACACCCGAGGNTGAAAATTCACTCACTATTNTATTCT
CCAATTTACAATTATGTCCGGCCACATTATCTGACACAGCTNACANAGAT
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CATTATCAAATTCCGAGGGAGAAATTAANATCCNAAATTAAATTCTCTTG
CTATTGAAAGTCCAAANGAATTAAAGTCCAAAATTCTCCTTCCCTATACA
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GGTGTAGTTCCTTCAGNGCCTCCGAAGTTGAATTAATCTAATCCGAATTT
CTCGTGACATATGCCGTGCCTTTAAAGAGTCCAGAGAGTTAACAGGACAC
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CCAGTTGTCCGGAGTCCATGACCTGCGAACTTAAACTCANTTGGGAGAAA
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>rnd-5_family-3464#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 26, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-3748#LINE/L1 ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-4134#SINE/MIR ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-423#SINE/MIR ( Recon Family Size = 19, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-455#DNA/hAT-Charlie ( Recon Family Size = 18, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-5486#LINE/L2 ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-6371#LINE/L1 ( Recon Family Size = 16, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-6751#LTR/ERVL-MaLR ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 15 )
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>rnd-5_family-943#LTR/ERVL ( Recon Family Size = 17, Final Multiple Alignment Size = 15 )
GCTGTTAGCATAACTGACGCCATCTTGGGCCCNTACAGTTCCTCCTGTCC
TTCCGCTGACCCTACCCAGGACTGTACCGTGCGGTAAATCACTTCTCTGT
CGTCAAGGGCTTTGTAGTTAATAGATATTGTTTAATAATCATTAGGACCA
GGTGGCCTCTATGCTCTGTTAGTCCCCAAACAATGATGAAAACCTTCGCT
GACGTATTCCCGGCGCCCACGAGACTAGTTACCCATTCATAAATCTTGAC
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ACTATAAAATTGTCCCAGTGGCCCCTCGGCGGTGCAGAGTGCAGCTGCGA
ATGCTTCCGGATCGTTGTCCGCCCGATCCCGATCCCACCCTGTGAGTAAG
TTACCCTATAATAAACTGATCCATTGATTATATGGAGCTGCCTGCCTCGT
TTTTCGGTCTCAAGATGCCTTCTCAGTTCGGTGGGCACTTTTCGTTCCCT
CCGTCCTC
>rnd-5_family-985#LTR/ERV1 ( Recon Family Size = 38, Final Multiple Alignment Size = 15 )
CCNCTTCATNTGTAAAAACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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